摘要：目的 单碱基编辑器作为修复基因组点突变的有力工具,在生物技术开发和临床应用中具有极大潜力。对于目标改造的单核苷酸变异(SNV),首先要选择可用于编辑的单碱基编辑器(base editors,BEs)和单向导RNA (single guide RNA,sgRNA)。目前,尽管有较多工具实现了设计sgRNA,但缺少将设计sgRNA与评估单碱基编辑器特异性完整结合起来的工具。方法 纳入主流的27种胞嘧啶碱基编辑器(CBEs)和12种腺嘌呤碱基编辑器(ABEs)对SNV设计编辑方案,并通过调用第三方工具BE-Hive对编辑方案进行效率预测。综合使用多个脱靶预测工具对编辑方案的脱靶图谱进行评估。最后结合BEs类型和脱靶位点,分析得到所有可能的脱靶编辑产物,再调用ANNOVAR这一变异注释工具进行脱靶产物的功能分析。结果 本文提出了一个综合性工具BE-dot,它可以实现对目标编辑的SNV从设计sgRNA到预测脱靶图谱的完整过程,并对脱靶产物进行功能注释。利用密码子的简并性,BE-dot除了提供DNA水平上的精确校正方案,还可以在蛋白质水平进行同义校正。在对单碱基编辑系统做脱靶图谱的预测时,BE-dot综合了Cas-OFFinder、CALITAS、CFD、u CRISPR、BEdeepoff等多个工具,可以更全面地评估单碱基编辑系统的特异性,为用户选择BEs和sgRNA提供参考。此外,BE-dot可以自动分析得到脱靶位点处所有可能的编辑产物,并转换为avinput格式供ANNOVAR进行功能注释,避免了以往手工注释的繁琐。结论 BE-dot能为单碱基编辑技术应用于纠正或引入SNV设计编辑方案,并且能够从编辑效率、脱靶图谱、脱靶带来的功能影响等方面对编辑方案进行全面的评估。

摘要：传统阈值函数包括硬阈值函数和软阈值函数,硬阈值函数存在不连续的问题,致使重构信号出现震荡,软阈值函数存在固定偏差,对重构信号影响较大。为了对传统阈值函数的不足之处进行改进,提出了一种新的阈值函数和阈值选取规则。通过选取最优小波基和分解层系数,利用MATLAB软件进行仿真实验,对比实验结果后发现,无论在信噪比（SNR）提升上还是均方根误差（RMES）上,新的阈值函数处理后的结果都优于传统方法,说明改进后的函数的处理效果得到进一步提升。

摘要：【目的】非洲猪瘟病(African swine fever,ASF)是一种由非洲猪瘟病毒(African swine fever virus,ASFV)导致的,能引起猪高度致死的急性传染病。采用生物学手段制备检测试剂能更快、更有效地监测疫情,对ASF疫情的防控尤为重要。【方法】根据ASFV的CP204L基因CDS区序列设计特异性引物并进行PCR扩增,将目的基因片段与p EASY-T5连接构建克隆载体,利用生物信息学软件对蛋白进行生物信息学分析,用T4连接酶构建重组载体pET-32a(+)-CP204L,将成功构建的重组表达载体质粒转入感受态Rosetta(DE3)中,用1 mmol/L IPTG、37℃诱导表达8 h后进行SDS-PAGE电泳鉴定蛋白表达。【结果】生物信息学分析结果表明,P30蛋白是一种主要由无规卷曲α螺旋和β折叠组成的亲水和稳定蛋白,PCR扩增及测序比对结果证明成功构建了重组表达载体,SDS-PAGE电泳验证了在24.3 ku处有潜在的P30蛋白表达。【结论】通过生物信息学软件在分子层面分析了P30蛋白的理化性质及蛋白结构,P30蛋白的表达为制备ASFV血清学诊断试剂及诊断技术奠定了基础。

摘要：目的构建非洲猪瘟多基因家族MGF-505-3R基因重组原核表达质粒,并进行表达。方法根据非洲猪瘟病毒(African swine fever virus,ASFV)MGF-505-3R基因CDS区序列设计特异性引物并进行PCR扩增,将目的基因片段与原核表达载体pET-32A(+)连接,构建重组原核表达质粒pET-32A(+)-MGF-505-3R。对蛋白进行生物信息学分析后,将重组原核表达质粒转化大肠埃希菌BL21(DE3)感受态细胞中,用1 mmol/L IPTG于37℃诱导表达6 h后,超声破碎菌体,获得的上清液经Ni-NTA亲和层析和CMSepharose FF阳离子交换层析纯化,BCA法测定蛋白产量。结果重组原核表达质粒经菌液PCR、双酶切及测序证明构建正确。MGF-505-3R蛋白为不稳定的疏水蛋白,为跨膜蛋白,蛋白二级结构由无规卷曲、α螺旋和β折叠组成为主要结构,三级结构预测结果与二级结构预测相符。表达的重组蛋白相对分子质量约为33000,BCA法测定重组蛋白产量可达19.8 mg/L。结论成功构建了MGF-505-3R基因重组原核表达质粒,表达并纯化了重组蛋白,为我国非洲猪瘟免疫血清学诊断试剂的制备及预防控制奠定了基础。