摘要：旨在建立一种快速检测施马伦贝格病毒(SBV)的方法。本研究对于SBV S基因,设计特异性引物和探针,通过优化反应条件,建立SBV反转录重组酶介导核酸恒温扩增(RT-RAA)检测方法。结果显示,该方法在38℃条件下,8 min内即可特异性检出SBV,与口蹄疫病毒(FMDV)、小反刍兽疫病毒(PPRV)、非洲马瘟病毒(AHSV)、塞内卡谷病毒(SVV)、水疱性口炎病毒(VSV)无交叉反应,其敏感性为103拷贝/反应,且批内和批间重复性变异系数均小于5%。对模拟阳性和阴性绵羊样品的检出率为100%,与SBV的RT-qPCR检测结果一致。本研究成功建立了一种快速、敏感、特异的SBV实时荧光RT-RAA方法,为SBV防控提供新技术手段。

摘要：【目的】基于‘满天红’ב红香酥’杂交组合红皮单株果实转色期果皮混合样品和同期绿皮单株果皮混合样品的转录组数据,开发SSR分子标记,为梨遗传研究和基因定位奠定基础。【方法】利用MISA软件对基因序列进行搜索,查找SSR序列。利用Primer 3软件设计引物,并利用标记所在scaffold信息为成功设计引物的SSR位点标注所在连锁群及其遗传位置参考信息。【结果】23 863个基因中有2 972个基因序列,共含有3 555个SSR,占鉴定基因总数的12.45%。在1～6碱基重复基元的SSR中,三碱基重复类型出现频率最高,占总SSR数量的63.09%;其次为二碱基和单碱基重复类型,分别占20.14%和15.22%。单碱基和二碱基重复类型基元中,分别以A/T(87.80%)和AG/CT(84.64%)为主;三碱基类型中,AGG/CCT数量虽然最多,但仅占该类型数量的23.00%。4～6碱基重复中,各类型数量均不多。基因GO功能分类发现:2 972个含有SSR位点的梨果皮转录组基因被富集到3个Ontology类别的2 644个GO Term中,Biological process涉及的GO Term最多,为1 512个。共2 911个SSR位点(81.88%)被成功设计了引物,其中864个2～6碱基类型SSR位点被成功归集到17条连锁群。【结论】从梨果皮转录组基因序列数据中成功鉴定了SSR并开发了引物,可以为梨品种指纹图谱构建、遗传多样性研究和分子标记辅助选择育种等研究提供更多的标记。