摘要：根据逆转录环介导等温扩增(RT-LAMP)原理,针对水疱性口炎病毒(VSV)糖蛋白G基因序列中的6个区域设计内外各1对特异引物,建立扩增VSV糖蛋白(G)基因的RT-LAMP方法。扩增产物电泳呈特异的阶梯状条带分布,扩增产物加SYBR GREEN I染色呈特征性的黄绿色,肉眼可直接观察判定。同时,还建立了可以进行定量检测的实时RT-LAMP方法。特异性试验显示,本方法可快速检验鉴别VSV与口蹄疫病毒(FMDV)和猪水泡病病毒(SVDV)。敏感性试验显示,建立的实时RT-LAMP方法检测VSVRNA的最低检测量为0.01 PFU,比实时荧光RT-PCR显著提高。建立的LAMP方法可检测p-VSVNJ质粒DNA的最低量为6.36×10-3pg/μL(1.4×103copies/μL),比PCR也显著提高。综合表明,本研究建立RT-LAMP检测VSV的方法具有特异、敏感、快速、简便的特点,具有开发应用前景。

摘要：建立日本脑炎病毒一步法实时环介导逆转录等温快速扩增方法。根据日本脑炎病毒序列保守的非结构区基因NS3设计4条特异引物,用于扩增SA14-14-2株、SA103株和GD06株日本脑炎病毒获得成功,在病毒感染的单层细胞和猪体内都可以检出病毒。与常规SYBR GreenI适时荧光RT-PCR方法比较和Ct值分析,用不同稀释度病毒RNA,两者敏感性相似,适时RT-PCR在模板浓度低时结果更稳定。FIP和BIP纯度会影响反应效果,反应时间和模板浓度会影响电泳条带。一般63℃～65℃30min可出现结果,模板浓度低时要适当延长反应时间。以SYBR GreenI为指示剂,RT-LAMP在63℃～65℃循环扩增检测日本脑炎病毒,1.5min/循环,30个循环,Ct值为21.5。提示RT-LAMP方法用于日本脑炎诊断、鉴别,是敏感、可靠、成本低廉的方法,有助于人畜日本脑炎的防控工作。

摘要：为建立一种能够快速、简便地检测牛、羊赤羽病病毒的分子生物学方法,根据赤羽病病毒特异性S基因的6个特异区域设计了2对引物,首次建立了赤羽病病毒环介导等温扩增(LAMP)检测方法,对LAMP反应条件进行了优化,并将其与普通PCR方法进行比较。结果显示,LAMP检测方法的特异性好,只对赤羽病病毒进行扩增,且操作简便。本研究确定的最佳反应温度为63℃,核酸检测的最低检出限为1.08ng/μL,比普通PCR的灵敏度高2个数量级。该方法为赤羽病病毒的一种最新的快速、简便的检测方法,可用于出入境牛、羊赤羽病的快速检测。

摘要：利用基因克隆和体外转录技术制备病毒性出血性败血症病毒(VHSV)核酸检测标准物质。设计VHSV N基因的克隆引物,RT-PCR获得相应片段,连接至pGEM-T载体,测序后采用体外转录方法制备RNA纯品。初步定量稀释后,混合分装作为核酸标准物质候选物。采用核酸浓度测定与拷贝数换算的方法对转录的RNA片段进行定值。通过绘制荧光定量标准扩增曲线计算标准物质含量(拷贝数),并根据委托单位的定值结果进行不确定度的估算。均一性结果显示瓶间差异小于5%,稳定性试验表明室温20℃~25℃(相对湿度20%~25%)7 d,2℃~8℃保存1个月及-20℃保存6个月的含量均无明显变化。核酸标准物质定值为(6.625±0.149)×10~8copies/μL,可用作VHSV核酸检测的标准质控品。

摘要：利用腺胃扩张症(PDD)患病鹦鹉腺胃RT-PCR阳性病料,接种猪睾丸(ST)传代细胞,分离禽波纳病毒(ABV),建立实时RT-LAMP检测方法。将阳性病料接种ST细胞单层传代,出现细胞圆缩、脱落,ABV基质蛋白(M)基因扩增产物出现预计大小351bp条带,测序后进化树分析显示为ABV5基因型。针对M基因设计ID37、ID30、ID19、ID6和ID1共5组引物,后3组引物RT-LAMP呈阳性反应。利用钙黄绿素建立实时RT-LAMP,分别在36(ID30)、38(ID37)和49(ID19)min出现扩增反应曲线,60min内扩增达到峰值。对各种临床样品检测与RT-PCR结果一致,新城疫等类症病毒未见阳性反应,显示较高的特异性;对细胞培养物检测10-1～10-5为阳性,比较RT-PCR敏感性提高约100倍。RT-LAMP检测方法的建立为PDD防制提供新的检测方法,也是波纳病公共卫生研究有益的参考。

摘要：利用基因克隆和体外转录技术,制备病毒性神经坏死病病毒(Nervous necrosis virus,NNV)核酸检测标准物质。设计NNV RNA2基因的特异性引物,通过RT-PCR获得目的片段并连接至p GEM-T载体;采用体外转录方法,获得大量纯品RNA。初步定量稀释至约10~8 copies/μL,均匀性检验结果显示样品间差异<5%;稳定性检验表明,室温(20~25℃)保存7 d、冷藏(2~8℃)保存1个月和冷冻(-20℃)保存6个月的含量均无明显变化。采用核酸浓度测定与拷贝数换算的方法,对转录的RNA片段进行定值,并根据委托单位的定值结果进行不确定度估算。核酸标准物质定值为(8.452±0.068)×10~8 copies/μL,可用作NNV核酸检测的标准质控品。

摘要：利用25个禽流感病毒及相关流感病毒广东株HA基因序列,建立三、四核苷酸特征基因片段BLSOM神经网络分型方法,对各片段数量进行统计和归一化处理。设计程序由MATLAB函数模拟人脑思维自组织学习,当训练步数为100及以上各毒株能成功聚类。H1、H3、H5、H7和H9亚型主要毒株分别归为一类,其中H3N2和H7N9毒株HA基因聚类图谱高度相似,表明这些毒株起源相同;不同年代H5N1毒株差异较大;H1N1和H9N2各1个毒株聚为一类,表明这两种病毒自然重组变异,为高危毒株筛查和溯源提供参考。