摘要：为研究本实验室分离的SD-2016分离株S基因序列特点,设计扩增猪流行性腹泻病毒（PEDV）S基因的2对引物,将扩增出的目的片段与克隆载体连接后测序,利用分子生物学软件对目的基因的核苷酸序列和氨基酸序列进行同源性比对分析。结果：SD-2016毒株与CV777、LZC等GI群的毒株在核苷酸序列同源性比对结果为93.8%~95.0%,氨基酸序列同源性比对结果在92.5%~94.1%。绘制系统发育进化树发现,SD-2016株与中国广东分离株GD12、湖南分离株HUN在一个分支上,亲缘关系较近。对S基因的中和表位进行分析发现主要的氨基酸位点突变集中于抗原表位区COE区域（第499-638位氨基酸）和SS6（第764-771位氨基酸）,分别有6个位点和2个位点的突变。通过对SD-2016分离株S基因的分析,为以后猪流行性腹泻病的基因工程疫苗研制提供参考。