摘要：对中国重要药用植物南方红豆杉中的10-去乙酰巴卡亭Ⅲ-10-乙酰转移酶(DBAT)基因进行分离、测序以及生物信息学分析。根据GenBank中已登录的10-去乙酰巴卡亭Ⅲ-10-乙酰转移酶(DBAT)基因cDNA序列设计引物,采用RT-PCR技术从南方红豆杉叶片中克隆了1个DBAT基因Tc-DBAT的全长cDNA。结果显示,Tc-DBAT cDNA含有1个1 323 bp的开放阅读框(open reading frame,ORF),编码440个氨基酸,对应基因组序列含有1个内含子。Tc-DBAT蛋白N端含有5个N-酰基化作用位点和2个保守的N-糖基化作用位点,具有1个保守的B ig-1结构域,多个重要的磷酸化位点以及1个类似钙结合蛋白重复结构。序列同源性比较、系统发生分析以及蛋白质高级结构预测均表明,Tc-DBAT属于转移酶超家族(transferase superfamily),是一个具有乙酰转移酶活性的功能蛋白,能够催化10-去乙酰巴卡亭Ⅲ(10-DAB)10位的乙酰化,从而生成抗癌新药紫杉醇生物合成途径中的最后一个双萜中间体——巴卡亭Ⅲ。有望通过成功克隆和鉴定紫杉醇生物合成途径中的关键酶基因达到提高其半合成前体巴卡亭Ⅲ产量的目的,并且为进一步利用组合表达系统商业化生产紫杉醇奠定基础。

摘要：本研究采用生物信息学方法统计分析了云芝基因组中SSR位点的数量、分布及频率等信息,对云芝基因组中含SSR的基因进行了功能注释,与其他5种伞菌纲真菌(双孢蘑菇、黑管孔菌、红缘拟层孔菌、金针菇和鲜红密孔菌)基因组进行了比较。结果发现云芝基因组中共有1 224个SSR位点,相对丰度为27个/Mb,三核苷酸重复类型分布最频繁。其中编码基因序列中包含299个SSR,仅次于基因间区,但是在非编译区、基因间区和内含子中SSR分布更加频繁。通过与nr数据库比对,485个含SSR的基因获得注释,其中115个基因通过GO注释到分子功能、生物进程及细胞组分3类中,108个基因通过KEGG注释到新陈代谢、遗传信息处理、细胞过程和环境信息处理4类中。设计58对引物主要用于物种鉴定,另外23对引物主要用于活性物质代谢研究和辅助育种。与其他伞菌纲真菌相比,云芝所含SSR的数量及相对丰度较低,并证明SSR数量与基因组大小无关,而某些特定的重复类型与GC含量有关。本研究为云芝的种群遗传学及进化研究奠定了理论基础。