摘要：为了解芍药种子转录组中简单重复序列SSR的分布特点,充分开发SSR分子标记,本研究对芍药种子进行转录组测序、SSR位点分析与引物设计。结果表明,芍药种子转录组共获得63992条Unigene,总长64666285 bp,搜索得到11637个SSR位点,发生频率14.94%。在所有SSR位点中有6种重复类型,以单核苷酸(51.64%)和二核苷酸(32.48%)重复类型为主,其中A/T类型和AG/CT类型SSR位点数占SSR总数的71.03%。SSR重复次数范围为5~11次,其中以5次和10次为主。SSR序列长度主要集中在10~20 bp,占总数的84.04%。针对SSR位点,共有10925个SSR位点符合要求,成功率为93.88%,共设计出32775对引物。芍药种子转录组SSR位点丰富,该研究可为种质资源的挖掘与保护、优良品种选育和数量性状基因座定位提供参考。