摘要：遗传密码子的简并性特征造成了不同物种使用的密码子存在偏爱性。了解不同物种的密码子使用特点,可以为外源基因导入过程中的基因改造提供依据,从而实现外源基因的高效表达。杨树是世界上广泛栽培的重要造林树种之一,已经成为林木基因工程研究的模式植物。本研究采用高频密码子分析法,对美洲山杨***,毛白杨***,美洲黑杨***和毛果杨*** 4种杨树的蛋白质编码基因序列(CDS)进行了分析,计算出了杨树同义密码子相对使用频率(RFSC),确定了4种杨树的高频率密码子,发现虽然不同种类的杨树密码子使用上有一些差别,但是偏爱密码子的差别却很小,共性的密码子占绝大多数。仅有Pro,Thr和Cys等少数几个氨基酸的偏爱密码子有差别。这种“共性”提示我们,用不同种的杨树中任何一种杨树的偏爱密码子所设计的外源基因在其他杨树中也可以使用。

摘要：区间作图和复合区间作图最先是为近交群体而设计的QTL作图方法 ,现已得到了广泛的应用。本文将它们应用于林木的F1代群体的QTL作图 ,称为改进的区间作图和复合区间作图法。该方法考虑了林木F1代 1∶1分离位点的信息 ,不同于通常的“拟测交”作图法。采用该方法 ,本文利用两个杉木无性系句容 0号杉和柔叶杉的AFLP分子标记遗传连锁图谱对杉木的 13个数量性状进行了QTL定位。当似然比统计量的阀值取为 13 82 (对应于LOD为 3 0 )时 ,在两张杉木遗传连锁图谱上 ,共搜索到了 2 5个QTL。在句容 0号无性系遗传连锁图谱上 ,有 5个QTL分布在 4个连锁群上。在柔叶杉的遗传连锁图谱上 ,有 2 0个QTL分布在 3个连锁群上 ,其中第 6连锁群上集中了高达 13个QTL。这一新的QTL作图方法在作图精度上有了较大的提高。文中所有的计算都是使用Mathematica软件编程完成的。

摘要：Perl语言已经成为用于生物信息学应用程序开发最流行的语言。为了简化本地的序列同源性分析过程,作者基于Perl语言设计开发了序列同源性分析的自动化程序,该程序具有无需编译、可移植性好、简单易用等优点,大大提高了工作效率,充分体现了Perl语言在生物信息学研究中所具备的优势。

摘要：【目的】探讨美洲黑杨(Populus deltoides)×小叶杨(***)F1代无性系苗期生长变异,发现F1代无性系生长性状变异规律,为后期在统计分析方面开展杨树数量性状基因定位研究提供重要的参考依据。【方法】以南京林业大学下蜀林场美洲黑杨×小叶杨F1代无性系为研究材料,采用完全随机区组设计,对苗高和地径生长性状在扦插后2年的不同时期进行测量,利用R语言和SPSS统计软件进行遗传变异分析和评价。【结果】苗高和地径在区组间、无性系间、区组与无性系交互作用间均达极显著差异水平。苗高的变异系数2017年由31.96%变为22.04%,2018年稳定在20%左右,地径的变异系数在2017、2018年两个年末分别为26.66%和26.20%。苗高和地径在两年中多个时间点的重复力具有一定波动性,苗高的重复力2017年由0.69逐渐降低到0.41,2018年又回升到近0.60;地径的重复力在2017年末较低,2018年末变为较高的水平(0.59)。根据无性系效应估计值,每年的无性系大致可分为8类,每类的均值效应具有独特的变化趋势,2017年有CL2、CL6、CL7和CL8共4类的均值效应随时间递增,而CL1、CL3、CL4、CL5类则减少;2018年除CL8类的均值效应增加外,其他7类基本是平稳的,但是类间的效应差异较大。【结论】所调查的随机区组无性系试验林的苗高和地径生长变异较大,遗传水平上差异性在不同生长期有其独特性,所建立的杨树无性系随机区组试验林为杨树数量性状基因(QTL)定位研究提供很好的遗传作图材料。