摘要：P[8]b基因亚型是国内外新近发现的A组人轮状病毒(HRV)VP4基因的一种新亚型,本研究旨在建立有效鉴别HRV P[8]a和P[8]b基因亚型及P[4]和P[6]基因型的VP4基因打点杂交分型方法,并运用此方法对2009～2010年首都儿科研究所附属儿童医院门诊及住院腹泻患儿中P[8]b基因亚型HRV的流行情况及其G/P基因组合情况进行研究。通过对GenBank序列数据库可检索到的国内外HRV各种P基因型及亚型的VP4基因序列应用相关软件进行基因分析,在不同基因型别间核苷酸变异密集而相同P基因型内核苷酸高度保守的的位置设计各型别探针,并分别以本实验室上传GenBank的北京HRV地方株P[4]和P[6]基因型及P[8]a和P[8]b亚型的VP4基因作为相应型别探针的合成引物的设计模板及探针经PCR合成的合成模板,合成地高辛素标记的DNA探针。经测序验证所建立的VP4基因杂交分型方法结果可靠。对门诊88例(55%,88/160)及住院79例(70.5%,79/112)HRV腹泻患儿的P分型结果显示P[8]a亚型仍为主要型别,前者为96.6%(85/88),而后者为62.0%(49/79);P[8]b亚型在住院HRV感染腹泻患儿中占较高比例(27.9%,22/79),虽然其在门诊HRV感染患儿中也存在,但仅占2.3%(2/88);另外单纯P[4]基因型HRV感染仅在住院腹泻患儿中检测到1例(1.3%,1/79),而P[6]基因型在门诊及住院HRV感染腹泻患儿中均未检测到;本组标本中HRV P[8]b亚型主要与G9基因型组合。本研究表明G9P[8]b型HRV在北京腹泻儿童中有流行。

摘要：1994年从北京腹泻儿童中鉴定的国内首例G9型A组轮状病毒(Group A Rotavirus,RVA)株T203属于G9-Ⅵ(VP7基因进化树支Ⅵ),而之后国内流行的G9型RVAs主要属于全球广泛流行的G9-Ⅲ(VP7基因进化树支Ⅲ)。本研究于2010年通过基因测序从北京腹泻儿童中再次鉴定了一例RVA G9-Ⅵ。为了解北京儿童中G9-Ⅵ再次流行的情况,本研究对国内外人G9型RVAs的VP7基因进行多序列比对分析,在G9-Ⅲ和G9-Ⅵ病毒各自VP7基因序列比较保守、彼此间变异集中的区域设计杂交探针,经PCR合成地高辛标记的cDNA探针,建立区分G9-Ⅲ和G9-Ⅵ的斑点杂交方法;结合本实验室前期建立的RVA常见G和P基因型杂交鉴定方法,对2011-2012年门诊腹泻就诊患儿中RVAs的流行进行调查。结果显示G9型检出率最高(43.5%,57/131),其次是G3(30.5%)、G1(12.2%)和G2(11.5%),未发现G4型。P分型结果显示P[8]为主要基因型(85.2%),其次P[4]型(14.8%),未发现P[6]型。对57例G9型RVAs全部进行G9-Ⅲ和G9-Ⅵ杂交鉴定。结果显示:G9-Ⅵ占96.5%,取代G9-Ⅲ(3.5%)成为优势流行的G9型病毒。从VP7基因进化树图上看到,本研究鉴定的北京人RVA G9-Ⅵ同国内外近期多地出现的人RVA G9-Ⅵ进化关系密切,并且和加拿大的猪RVA株F7P4进化距离近。国内外新近重新出现的人G9-Ⅵ RVAs是否在进化过程中获得了比以往广泛流行的RVA G9-Ⅲ更强的传播能力或致病力,值得进一步研究。

摘要：北京儿童腹泻中G1和G3型轮状病毒(Rotavirus,RV)的流行随时间动态变化。鉴于G1和G3型RV在疫苗研发设计中的重要地位,本研究依据前期对2007～2017北京腹泻就诊患儿中RV流行的监测结果,分别选取G1(15例)和G3(18例)型RV标本,应用DNAStar、MEGA 6.0和BEAST软件包及Datamonkey在线工具,分析和预测11年来其主要中和抗原VP7基因的分子进化动态。结果显示G1和G3型RV同近年世界各地的各自主要流行株之间的进化距离近,相比同一进化树分支内参考株的VP7基因并没有表现出特有的氨基酸变异,提示并未有特别的基因变异直接改变北京G1和G3型RV的流行。本研究中北京G1和G3型RV最近共同祖先株形成时间分别约为2005年和1996年,其VP7基因平均进化速率分别为2.29×10^(-3)和5.11×10^(-4)氨基酸替换·位点^(-1)·年^(-1)。尽管G1型的变异速率大于G3型,但有意思的是它们均无正向选择变异位点。群体流行历史(Bayesian skyline plot,BSP)分析显示人群中G1和G3型RV的感染水平呈现缓慢下降,并均在2010年前后出现了跳跃式下降,随后有所上升并维持在较平稳的感染水平,基本符合北京腹泻儿童中RV流行趋势监测,据此推测群体免疫压力可能是影响G1和G3型RV的流行分布随时间动态变化的原因。分子分析结果还显示本研究中G1和G3型RV和相应型别疫苗株之间的进化距离远,且均在主要抗原区存在变异,这些是否对疫苗应用效果产生影响仍需要对RV的流行进行持续监测。

摘要：目的建立一种更加简便的A组人轮状病毒(HRV)核酸斑点杂交VP7分型方法,以便用于对HRV流行情况进行调查。方法在HRVVP7编码基因各G基因型间高度变异而型内高度保守区域设计分型探针,在该区域的两侧相对保守区域设计一对通用引物,利用PCR分别将地高辛标记HRV5种常见型别(G1～4,G9型)的DNA探针,建立基于VP7的斑点杂交方法;选取经抗原检测和聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)检测均为HRV阳性的2006至2008年住院腹泻患儿粪便标本200份,RT-PCR扩增VP7全基因,并对扩增阳性产物应用斑点杂交方法进行G型别分析。结果建立的斑点杂交方法在5种型别探针间无交叉反应,各型探针的检测灵敏度可达到10pg。200份PAGE阳性标本中162份RT-RCR扩增VP7基因阳性,斑点杂交显示G1型41例(25.3%),G2型2例(1.2%),G3型63例(38.9%),G9型35例(21.6%),混合感染19例(11.7%),杂交未分出型2例(1.2%),未检测到G4型HRV。结论本研究所建立的斑点杂交方法敏感度和特异度强,适合在HRV大规模分子流行病学调查时应用。通过该方法的初步应用,发现北京地区婴幼儿HRV除了常见的G1、G2和G3型外,还有G9型感染。