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酪氨酸激酶抑制剂的柔性原子受体模型方法研究
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《化学学报》2003年 第1期61卷 29-33页
作者:彭涛 裴剑锋 周家驹中国科学院过程工程研究所北京100080 
用柔性原子受体模型方法对一系列嘧啶类衍生物酪氨酸激酶抑制剂进行了 3D QSAR研究,建立了相关性很好的模型,这些模型对测试集中化合物活性的预测结果表明其具有较强的预测能力.柔性原子受体模型方法还给出了虚拟的受体模型,表明了受体...
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距离比较法构建M_1受体激动剂药效团模型
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《化学学报》2005年 第22期63卷 2021-2026页
作者:牛彦 裴剑锋 吕雯 雷小平北京大学药学院药物化学系北京100083 北京大学化学与分子工程学院北京100871 
在M_1受体三维结构未知的情况下,利用距离比较法(DISCO)对24个具有M_1受体激动活性的化合物进行了研究,构建了M_1受体激动剂可能的药效团模型,为设计新M_1受体激动剂提供了参考,并以此为提问结构在ACD数据库和中草药数据系统(TCMDB)中...
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柔性原子受体模型(FLARM)
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《化学学报》2002年 第6期60卷 973-979页
作者:裴剑锋 周家驹中国科学院过程工程研究所北京100080 
柔性原子受体模型 (FlexibleAtomReceptorModel,FLARM)方法使用了改进的遗传算法 (IGA) ,比传统的受体模型方法具有更快的计算速度 ;FLARM受体模型中的原子空间坐标在遗传演化过程中是可变的 ,避免了不合适的起始位点对模型的影响 ;另外...
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表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂的药效团研究
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《化学学报》2003年 第3期61卷 430-434页
作者:彭涛 裴剑锋 周家驹中国科学院过程工程研究所北京100080 
根据一系列表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂的三维定量构效关系研究 ,得到了该类抑制剂的药效团 ,研究结果与Novartis的药效团模型相当类似 .药效团包括一个氢键受体 ,一个氢键给体 ,一个疏水区和一个带有氯或溴原子的苯环 .该药效团...
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大数据时代的药物设计与药物信息
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《科学通报》2015年 第8期60卷 689-693页
作者:孙潭霖 裴剑锋北京大学前沿交叉学科研究院定量生物学中心北京100871 北京大学天然药物及仿生药物国家重点实验室北京100191 
大数据时代,以数据驱动的药物研发(data-driven drug research and development)方式有望显著提高药物研发成功率、缩短药物研发周期以及降低药物研发成本.本文简短综述了近年来药物设计和药物信息相关数据整合和数据挖掘的最新研究概况...
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酪氨酸激酶抑制剂的比较分子场分析
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《高等学校化学学报》2003年 第6期24卷 1076-1079页
作者:彭涛 裴剑锋 周家驹中国科学院过程工程研究所北京100080 
采用比较分子场分析 (Co MFA)方法研究了一组嘧啶类衍生物酪氨酸激酶抑制剂活性与结构的关系 .所得模型不仅能够很好地预报训练集中的化合物的活性 ,而且还可以准确地预报预报集中的化合物活性 .通过分析分子场等值面图在空间的分布 ,...
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化学标记语言及其应用
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《计算机与应用化学》2003年 第1期20卷 52-56页
作者:彭涛 裴剑锋 周家驹中国科学院过程工程研究所北京100080 
化学标记语言CML是可扩展标记语言XML的一个应用,用于表示化学信息。CML可以表示原子、分子和晶体学信息。其他的分子格式文件可以转换成为CML文档而没有信息的丢失。本文详细回顾了CML的起源、设计目标、发展历程、现状和应用,分析了CM...
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家蝇GABA受体抑制剂的比较分子相似性指数分析模型研究
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《计算机与应用化学》2004年 第2期21卷 221-226页
作者:沈斌 张晔 裴剑锋 巨修练 任天瑞中国科学院过程工程研究所北京100080 北京大学化学与分子工程学院分子动态与稳态结构国家重点实验室北京大学理论生物学中心北京100871 
目的:寻找家蝇GABA 受体抑制剂的化学结构与生物活性之间的关系,为设计合成新的更高活性的家蝇GA-BA 受体抑制剂提供理论依据,从而为新农药的创制提供线索。方法:选择三类29个家蝇GABA 受体抑制剂,在SGI 工作站上,用SYBYL6.9软件,进行...
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基于三维虚拟设计环境下机械产品的仿真维修训练
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《科技资讯》2011年 第26期9卷 120-120页
作者:裴剑锋中国铝业股份有限公司中州分公司河南焦作454174 
随着计算机虚拟现实技术的不断发展,三维虚拟实验训练设备在工业领域上的应用将实现深刻而广泛的变革,以机械制造业为代表,在三维虚拟设计环境下,应用三维虚拟维修技术对机械产品进行仿真维修训练,不仅可以提高机械维修人员的实际操作能...
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