摘要：指出了MurB酶是细菌合成细胞壁的重要的合成酶,可以作为抗菌药物的新的靶点。为了开发新的MurB酶的抑制剂,选取了16个3,5-吡唑烷二酮衍生物作为配体,应用计算机辅助药物设计技术,对靶标MurB酶进行了分子对接分析。结果显示:16个化合物和MurB酶都有较强的结合,其中12个化合物的对接打分函数超过了对照已知抑制剂;化合物中的3,5-吡唑烷二酮的结构能够和MurB酶形成较强的氢键连接;而且分子中的芳基取代基也能够和MurB酶形成疏水性结合。

摘要：UDP-N-乙酰胞壁酰-L-丙氨酸-D-谷氨酸连接酶(MurD)在细胞质中催化D-谷氨酸(D-Glu)和UDP-N-乙酰胞壁酰-L-丙氨酸(UDP-MurNAc-L-Ala)之间的酰胺键形成UDP-N-乙酰胞壁酰-L-丙氨酸-D-谷氨酸(UDP-MurNAc-L-Ala-DGlu).由于MurD对D型氨基酸表现出非常高的特异性,使得它被认为是发现选择性抗菌剂的新靶标之一.通过利用从相关文献中获取的31个大肠杆菌MurD抑制剂建立3D-QSAR预测模型.以分子对接获得的打分较高的活性构象为模版,对选择的分子进行叠合,从中随机选择26个化合物作为训练集建立比较分子场分析(CoMFA)模型,该模型的去一交叉验证(LOO)相关系数q^2=0.515(CoMFA).剩余的5个化合物组成测试集以验证模型的预测性能,相应的相关系数R2press=0.701 8(CoMFA).结果表明建立的CoMFA模型具有较好的预测能力,研究结果将为今后的MurD抑制剂设计和开发提供参考信息.