摘要：热不对称交错PCR(TAIL-PCR)是一种以PCR为基础的染色体步移,主要用于分离已知基因的侧翼序列,具有简便、快速、高效、特异性强等特点。文章从TAIL-PCR的原理、优势及局限性、反应体系优化等方面对TAIL-PCR的研究进展进行综述,其中在畜牧兽医中主要用于已知基因侧翼克隆和转基因动物模型外源基因插入位点确定。但由于基因组DNA的庞大和复杂性,使得从基因组中克隆获得目的基因仍存在诸多限制因素,如特异性引物错配和随机引物结合位点不确定,易造成非特异性产物的产生;模板GC含量异常或存在高度重复序列时,即使使用多种简并引物也难以获得阳性产物。因此,应根据实际情况对TAIL-PCR进行灵活调整。当模板较复杂时,可借鉴连接介导PCR原理,给引物加上接头,提高扩增反应的特异性;当模板较简单或序列较清晰时,可根据模板特点(如高GC含量)或已知模板序列设计引物、调整反应条件,增加操作的简便性;还可参考Suppression-PCR原理,选择引物和反应条件,获得较长的扩增片段。此外,TAIL-PCR可与多种技术联合使用,促使其在畜牧兽医中获得更广泛深入的应用。

摘要：根据副猪嗜血杆菌(Haemophilus parasuis,Hps)16S rRNA(M75065)序列设计1对引物,对从广西9个市26个地县采集的305份病料进行PCR鉴定。结果表明,305份病料有14份为阳性,阳性率为4.59%,扩增片段大小为822 bp;经Sph I、BamH I双酶切进一步鉴定,可以确定检测到的14份阳性材料均为Hps;将PCR扩增产物连接pMD18-T载体并转化DH5α感受态细胞,然后进行测序及同源性比较分析,发现14份阳性材料之间的核苷酸同源性均在94.5%以上,与国外Hps的核苷酸同源性均在94.3%以上,说明Hps已在广西发生存在。

摘要：【目的】了解并掌握广西地区竹鼠细小病毒(Bamboo rat parvovirus,BRPV)的生物学特性及遗传变异情况,为BRPV的防控提供理论依据和技术支撑。【方法】用养殖场患病死亡的竹鼠病料制备组织上清液,采用Vero细胞同步接毒法进行病毒分离,通过细胞病变观察、PCR、透射电镜观察及血凝试验等方法鉴定,设计合成特异性扩增引物对BRPV全基因组序列进行测序分析。【结果】分离获得的病毒可在Vero细胞上稳定生长增殖,感染细胞变长、变梭或成拉丝状;病毒纯化后经电镜观察可见呈立体对称、无囊膜、直径20~25 nm的病毒粒子;经PCR鉴定、凝集试验及全基因组测序表明,分离株为BRPV。本研究共获得3株BRPV(GenBank登录号:MF497824、MF497825、MF497826),毒株基因组全长约4758 bp,全基因组序列比对发现,其与蝙蝠源细小病毒关系较近。BRPV基因编码氨基酸遗传特征与其宿主特异性有很强的相关性,NS 1基因编码氨基酸变异与蝙蝠及大鼠源细小病毒更接近,与其处于同一分支,核苷酸相似性为96.9%~97.6%,氨基酸相似性为97.5%~98.4%。其中第257和360位氨基酸属于高突变位点;基于VP 2基因编码氨基酸的遗传进化树显示,其进化树处在一个独立的分支上,与大鼠源及犬、猫等动物源细小病毒核苷酸相似性为58.3%~66.8%,氨基酸相似性为51.6%~63.0%。VP2蛋白第8、99、114、118、247和253位氨基酸存在宿主偏好性,第53和386位氨基酸属于高突变位点。【结论】本研究分离获得的BRPV为一种细小病毒,本研究结果明确了中国BRPV遗传特性及病毒粒子形态特征,为BRPV的流行病学调查及防控奠定了基础。

摘要：【目的】建立检测新型阿卡斑病毒(AKAV)的SYBR Green Ⅰ荧光定量RT-PCR,并结合序列测定开展广西边境地区蚊携带新型AKAV调查,了解其流行趋势及遗传进化特征,为建立重要蚊媒病毒病预警机制提供技术支持。【方法】分别针对新型AKAV的S基因和M基因主要变异位点设计引物,建立SYBR Green Ⅰ荧光定量RT-PCR并通过Ct值、标准曲线斜率、相关系数、扩增效率及扩增准确性等指标确定最佳反应体系及扩增程序;以优化的SYBR Green Ⅰ荧光定量RT-PCR检测2019年6-10月在广西边境地区采集的139份蚊样品,获得的新型AKAV经测序后采用ClustalW构建遗传进化树。【结果】SYBR Green Ⅰ荧光定量RT-PCR最佳反应体系:SYBR Premix Ex Taq Ⅱ 10.0μL,上、下游引物(4μmol/L)各1.0μL,标准品或反转录产物2.0μL,双蒸水补齐至20.0μL。扩增程序:95℃预变性30 s;95℃30 s,64℃(S基因)/66℃(M基因)30 s,72℃30 s,进行40个循环。SYBR Green Ⅰ荧光定量RT-PCR检测新型AKAV S基因和M基因的极限为1.0×101copies/μL和1.0×102copies/μL,对应的扩增效率分别为98.61%和105.81%,但不能扩增蓝舌病病毒、鹿流行性出血热病毒、竹鼠圆环病毒和布鲁氏杆菌;检测S基因和M基因的批内重复试验、批间重复试验变异系数(CV)均低于5.00%。采用建立的SYBR Green I荧光定量RT-PCR成功从广西边境地区防城港市、东兴市、宁明县、大新县及北海市的阿蚊和库蚊中检出新型AKAV,且均属于基因Ia型,尤其与广东和湖南蠓虫、中华按蚊、致倦库蚊分离毒株具有较高的相似性。【结论】针对新型AKAV S基因和M基因建立的SYBR Green Ⅰ荧光定量RT-PCR具有特异性强、灵敏度高、重复性好的特点,更适用于检测病毒拷贝数低的样品。此外,从广西边境地区蚊样品中检出的AKAV毒株均为新型AKAV,属于基因Ia型,与广东和湖南蠓虫、中华按蚊、致倦库蚊分离毒株具有较高的相似性,推测新型AKAV已在广西周边省份流行。

摘要：为了解近年广西地区猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)基因组特征和分子遗传多样性,本研究设计11对特异性引物,对中国广西南宁猪腹泻病例中检测到的1株PEDV GXNN进行了全基因组测定,同时进行相似性比对、遗传进化、基因变异及S基因重组分析。结果显示,广西变异株GXNN与其他PEDV分离株具有相似的基因组特征,基因组全长28035 bp,与不同参考株核苷酸相似性为96.4%~98.7%,S、ORF3、M和N基因核苷酸相似性分别为93.7%~98.9%、90.9%~99.4%、97.4%~99.7%和95.6%~99.2%;氨基酸相似性分别为92.9%~99.5%、91.3%~99.1%、97.4%~99.1%和96.4%~99.5%。GXNN与近年国内大多数分离株亲缘关系较近,处于同一分支,为GII-b亚型,而与经典疫苗毒株、国内早期流行株、国外流行株及广西CH-GX-2015-750A分离株亲缘关系都较远,为不同亚型。与目前常用5个疫苗毒株相比,S基因变异较大,在118、844和905位插入氨基酸Q,在COE(Core neutralizing epitope)区和主要抗原表位区发生4个独特的氨基酸位点突变,其他区域发生14个位点突变;ORF3、M和N基因分别在126位、4D4区和PN-D4区发生126 T/A、199 A/V和103 T/A突变。重组分析发现在S基因的高变区826~3142 nt存在1个潜在的重组区域。本研究成功获得1株PEDV全基因组序列,对其进行遗传变异分析,为PEDV分子流行病学研究和新型疫苗研发提供参考依据。

摘要：[目的]本研究将CRISPR/Cas12a系统与反转录重组酶介导等温核酸扩增技术(RT-RAA)结合,拟建立一种基于CRISPR/Cas12a-RT-RAA的猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)快速检测方法。[方法]分析不同基因型PRRSV全基因组序列,在3′-UTR端保守区设计重组酶介导等温核酸扩增技术(RAA)引物、crRNA及DNA报告底物分子,筛选RT-RAA最佳引物对。表达纯化AsCas12a蛋白,并以质粒为标准品,经RT-RAA扩增后,将产物加入CRISPR/Cas12a系统,建立PRRSV的CRISPR/Cas12a-RT-RAA检测方法,分别以PRRSV、猪圆环病毒2型(PCV2)、猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪瘟病毒(CSFV)、猪伪狂犬病病毒(PRV)核酸为模板验证建立方法的特异性,以不同浓度的pMD18T-PRRSV为模板验证建立方法的敏感性。以5.62×10^(6)、5.62×10^(3)、5.62拷贝数/μL的质粒为模板进行重复性试验,最后进行临床效果评价,将所建立的方法与实时荧光定量逆转录PCR方法进行比较。[结果]本研究成功表达并纯化获得具有良好剪切活性的AsCas12a蛋白,蛋白分子质量大小为196 ku;所建立的CRISPR/Cas12a-RT-RAA方法的检测下限可达5.62拷贝/μL;该方法具有良好的特异性,可特异性检测出PRRSV,不能检出其他猪病病毒PCV2、PEDV、CSFV和PRV,并具有良好的重复性。应用该方法对121份猪组织样品进行检测,与实时荧光定量逆转录PCR的阳性符合率为93.75%,阴性符合率为99.05%,总符合率为99.17%。[结论]本研究成功建立基于CRISPR/Cas12a-RT-RAA的PRRSV快速检测方法,该方法特异性强、灵敏性高、重复性好且不依赖复杂设备,可在现场和基层实验室使用。

摘要：为建立一种快速检测阿卡斑病毒(AKAV)的分子生物学检测方法,本研究通过比较分析AKAV基因组序列,在S基因保守序列区域设计重组酶介导等温扩增(RAA)引物及探针,筛选最佳引物对,然后对RAA反应温度、引物浓度以及探针浓度进行优化,建立了AKAV的荧光逆转录重组酶介导的核酸等温扩增(RT-RAA)快速检测方法。结果显示,所建立的荧光RT-RAA方法在42℃反应20 min即可快速检测出AKAV,检测下限可达6.26×10^(1)copies/μL,与牛病毒性腹泻病毒、蓝舌病毒、伪狂犬病病毒、猪繁殖与呼吸障碍综合征病毒等无交叉反应,并具有良好的重复性。对37份临床样品进行检测,阳性检出率为43.24%,与RT-qPCR检测结果符合率为94.59%。结果表明,建立的AKAV荧光RT-RAA快速检测方法具有快速、特异、灵敏、稳定等特点,可为AKAV的现场快速检测提供可靠方法。