摘要：采用转录组测序的方法挖掘防风SSR位点信息并设计特异引物,以期为防风的种质资源遗传多样性研究提供有力依据。对防风种子净度、千粒重、发芽率、活力等种子特性进行统计,并对转录组数据库中长度1 kb以上的12606条unigene,利用MISA软件搜索SSR位点信息,使用Primer 3设计引物,以筛选得到的43对SSR引物分析28份不同来源防风材料的多态性。结果显示不同种源防风在净度、千粒重、发芽率、活力、种子长宽等方面存在差异,其中发芽率、活力的差异较为明显,HB-ZJK1、NMG-CF4、NMG-BT、NMG-HLE1、NMG-CF2的千粒重、发芽率、活力方面明显高于其他种源。在得到的86233条unigene序列中利用MISA软件发现有12606条unigene序列上共包含了15958个SSR位点,SSR位点unigene数占unigene总数的14.62%,平均每5009 bp出现1个SSR位点,SSR位点的重复类型以单核苷酸和二核苷酸为主,G/C、TC/AG是单核苷酸和二核苷酸的优势基元,利用28个不同产地防风材料对所有引物进行筛选,得到条带清晰、稳定多态性好的引物。聚类分析表明,28份防风种质资源的生物性状及遗传多样性的聚类结果大致吻合,相同产地(HB-AG1、HB-AG2、HB-ZJK1、HB-ZJK2)的大多聚在一起,亲缘关系较近。防风转录组中SSR出现频率较高、类型丰富且多态性高,为其种质资源鉴别、遗传图谱构建和分子辅助育种等提供了候选分子标记。

摘要：目的:研究半夏种质间遗传多样性,解析种质间的亲缘关系,为半夏种质鉴定、品种选育及资源保护提供依据。方法:该研究以27份半夏作为实验材料,测定其株高、叶长、叶宽等7个表型性状,并基于半夏转录组数据开发设计简单重复序列(SSR)引物,对27份半夏进行聚合酶链式反应(PCR)扩增,利用POPGENE32、PowerMarker V3.25和NTSYS-PC 2.10e软件对半夏种质进行遗传多样性分析。结果:共筛选出10对具有高度多态性的引物(PIC>0.5),4对中度多态性的引物(0.25<PIC<0.5)。平均检出等位基因3.9286个,平均Nei's多样性指数(H)和Shannon's指数(I)分别为0.5578和1.0029,表现出较高的遗传多样性水平。聚类分析将半夏种质分为7个亚类,同一省份的半夏聚类在相同亚类。采用14对引物构建了27份半夏种质的SSR分子身份证,实现了对每个地区半夏的快速鉴别。结论:研究结果可为后续半夏的遗传多样性和居群结构研究奠定基础,并为半夏种质资源的鉴定、图谱构建和分子辅助育种提供科学依据。