摘要：【目的】优化木薯SCoT-PCR反应体系并进行SCoT引物筛选,为木薯辅助育种提供技术支持。【方法】以木薯品种新选048为材料,利用正交试验设计对DNA模板量、Mg^(2+)浓度、dNTPs浓度、引物浓度、Taq DNA聚合酶量等因素进行优化,确定木薯最佳SCoT-PCR反应体系,并用其进行SCoT引物筛选。【结果】木薯最佳SCoT-PCR反应体系(20.0μL):模板DNA 60 ng,引物浓度0.30μmol/L,Taq DNA聚合酶1.5 U,Mg^(2+)1.50 mmol/L,dNTPs 0.25 mmol/L。利用该体系筛选出19条SCoT引物,能稳定扩增出数量多、清晰可辨且多态性丰富的条带。【结论】优化的木薯SCoT-PCR反应体系检测结果稳定,重复性好,且筛选出的19条引物均适用于木薯遗传多样性分析。

摘要：该研究以‘桂粉葛1号’为材料,通过转录组测序的方法测得8.9Gb clean reads,组装成137 629个转录本,最终得到83 811个Unigene序列。进化树分析表明,葛根和苜蓿、花生聚为一支。用MISA软件在83 811个序列中检测到25 452个简单重复序列(SSR)位点,三核苷酸重复的SSR数量最多,其次是二核苷酸重复。三核苷酸重复中,(AAG)n是最普遍的重复单元(27.87%)。共设计了229对SSR引物,其中28对引物可以产生清晰的条带和丰富的多态性,被用于检测44份葛根资源的遗传多样性。在44个葛根资源的基因组DNA中共扩增出90个片段,其中89个条带有多态性,平均等位基因数为3.178 6。多态性信息量范围为0.083 0～0.774 2(平均数为0.4557)。聚类分析显示遗传相似性系数范围为0.266 7～1.000 0。这些结果提示所检测的葛根资源在DNA分子水平存在着丰富的遗传多样性。当阈值为0.58时,44个资源可以划分为2个类群,且44份资源的类群划分与地理来源之间没有直接关系,但这些标记将是葛根遗传多样性研究可用的基因组资源。

摘要：为了更好地将SRAP分子标记技术应用于葛根上,本研究采用正交设计对葛根的SRAP-PCR反应体系进行优化,并筛选适用于葛根的SRAP引物。结果表明,葛根SRAP-PCR反应最优体系为20μL:DNA40 ng,Mg2+浓度1.5 mmol/L,dNTPs浓度0.25 mmol/L,引物浓度0.6μmol/L,Taq DNA聚合酶0.5 U。各因素对葛根SRAP-PCR扩增效果影响大小依次为:dNTP>Taq DNA聚合酶>Mg2+>引物>DNA模板量。利用该最优体系筛选获得了91对可在葛根中扩增出清晰条带的引物组合。以3组引物组合对6个葛根材料进行PCR扩增,产物重复性好、稳定且具有多态性。本研究优化的葛根SRAP-PCR反应体系及筛选出的引物为葛根相关分子生物学研究提供了技术基础。

摘要：【目的】优化葛根SCoT-PCR反应体系,筛选适用于葛根的SCoT引物,为利用SCoT分子标记进行葛根种质资源鉴定、遗传多样性分析及分子标记辅助育种提供技术支持。【方法】采用正交设计对SCoT-PCR反应体系中的DNA模板量、dNTPs浓度、Mg^(2+)浓度、Taq DNA聚合酶量和引物浓度5个因素进行优化,利用最佳SCoT-PCR反应体系筛选出适用于葛根的SCoT引物,并对该体系进行验证。【结果】最佳葛根SCoT-PCR反应体系20.00μL:DNA模板50.00 ng,dNTPs 0.25 mmol/L,Mg^(2+)1.50 mmol/L,引物0.80μmol/L,Taq DNA聚合酶0.50 U。利用该体系从36条SCoT引物中筛选出35条可从葛根中扩增出清晰条带的引物。使用3条引物对18个葛根材料进行PCR扩增,PCR产物表现出良好的重复性、稳定性和丰富的多态性。【结论】建立的最佳葛根SCoT-PCR反应体系和筛选获得的35条SCoT引物可适用于葛根种质资种鉴定、遗传多样性分析、相关分子标记开发等研究。