摘要：目的分析天津市1例输入性基孔肯亚病毒(CHIKV)的全基因组序列特征与进化,为CHIKV的监测与防控提供科学依据。方法收集2019年11月4日于天津市第二人民医院采集的血清标本200μl提取核酸,设计叠瓦式引物扩增CHIKV基因组全长,然后利用Illumina Miniseq平台进行高通量测序。结果本研究的CHIKV属于ECSA基因型印度洋分支,与大部分中国分离株一致,相似性为92.72%~99.86%,在国际上与巴基斯坦分离株亲缘关系最近(99.74%)。天津CHIKV在关键位点E1-D284E和E2-I211T处有两处突变,与ECSA基因型一致。此外,天津CHIKV还具备两个关键毒力位点E2-12T和E2-82G,以及nsP3-R524Opal终止子突变。结论天津CHIKV具备较强毒力,且具备在白纹伊蚊中传播的能力,提示应继续加强对CHIKV的监测。

摘要：目的建立一种快速、灵敏、特异的SYBR GreenⅠ实时荧光定量逆转录-聚合酶链反应(rRT-PCR)方法,以期用于检测柯萨奇病毒A2、A4和A5型。方法根据3种病毒vp1基因保守序列设计特异性引物,建立并优化SYBR GreenⅠrRT-PCR方法。分别构建3种病毒的vp1部分基因的重组质粒作为病毒的体外转录标准品,分别以100~109和102~105倍稀释的标准品、其他6种肠道病毒、两种呼吸道RNA病毒及以临床诊断为手足口病的临床标本为模板,经过优化SYBR GreenⅠrRT-PCR反应条件,建立标准曲线和溶解曲线对其灵敏度、重复性、特异性进行评价,分析其临床应用中的效果。结果成功建立了3种柯萨奇病毒的SYBR GreenⅠ荧光定量rRT-PCR方法及定量标准曲线,方法的灵敏度为101copies/μl质粒标准品,变异系数均<2%,与柯萨奇病毒A组6、10、16型,肠道病毒EV71型,诺如病毒,轮状病毒,麻疹病毒和乙型流感病毒均无交叉反应。检测84份手足口病临床标本,阳性率分别为36.9%(CVA4)、8.33%(CVA5)和7.14%(CVA2),经测序验证符合率为100%。结论建立的检测柯萨奇病毒A2、A4和A5型的SYBR GreenⅠrRT-PCR方法具有良好的灵敏度、重复性和特异性,可用于手足口病病原体的分型检测。

摘要：目的 建立柯萨奇病毒A组6（Coxsackievirus A6,CVA6）和10型（CVA10）的SYBRGreen Ⅰ荧光定量RT-PCR方法并进行评价及初步应用.方法 根据GenBank上的CVA6和CVA10序列,分别设计特异性引物,建立SYBR Green Ⅰ荧光定量RT-PCR方法体系,并分别进行灵敏度,重复性和特异性检测,然后利用该方法对649份2014年天津市未明确分型的肠道病毒阳性标本进行检测.结果 成功建立CVA6和CVA10的SYBR GreenⅠ荧光定量RT-PCR方法及定量标准曲线,其检出限均为101 copies/μL,重复性实验的变异系数均小于2％.该方法特异性强,与柯萨奇病毒（A组2、4、5、16型）、肠道病毒EV71型、诺如病毒、轮状病毒、麻疹病毒和乙型流感病毒均无交叉反应.利用该方法检测649份未分型标本,发现136份为CVA6阳性和174份为CVA10阳性,分别占未分型阳性标本的20.96％和26.81％.结论 本研究建立的检测CVA6和CVA10荧光定量RT-PCR方法灵敏度高、重复性好、特异性强,应用于2014年天津市手足口病监测,发现C VA6和CVA10已成为优势型病原体.