摘要：本研究采用高通量测序技术对化橘红进行了转录组学研究,为更好地了解化橘红SSR(简单重复序列)的特点,挖掘出化橘红的SSR分子标记,对化橘红原植物化州柚的外果皮转录组中Unigenes进行了SSR分析。结果表明:测序共获得46,514条Unigenes,总长度为126,417,369bp,通过分析共得到20,378个SSR位点,分布在13,810条Unigene上,发生频率为29.69%,分布频率为43.81%。在20,378个SSR位点中,以单核苷酸重复基元为主,占比达到65.93%,其次是二核苷酸和三核苷酸重复基元,占比分别为17.21%、14.95%。在单核苷酸重复基元中出现频率最高的是A/T基元。利用primer3进行引物设计,13,521个位点共构建了40,575对引物,引物设计成功率达到66.35%。本研究对化橘红转录组SSR的分布特点进行了分析,并获取了大量的SSR分子标记的引物,可为化橘红分子育种、种质资源鉴定、遗传多样性分析等提供依据。