摘要：【目的】基于上海市全人群出生队列,设计重症出生缺陷儿童的巢式病例对照研究,了解重症出生缺陷儿童的健康状况,探索出生缺陷发生的影响因素。【方法】应用巢式病例对照研究方法,在全人群出生队列的基础上,以重症出生缺陷儿童为病例组,匹配健康儿童作为对照组,通过病史核查和入户随访收集儿童基本信息、健康状况、母亲孕史情况和生存追踪情况。应用多因素logistic回归模型探索出生缺陷的危险因素。【结果】共纳入2011年1月1日—2021年12月31日出生的婴儿18875例,其中重症出生缺陷儿童11500例(60.93%),健康对照儿童7375例(39.07%)。多因素logistic回归分析显示,男性(OR=1.20,95%CI:1.13~1.29)、非沪籍(OR=1.16,95%CI:1.06~1.25)、多胎(OR=8.41,95%CI:6.25~11.30)、人工授精(OR=2.31,95%CI:1.34~3.99),试管婴儿(OR=1.85,95%CI:1.44~2.38)、母亲放射暴露(OR=1.83,95%CI:1.07~3.14)、母亲妊娠期疾病(OR=1.61,95%CI:1.49~1.74)、妊娠期负性事件(OR=2.34,95%CI:1.88~2.92)、父亲化学暴露(OR=1.88,95%CI:1.32~2.69)、父亲放射暴露(OR=1.65,95%CI:1.18~2.33)、出生缺陷家族史(OR=8.18,95%CI:3.96~16.89)、母亲孕前超重(OR=1.16,95%CI:1.07~1.27)、肥胖(OR=1.15,95%CI:1.03~1.30)、过度肥胖(OR=1.52,95%CI:1.26~1.83)是出生缺陷发生的危险因素。按畸形种类分析发现早产(OR=27.87,95%CI:20.84~37.27)是心脏畸形和唇腭裂畸形的危险因素,尤其在心脏畸形中居于首位。【结论】在控制影响因素后,母亲妊娠前超重、肥胖和过度肥胖是出生缺陷发生的独立危险因素,人工授精和试管婴儿也是出生缺陷发生的独立危险因素。选择健康生活方式、加强妊娠期身心健康、控制体重指数(BMI),有利于降低出生缺陷发生风险。