摘要：从三种冠状病毒主要蛋白酶SARS 3CL ,HCoV 3CL和TGEC 3CL蛋白酶结构出发 ,着重研究了三种蛋白酶二聚体单体之间的静电和疏水相互作用 .用连续介质模型有限差分方法计算得到三种蛋白二聚体界面处的静电势 ,发现三种蛋白酶单体和单体之间静电势分布具有明显的互补性 ,三种蛋白酶二聚体单体之间具有相同的静电相互作用能 .用溶剂可及表面积模型分析了分子表面积及疏水性 ,发现三种蛋白酶具有相同的疏水分布 ,其中SARS 3CL蛋白酶疏水率为 74% ,驱动其单体聚合成二聚体 .对三种蛋白酶的去溶剂化能疏水项的计算表明 ,三种蛋白酶二聚体单体之间具有相似的疏水相互作用能 .

摘要：从TGEV 3CL蛋白酶二聚体结构出发,研究了TGEV 3CL蛋白酶二聚体单体之间的静电和疏水相互作用.蛋白质的静电相互作用通过有限差分方法求解Poisson-Boltzmann方程得到,疏水相互作用通过分析溶剂可及性表面模型得到.考察了不同pH值对TGEV 3CL蛋白酶二聚体静电和疏水相互作用的影响,在pH值为5.5-8.5时,二聚体静电相互作用能、静电去溶剂化能和疏水自由能都较小,表明在该条件下静电和疏水相互作用有利于二聚体的稳定存在,这符合实验结晶所需条件.pH值对静电去溶剂化能的影响大于疏水自由能,表明静电作用是造成强酸或强碱条件下二聚体不能稳定存在的主要原因.

摘要：为了揭示辅酶PQQ结构与反应性的关系,在B3LYP/D95(d,p)水平上对一系列PQQ模型化合物及其类似物与氨的亲核加成进行了理论计算.结果表明:对单羰基体系,羰基碳的亲电性对反应能垒有重要的影响;对双羰基体系,过渡态中邻位羰基氧与亲核试剂氨上的H形成的氢键对反应的活化能起着关键的作用;稠合芳香环本身对反应的能垒影响不大,但当稠合杂环的1-位为可提供氢键受体的N原子时,由于N1与氨上H原子间可形成氢键而进一步降低反应的活化能.发现过渡态中被进攻羰基与氨上N原子之间形成的夹角(OCN)与活化能有良好的线性关系.

摘要：运用微扰MP2和密度泛函B3LYP方法在不同的基组水平上对锂离子与一系列以杂环为主的芳香化合物所形成复合物的可能构型进行了优化 ,获得了复合物的几何构型、电荷转移量、结合能等重要信息 ,对阳离子 π作用与阳离子 -杂原子作用的竞争情况进行了讨论 .特别是 ,我们发现此体系阳离子 π复合物的结合能和芳环单体中心上方一个点的静电势成很好的线性相关 .揭示了锂离子与芳香杂环形成阳离子 π复合物的形成过程中静电势起着非常重要的作用 ;同时表明 ,可用芳环表面静电势来定量预测较复杂体系阳离子 π作用结合能的大小 .

摘要：采用实验和计算的方法研究了甲磺酸培氟沙星与人血清白蛋白之间的结合作用.荧光法测得甲磺酸培氟沙星与人血清白蛋白形成一种类型的复合物,结合常数为1.7×105L·mol-1,有1.05个平均结合位点;微量热法测得该药物-蛋白结合过程中焓变为1.03kJ·mol-1,熵变为101.28J·K-1·mol-1,反应为熵驱动.用分子对接的方法预测了甲磺酸培氟沙星与人血清白蛋白的结合模式.计算表明,甲磺酸培氟沙星可结合在人血清白蛋白的两个药物结合位点,疏水作用即熵效应在药物与蛋白的结合中起重要作用,预测的结合自由能和实验值基本一致.

摘要：用CoMFA和HQSAR两种QSAR方法研究了50个乙内酰脲类分子的定量构效关系.本研究从构象搜索所得的低能结构出发构建化合物分子的构象,建立CoMFA模型,并进行了全空间搜索.HQSAR本质上是一种二维的QSAR方法,与CoMFA方法相比,该方法在数据处理方面,比CoMFA方法快捷,并且可重复性好.两种方法均得到了较好分析结果,CoMFA的交叉验证相关系数q2值为0.815,HQSAR的q2值为0.893.这些方程有力地说明了该类分子在(R,R)-N-3,5-dinitrobenzoyl-1,2-diamine型手性固定相上拆分过程中的影响因素,对今后类似拆分的实验研究提供了理论支持.

摘要：本文设计了3种合成路线,通过偶合反应、Baeyer-Villiger氧化水解、硝基还原、加溴反应、去甲基化等一系列反应,合成了多种间位羟基/甲基多溴联苯醚.产物经过气相色谱-质谱仪(GC-MS)和核磁共振测试表明实验所合成得到的产物与设计的目标产物结构完全一致,其纯度达到标样要求.