摘要：目的　建立HLA Ⅰ积累表型频率(CPF)的空间预测系统,旨在指导中国疫苗学家设计受HLA限制的多表位疫苗(包括DNA疫苗) ,并评价或预测根据不同HLA Ⅰ组合形式设计的多表位疫苗(或DNA疫苗)在中国不同地区的免疫效果。方法　通过构建中国境内人群HLA Ⅰ基因空间数据库,利用“克立格”技术建立CPF空间预测系统。结果　根据疫苗设计目的,设计者可利用该系统预测和估计特定地理位置上人群的CPF ,包括根据单个HLA座位(HLA A或HLA B)上的等位基因而设计的多表位疫苗和根据两个HLA基因座位(HLA A和HLA B)上的等位基因而设计的多表位疫苗在特定地理位置上人群的CPF值,从而估计或预测拟研制的或已研制的多表位疫苗在中国不同地理位置上人群中的免疫效果。结论　该预测系统可用于:①鉴别任何中国群体的期望CPF百分比,为设计疫苗组分提供依据;②在特定地理位置的人群中,预测限制性表位已知的多表位疫苗的理论免疫应答率;③在特定地理位置的人群中,识别因缺乏HLA Ⅰ限制性等位基因而不能对表位疫苗产生免疫应答的个体。

摘要：长期以来 ,对于多维基因多态性数据的多元统计分析 ,如计算遗传距离时所用的聚类分析、分析群体遗传结构时所用的主成分分析、因子分析和典型相关分析等 ,一直应用为无约束条件数据而设计的经典多元线性分析方法 ,并没有注意基因多态性数据的“闭合效应”所带来的问题。从分析基因多态性数据的分布和结构特征入手 ,文中指出了基因多态性分布具有“闭合数据”的特点 ,分析了由于“闭合效应”的影响 ,经典多元线性方法用于群体遗传结构分析所面临的困难。根据成分数据统计分析的理论和方法 ,提出了基因多态性群体遗传结构的多元非线性分析基本方法。并以主成分分析为例 ,通过实例比较和分析了经典线性主成分分析和“对数比”非线性主成分分析的结果 ,证明“对数比”非线性主成分分析方法是研究基因多态性群体遗传结构的良好方法 ,具有特异、灵敏等优点 。

摘要：目的　确定低密度脂蛋白受体相关蛋白 5 (low density lipoprotein receptor related protein 5 ,L RP5 )的基因组结构。方法　以 L RP5基因的 c DNA序列为线索 ,采用计算机杂交方法首先通过对比分析该基因的 c DNA序列和基因组序列 ,初步确定 L RP5基因的基因组结构 ;按分析得到的基因组结构设计引物 ,扩增并测定外显子序列和外显子内含子接头序列 ,确定该基因的基因组结构。结果　L RP5基因的基因组 DNA全长为131.6 kb,含有 2 3个外显子和 2 2个内含子 ;在编码序列中检测到 3个单核苷酸多态 ,即位于第 2外显子的A45 9G、位于第 10外显子的 C2 2 2 0 T和位于第 2 1外显子的 G44 16 C ;L RP5基因含有 4个已知的短串联重复序列 ,即 D11S1917、D11S40 87、D11S1337和 D11S4178,它们分别位于该基因的 5′端和第 1、4、13内含子内。结论　 L RP5基因的基因组结构的确定 ,为分析该基因突变和功能研究奠定了基础。

摘要：目的从X染色体上筛选多态性较强的多态位点,为X连锁遗传病的连锁分析和基因定位奠定基础。方法利用BCMSearchLauncher程序从相关基因组序列中筛选短串联重复序列。利用Primer3设计扩增短串联重复序列的引物,采用PCR扩增技术和聚丙烯酰胺凝胶电泳方法,对所筛选出的短串联重复序列进行多态性分析。结果从X染色体相关区域中筛选出8个短串联重复序列,多态性分析表明,其中的5个短串联重复序列具有多态性,χ2检验表明,各位点的基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡定律(P>0.05),且具有较高的杂合度。结论从X染色体上筛选出5个多态位点,可用于X染色体基因的连锁分析和基因定位。

摘要：目的　精细定位 Smith- Fineman- Myers综合征 ( Smith- Fineman- Myers syndrome,SFMS)致病基因 ,缩小致病基因候选区域。方法　从原定位区域中选择了 13个新的多态位点 ,采用聚合酶链反应( polymerase chain reaction,PCR)结合变性聚丙烯酰胺凝胶电泳方法 ,分析 SFMS家系中各成员多态位点基因型。从缩小的区域中根据已知基因的功能 ,从中选择了 GPC3、GPCR2、MST4和 GL UD2作为候选基因 ,设计了扩增全部外显子和内含子外显子接头序列的引物 ,通过直接测序法对家系中的患者进行了突变检测。结果　连锁分析结果将 SFMS定位区域缩小到 10 .18Mb,所有 4个候选基因在患者中未检测到突变。结论　候选区域的缩小 ,为最终分离 SFMS的致病基因奠定了基础 ,GPC3、GPCR2、MST4和 GL UD2不是中国山东地区

摘要：目的:探讨GPC4基因与中国山东Smith-Fineman-Myers综合征(SFMS)的关系,并分析SFMS患者GPC4基因突变。方法:利用primer3设计扩增GPC4全部编码序列及内含子和外显子接头序列的引物,采用PCR扩增结合PCR产物直接测序方法检测GPC4基因开放性阅读框架区域基因突变。结果:在GPC4基因开放性阅读框架区域内并未检测到导致疾病的基因突变。结论:山东SFMS家系患者不是由于GPC4基因编码区域基因突变所致。