摘要：为了建立能同时检测牛病毒性腹泻病毒(BVDV)、牛冠状病毒(BCoV)、牛轮状病毒(BRV)和牛细小病毒(BPV)的四重PCR方法,试验首先分别以BVDV 5′-UTR、BCoV Nsp10、BRV VP6和BPV VP2为靶基因设计检测引物,然后通过优化退火温度、Mg^(2+)体积、rTaq酶体积、dNTPs Mix体积和上下游引物体积建立致牛腹泻主要病毒的四重PCR检测方法,并对该方法进行了特异性、灵敏度和重复性评价,最后应用该方法对临床样本进行检测。结果表明:所建立的四重PCR方法的最优退火温度为55.2℃,最优Mg^(2+)体积为3.0μL,最优rTaq酶体积为0.8μL,最优dNTPs Mix体积为2.5μL,BVDV、BRV、BcoV和BPV对应基因最优的上下游引物分别为1.3μL/1.3μL、0.7μL/0.7μL、1.3μL/1.3μL和0.8μL/0.8μL。该方法仅对靶标病毒检测为阳性,对其他牛源病毒[牛副流感病毒3型(BPIV3)、牛传染性鼻气管炎病毒(IBRV)、牛呼吸道合胞体病毒(BRSV)]和口蹄疫病毒(FMDV)灭活疫苗检测均为阴性;对BVDV、BCoV、BRV和BPV的最低检出限分别为1.0×10^(3)copies/μL、1.0×10^(3)copies/μL、1.0×10^(4)copies/μL和1.0×10^(3)copies/μL;对3个批次样本的各个重复均能扩增出目的基因;可准确检测出牛粪便样本组合中已知的病毒;对临床样本中4种病毒的检出率与商品化病毒核酸检测试剂盒的检测结果具有较好的一致性。说明本研究建立的致牛腹泻主要病毒四重PCR检测方法能同时检测BVDV、BCoV、BRV和BPV,该方法特异性强、灵敏度高、重复性好,可用于临床样本的检测。

摘要：为鉴别检测引起牛病毒性腹泻的4种主要病原牛病毒性腹泻病毒(Bovine viral diarrhea virus,BVDV)、牛冠状病毒(Bovine coronavirus,BCV)、牛轮状病毒(Bovine rotavirus,BRV)和牛细小病毒(Bovine parvovirus,BPV),分别以BCV Nsp10基因、BVDV 5′UTR基因、BRV VP6基因和BPV VP2基因为靶基因设计引物,建立了检测上述4种病毒的实时荧光定量PCR方法。结果显示,方法的特异性强,仅检测靶标病毒的结果为阳性;方法的灵敏度高,对4种病毒BCV、BVDV、BRV和BPV相应质粒的最低检出限分别为7.77×10^(2)、7.11×10^(1)、1.74×10^(2)和2.53×10^(2)copies/μL,且重复性良好,批内和批间变异系数均小于1.0%。由于上述病毒存在交叉感染的情况较多,因此建立多重荧光定量PCR,并利用建立的多重实时荧光定量PCR方法对采集的230份牛腹泻临床样本进行检测,BVDV、BCV、BRV和BPV的阳性率分别为66.96%、3.48%、18.26%和9.57%;且存在多病毒混合感染情况,其中BVDV和BRV混合感染率为10.43%,BVDV和BPV混合感染率为3.48%,BVDV、BCV和BRV混合感染率为1.74%,BVDV、BCV和BPV混合感染率为0.87%,BVDV、BRV和BPV混合感染率为0.87%。研究建立的多重实时荧光定量PCR方法具有良好的特异性、灵敏性,可为病毒性牛腹泻的快速诊断和流行病学调查提供的技术支持。

摘要：为了建立牛呼吸道合胞体病毒(BRSV)通用型实时荧光RT-PCR快速检测方法,本研究根据GenBank登录的各型BRSV N基因序列共有保守区域设计引物,首先建立了检测BRSV的常规RT-PCR方法。结果显示,该常规RT-PCR检测方法特异性良好,仅检测靶标病毒呈阳性,检测限为1.71×10^(3) copies/μL。在此基础上,基于SYBR GreenⅠ染料建立了检测BRSV的实时荧光RT-PCR方法,该方法特异性良好,检测限为1.71×10^(1) copies/μL,其检测灵敏度显著高于常规RT-PCR方法。利用建立的常规RT-PCR方法和实时荧光RT-PCR方法对采集的46份牛鼻拭子样本和22份牛肺脏样本进行平行检测。结果显示,常规RT-PCR方法从牛鼻拭子和肺脏样本中分别检出10份和4份呈阳性,实时荧光RT-PCR方法分别检出13份和6份呈阳性,实时荧光RT-PCR方法的阳性检测率高于常规RT-PCR方法。本研究建立的BRSV通用型实时荧光RT-PCR方法为BRSV的临床检测和流行病学调查提供技术支持。

摘要：为快速检测马铃薯晚疫病菌——致病疫霉Phytophthora infestans对甲霜灵的抗性,基于已知致病疫霉RPA190基因的T1145A变异引起的F382Y氨基酸点突变与甲霜灵抗性有关,通过设计4对特异性引物F382Y-F1/F382Y-R、F382Y-F2/F382Y-R、F382Y-F3/F382Y-R和F382Y-F4/F382Y-R建立等位基因特异性PCR(allele specific-polymerase chain reaction,AS-PCR)快速分子检测法,其中F382Y-R引物在4对引物里保持不变,并分析所建分子检测法的特异性和灵敏度。结果表明,正向特异性引物F382Y-F2、F382Y-F3和F382Y-F4的3′末端在致病疫霉抗甲霜灵菌株原有核苷酸突变位点1145A(对应引物为F382Y-F1)的基础上,再人工引入第1144位的核苷酸突变,将1144T分别突变成1144G、1144C和1144A,并优化退火温度和特异性引物与内参引物ITS1/ITS4比例,最终确定最适退火温度分别为54、60和58℃,特异性引物与内参引物最适浓度比例均为5∶1。以该3条引物对应的3对特异性引物和内参引物ITS1/ITS4组成的3组多重AS-PCR引物对甲霜灵敏感和抗性菌株具有良好的特异性,敏感菌株的扩增产物含1条879 bp的内参片段,抗性菌株的扩增产物为1条879 bp的内参片段和1条461 bp的目的片段。3组AS-PCR检测体系均具有较高的灵敏度,其中引物F382Y-F4/F382Y-R对致病疫霉DNA的检测灵敏度达0.4 pg/μL,引物F382Y-F2/F382Y-R和F382YF3/F382Y-R的检测灵敏度达4 pg/μL。