摘要：目的:建立一种三向连接构造(three-way junction formation,3WJ)组合引物介导的滚环扩增技术(primer generation-rolling circle amplification,PG-RCA)检测肠道病毒71型(EV71)。方法 :根据EV71 VP1基因保守区设计3WJ模板T、3WJ引物P以及环状探针CP前体。对EV71进行恒温滚环扩增,检测患者咽拭子中EV71。结果:建立的新的滚环扩增技术能检测到amol级的合成RNA,检测临床标本时特异性强、敏感度好。结论:3WJ组合PG-RCA恒温滚环扩增技术检测肠EV71特异性强、敏感性好、不需昂贵的PCR荧光检测仪,便于基层医院开展。

摘要：目的建立三向连接构造(3WJ)组合引物介导的滚环扩增(PG-RCA)技术检测肠道病毒71型(EV71)的方法,并验证其检测效果。方法根据EV71的VP1基因保守区设计引物模板、引物以及环状探针前体,确立反应体系及反应条件,实时荧光PCR仪监测扩增结果。采用已建立的3WJ组合PG-RCA技术检测16例手足口病患儿咽拭子标本(EV71阳性12例、柯萨奇病毒A阳性2例、柯萨奇病毒B阳性2例)。结果已建立的3WJ组合PG-RCA技术能检测到amol级的EV71 RNA,说明方法建立成功。EV71阳性标本扩增曲线荧光强度均超过阈值;柯萨奇病毒A、B阳性标本扩增曲线荧光强度均低于阈值。结论成功建立3WJ组合PG-RCA技术检测EV71的方法,检测效果好。

摘要：目的构建乙型肝炎病毒(HBV)B、C基因型全基因组序列克隆。方法从HBV无症状慢性携带者中筛选B、C基因型,提取病毒核酸,设计引物,应用高保真酶对3 200bp的HBV DNA进行全序列扩增,通过克隆技术构建pGEM-HBV重组质粒,测序后进行序列分析。结果获得HBV B基因型和HBV C基因型重组质粒各1株。结论成功构建HBV B基因型和HBV C基因型的全基因组序列克隆,可为进一步研究HBV分子流行病学和基础研究提供工具。

摘要：目的利用重叠延伸聚合酶链反应(SOE-PCR)快速构建乙型肝炎病毒(HBV)阿德福韦酯耐药株(RT A181T)感染性克隆,观察重组质粒在Huh7细胞中的表达,建立HBV阿德福韦酯耐药株(RT A181T)的体外研究细胞模型。方法设计保守引物,从慢性乙型肝炎阿德福韦酯耐药患者血清中扩增全长HBV基因组,利用SOE-PCR技术构建1.3倍基因组长度的感染性克隆质粒pHBV1.3,转染肝癌细胞系Huh7,采Western Blot、Real-time PCR检测感染性克隆复制以及表达情况,同时用抗病毒药物拉米夫定以及阿德福韦酯验证对感染性克隆复制及表达的抑制情况。结果成功构建了HBV阿德福韦酯耐药株感染性克隆质粒pHBV1.3(RT A181T),该质粒在Huh7细胞系中能有效复制、转录和表达。拉米夫定能有效抑制该感染性克隆的复制和表达,阿德福韦酯不能抑制该感染性克隆的复制和表达。结论构建的HBV阿德福韦酯耐药株感染性克隆质粒pHBV1.3(RT A181T)在体外能高效复制及表达蛋白,其转染细胞可用于HBV复制机制及抗病毒研究。

摘要：目的:分析乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)阿德福韦酯耐药株的基因序列。方法:从已发生阿德福韦酯临床耐药的慢性乙型肝炎患者血清中提取HBV DNA,设计保守引物,采用高保真聚合酶对耐药株HBV DNA进行全序列扩增,通过克隆技术构建PGEM-HBV重组质粒,测序后进行序列分析。结果:获得阿德福韦酯耐药的HBV DNA全长序列克隆,序列长度为3 261 bp,序列分析发现在逆转录区有rt A181V位点突变。结论:阿德福韦酯耐药株HBV DNA全长序列克隆的成功构建,为阿德福韦酯临床耐药性研究提供参考。

摘要：目的 :体外扩增中国株乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)的基因组全长序列,快速构建中国株HBV感染性克隆,建立中国株HBV体外复制细胞模型。方法:设计保守引物,扩增HBV全长基因组序列。对扩增到的HBV基因组进行DNA测序及计算机辅助分析,确定病毒的基因型。通过重叠延伸PCR(splicing by overlap extension PCR,SOEPCR)技术,构建1.3倍基因组长度的HBV感染性克隆质粒pHBV1.3。将pHBV1.3质粒转染人肝癌细胞系HepG2,采用Western Blot、酶联免疫吸附试验及Real-PCR检测病毒复制及表达情况。检测该感染性克隆对临床抗病毒药物阿德福韦的敏感性。结果:成功扩增到1株C基因型HBV全长基因组,其GenBank登陆号为KF495606。构建了中国株HBV感染性克隆pHBV1.3(C)质粒,该质粒能在肝癌细胞株中进行有效的复制、转录和表达。阿德福韦能在体外抑制该HBV感染性克隆的复制,抑制程度依赖于药物浓度。结论:利用SOE-PCR可快速构建HBV感染性克隆,所构建的感染性克隆能介导高水平病毒复制,可用于HBV复制机制和抗病毒等方面的研究。

摘要：目的:对伤寒沙门菌flhDC基因对侧编码的疑似非编码RNA AsfD进行分子鉴定及表达特性分析。方法:在AsfD已知序列区设计特异性引物,体外转录制备RNA探针,通过RNA印迹检测伤寒沙门菌AsfD的表达;使用cDNA末端快速扩增(5'rapid amplification of cDNA ends,RACE)和RT-PCR分析AsfD的转录起始位点和终止区域;用qRT-PCR检测AsfD在伤寒沙门菌不同生长时相和环境应激下的表达特性。结果:RNA印迹结果表明,伤寒沙门菌中确实存在AsfD表达,长度在2 300 nt左右;5'RACE分析表明,AsfD转录起始点位于flhC基因终止密码子下游590 bp;RT-PCR结果表明其转录终止区域位于flhD基因起始密码子上游558～788 bp之间;序列分析显示AsfD全区域没有明显的ORF结构;qRT-PCR结果显示,AsfD在伤寒沙门菌生长的稳态期表达较高,酸、氧和高渗环境应激后均明显下降(P<0.01)。结论:AsfD为伤寒沙门菌一长链非编码RNA,在不同时相和应激条件下存在表达调节。

摘要：目的探讨依据寡核苷酸等位基因特异性聚合酶链反应(PCR)扩增及连接酶检测反应(LDR)方法检测乙型肝炎病毒(HBV)4种核苷(酸)类似物耐药突变的可行性。方法以基因库公布的981条HBV基因序列为基础,针对拉米夫啶、替比夫啶、阿德福韦和恩替卡韦8个耐药位点上的氨基酸替换形式,设计15对特异性引物,采用多重PCR扩增HBV P基因区野生型和突变型目的片段,然后进行多重LDR,最后在ABI3130测序仪上电泳,根据内参标记、LDR产物的长度进行结果判读。应用此方法对12例慢性HBV感染患者血清进行检测,同时采用荧光PCR、焦磷酸测序技术对其验证,判断其特异性和准确性。结果 LDR法能有效区分包括rtL180M、YMDD、YIDD、YVDD、rtA181V/T、rtN236T、rtT184G、rtS202I、rtM250V野生株和部分突变株;4例HBV DNA>106copy/mL患者检测出野生株和突变株,结果与焦磷酸测序一致;LDR法与荧光PCR法检测结果一致率达83.3%(10/12)。结论血清HBV DNA>106 copy/mL时结合多重PCR的复合LDR可通过一次扩增检测产物中的多个单突变或野生型位点,有助于核苷(酸)类似物耐药的诊断和治疗。

摘要：目的探讨连接酶检测反应(LDR)方法同时检测HBV P基因区野生型和突变型片段的可行性。方法针对拉米夫定、替比夫定、阿德福韦和恩替卡韦8个耐药位点上的氨基酸替换形式,设计15对特异性引物,采用多重PCR扩增HBV P基因区野生型和突变型目的片段,然后进行多重LDR,最后在ABI3130测序仪上电泳,根据内参标记、LDR产物的长度进行结果判读。应用此方法对12例慢性HBV感染患者血清进行检测,焦磷酸测序技术对其验证,判断其特异性和准确性。结果 LDR法能有效区分包括rtL180M、YMDD、YIDD、YVDD、rtA181V/T、rtN236T、rtT184G、rtS202I、rtM250V野生株和部分突变株;4例HBVDNA大于106copies/ml患者检测出野生株和突变株,结果与焦磷酸测序一致。结论血清HBVDNA大于106copies/ml时结合多重PCR的复合LDR可通过一次扩增检测产物中的多个单突变或野生型位点,有助于核苷(酸)类似物耐药的诊断和治疗。