摘要：【目的】SNaPshot是一种单核苷酸多态性(SNP)检测的多重分析技术,具有检测速度快、准确性高、成本低廉等特点。利用多重PCR技术,结合SNa Pshot分型方法,在桉树中构建SNP复合分型检测体系,促进SNP技术在桉树遗传图谱构建和无性系鉴定的应用。【方法】利用桉树已有的EST序列设计引物,通过PCR产物直接测序进行SNP标记位点的开发,利用多重PCR技术和SNaPshot分型方法建立SNP复合分型检测体系,并在尾叶桉和细叶桉作图群体的两亲本和6个F1子代,以及16个国内常用的桉树无性系中进行分型检测。【结果】共设计合成12对SNP引物,分为3组(Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ)建立了SNP复合分型检测体系,SNP分型情况与测序结果一致。对桉树作图群体的两个亲本和6个F1子代的分型结果进行统计,发现12个SNP标记在6个子代中均发生了分离;对桉树无性系进行多态性的分析,期望杂合度(He)为0.11~0.51、观测杂合度(Ho)为0.11~0.56,多态性信息含量(PIC)为0.10~0.37,表现为中度或低度多态性。【结论】利用多重PCR和SNa Pshot技术可以快速地对桉树进行基因分型,其结果准确可靠,可以用于桉树遗传图谱的构建以及桉树无性系的鉴定等方面研究。

摘要：叶子花属(Bougainvillea Comm. ex Juss.)植物统称宝巾花,是重要的园林绿化树种,但尚未开发共显性、重复性好的分子标记。为了获得宝巾花的简单序列重复(simple sequence repeats,SSR)标记,并分析品种的遗传关系,本研究基于转录组测序(RNAseq)组装的154 085条非冗余序列,在56 196条序列(36.47%)中检测到基序为1~6个碱基的SSR共60 239个,SSR的发生频率为1 SSR/2.34 kb。共有117种SSR基序,数量最多的3种基序为A/T (43 222个,71.67%)、AT/AT (4 009个,6.65%)和C/G (1 727个,2.83%)。随机选取重复基序为2~6个碱基的147个SSR位点进行引物设计和合成,发现50对引物(34.01%)可有效扩增,其中16对引物(10.88%)在18个宝巾花品种中呈多态性,等位片段数(Na)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)和多态性信息量(PIC)分别为3~7 (平均4.8)、0.17~1.00 (平均0.525)、0.26~0.80 (平均0.599)和0.25~0.79 (平均0.544)。利用16个多态性的SSR标记分析了18个宝巾花品种的遗传关系,结果表明品种间的遗传相似性较高,聚类分析中被分为两类,所有品种均可有效鉴别。这有助于理解宝巾花转录组中的SSR类型和分布特征,也为宝巾花遗传变异研究提供了有效的标记资源。