摘要：根据多黏菌素耐药基因mcr-1的保守序列,设计合成一对重组酶介导扩增方法(RAA)特异性引物和一条FAM标记的荧光探针,优化扩增条件,建立了检测多黏菌素耐药基因mcr-1的RAA方法,验证其特异性和敏感性,并应用于临床检测。结果显示,建立的RAA方法只需21 min就能出结果,能特异性地检测多黏菌素耐药基因mcr-1,最低能检测出10~2的mcr-1阳性质粒拷贝数,也可很好地检测出临床样品中的mcr-1基因。4株临床分离大肠埃希氏菌株样品,有2株mcr-1基因阳性,2株为mcr-1基因阴性。

摘要：【目的】实现猪流行性腹泻病毒(PEDV)和猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)的快速鉴别诊断,并调查分析福建省2019–2021年PEDV和TGEV流行情况。【方法】根据PEDV的N基因和TGEV的S基因序列分别设计特异性引物和标记FAM、VIC荧光报告基团的探针,建立、优化双重荧光定量PCR反应条件和体系,并检测其敏感性、特异性和重复性。应用该方法对福建省2019–2021年收集的297份疑似腹泻病料进行病原检测。【结果】建立的方法对PEDV和TGEV的最低检测限均为10拷贝·μL^(-1),比普通PCR检测灵敏度提高100倍;对其他常见猪病原不发生非特异性反应;批内、批间变异系数均小于1%。福建省297份临床样本检测结果显示,单PEDV感染率为88.89%,单TGEV感染率为1.01%,PEDV和TGEV混合感染率为3.37%。【结论】本研究建立的方法具有敏感性高、特异性强、稳定性好等特点。福建省内2019–2021年以PEDV感染为主,TGEV感染率低,存在PEDV、TGEV混合感染的情况。

摘要：参考GenBank上登录的猪流行性腹泻病毒(PEDV)株的ORF3基因序列保守型片段设计特异性引物,建立了检测PEDV的SYBR GreenⅠ荧光定量RT-PCR方法。在4.32×102～4.22×107copies范围内,它有很好的线性关系,其扩增相关系数为0.999,扩增效率为99%,扩增产物的熔解曲线只出现1个特异峰,无引物二聚体,熔解温度为82.23℃±0.19℃。它对传染性胃肠炎病毒、猪轮状病毒、猪细小病毒、猪流感病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、伪狂犬病病毒、猪瘟病毒均检测不到荧光信号,表明其特异性强。该方法的组内变异系数为0.05%～0.87%,组间变异系数为0.32%～1.24%,重复性好。结果表明,建立的SYBRⅠ实时荧光定量RT-PCR为PEDV早期感染的诊断及定量分析提供了新的方法。

摘要：目的为研究猪嵴病毒(porcine kobuvirus,PKV)福建株的基因组结构特征。材料与方法根据猪嵴病毒基因组特征设计特异性引物,运用RT-PCR方法,对猪嵴病毒福建株进行全基因克隆,并运用RACE方法对猪嵴病毒福建株的5’和3’末端进行扩增。结果与结论所获得的猪嵴病毒福建株基因组全长为8 210bp,其5’末端长度为576bp,3’末端长度为167bp,编码一个大的多聚蛋白,长度为7 467bp,编码2 488个氨基酸。其多聚蛋白核苷酸同源性和我国猪嵴病毒分离株CH/HNXX-4/2012(GenBank登录号JX401523)同源性最高,均为89.2%,和匈牙利猪嵴病毒分离株swine/S-1-HUN/2007/Hungary(GenBank登录号(GenBank登录号EU787450)同源性最低,达87.6%。

摘要：根据GenBank已发表及笔者所在研究室分离鉴定的变异猪繁殖与呼吸综合征病毒的NSP2基因序列,设计并合成了一对引物,建立了一种鉴别PRRSV的RT-PCR检测方法。结果表明:该方法扩增变异PRRSV基因组时可获得217bp的片段,扩增普通PRRSV时则获得307bp的片段,同条件扩增猪瘟病毒(CSFV)、圆环病毒Ⅱ型(PCV2)、伪狂犬病病毒(PRV)均为阴性;该体系可检测到2.6pg的PRRS病毒核酸,具有较高敏感性。对2007—2008年送检的40份临床样品进行检测,结果检出12份为变异PRRSV,其阳性率为30.0%。研究结果表明,建立的RT-PCR鉴别变异PRRSV方法具有特异性强、敏感性高、重复性好等特点,适用于对猪繁殖与呼吸综合征病毒的鉴别诊断。

摘要：为深入研究副猪嗜血杆菌(Haemophilus parasuis,Hps)肽聚糖相关脂蛋白(Peptidoglycan-associated lipo-protein,palA)的生物学特性,设计了一对特异性引物,应用PCR方法来扩增Hps palA的全基因序列,进行克隆和测序。采用生物信息学方法,对Hps的palA基因核苷酸及其编码氨基酸序列进行比对,选取其中的血清学5型分离株,对其PalA蛋白的分子结构、理化性质及结构功能域、蛋白质二级结构等重要参数进行了预测和分析,并对PalA蛋白的三级结构进行了同源建模。结果显示,PCR扩增出462bp的目的片段;测序结果显示出不同血清型Hps之间palA基因核苷酸序列相似性有一定的差异,而所对应的氨基酸序列却差异很小;密码子偏爱性分析表明palA基因主要偏好GCA和AAA;PalA蛋白的理论等电点为6.28,偏弱酸性;PalA蛋白的二级结构以α螺旋、不规则卷曲和延伸链为主要构件;Hps的PalA蛋白的氨基酸序列与流感嗜血杆菌Pal蛋白的相似性为71.97%,以Pal蛋白结构为模板成功构建了Hps的PalA蛋白三维结构分子模型,该PalA蛋白三维结构与Pal蛋白相似,也含有肽聚糖结合口袋区,主要由第80位的酪氨酸(Tyr)、第39位的苯丙氨酸(Phe)和第84位的亮氨酸(Leu)组成。Hps的PalA蛋白的成功建模为PalA蛋白功能的深入研究提供了参考依据。

摘要：参照GenBank的变异型猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)与普通PRRSV的Nsp2段基因序列,设计并合成1对引物和TaqMan探针。通过对反应条件优化,标准质粒构建,建立了TaqMan荧光定量RT-PCR诊断变异型PRRSV方法。结果表明,该方法具有特异性强,敏感性高等特点,能够检测出264个拷贝数的标准质粒品,0.562 3TICD50的病毒量,比RT-PCR敏感10倍。对22份病料样品进行检测,结果有8份为阳性,阳性率为36.4%。由于该方法具有定量、快速、准确、敏感等优点,适用于对猪群感染变异型猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)早、中、晚期的诊断,对有效诊断及防治高致病性PRRS的发生起到重要作用。

摘要：通过研究副猪嗜血杆菌(Haemophilus parasuis,Hps)寡肽结合蛋白(Oligopeptide Binding Protein A,OppA)的生物学特性,为副猪嗜血杆菌亚单位疫苗的研制奠定基础。本试验设计了1对特异性引物,应用PCR方法来扩增副猪嗜血杆菌肽聚糖相关脂蛋白的全基因序列,并进行克隆和测序。并且采用生物信息学方法,对Hps的oppA基因核苷酸及其对应氨基酸序列进行比对,选取其中的血清学5型分离株,对其OppA蛋白的分子结构、理化性质及结构功能域、蛋白质二级结构等重要参数进行了预测和分析,并对OppA蛋白的三级结构进行了同源建模。PCR扩增出1 638bp的目的片段;测序结果显示出不同血清型Hps之间oppA基因核苷酸序列相似性有一定的差异,而所对应的氨基酸序列却差异更小;OppA蛋白的理论等电点为6.45,偏弱酸性;OppA蛋白的二级结构以α螺旋、不规则卷曲和β片层为主要构件;Hps的OppA蛋白的氨基酸序列与鼠疫耶尔森氏菌2Z23蛋白的同源性为57.20%,以2Z23蛋白结构为模板成功构建了Hps的OppA蛋白三维结构分子模型,该OppA蛋白三维结构中与2Z23蛋白相似,也有3个结构域,在疏水口袋中有1条5肽结构。Hps的OppA蛋白的成功模建为OppA蛋白功能的深入研究提供了参考依据。

摘要：为建立检测猪细环病毒k2型（Porcine Torque teno sus virus k2,PTTSu Vk2）SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法,本研究根据PTTSu Vk2 ORF2基因序列特征设计引物,建立基于SYBR GreenⅠ检测PTTSu Vk2的实时荧光定量PCR方法,该方法在PTTSu Vk2 ORF2基因含量为1.92×102~1.92×107 copies/μL反应范围内有很好的线性关系。扩增产物溶解曲线分析仅出现单一特异峰,无引物二聚体,Tm值为（83.83±0.08）℃,对猪圆环病毒（Porcine circovirus type 1 and type 2,PCV1和PCV2）、猪细小病毒（Porcine parvovirus,PPV）、猪博卡病毒5型（Porcine bovavirus type 5,Pbo V5）、猪细环病毒1a型（PTTSu V 1a）和1b型（PTTSu V 1b）核酸均无阳性信号扩增,可重复性好,组内变异系数为0.39%~1.69%,组间变异系数0.69%~2.19%。本方法的建立可用于定量分析PTTSu Vk2感染噬性组织器官和感染程度,为PTTSu Vk2的流行病学研究及临床诊断等提供了一种可靠的方法。

摘要：对副猪嗜血杆菌神经氨酸酶基因进行PCR扩增、克隆和测序,并进行同源性比较。应用生物信息学方法,对副猪嗜血杆菌神经氨酸酶的二级结构和B细胞抗原表位进行预测。结果显示,副猪嗜血杆菌神经氨酸酶基因全长2 007bp,编码668个氨基酸,同源性分析显示所测5株不同血清型的副猪嗜血杆菌神经氨酸酶基因相似度在98%以上,对应氨基酸相似度在97%以上。二级结构的预测结果显示该酶主要以无规则卷曲、α螺旋和延伸链为主,只有少数的β转角;推测该酶有16个B细胞优势抗原表位区域、8个糖基化位点。该研究为进一步分析副猪嗜血杆菌免疫机理、表位疫苗设计等奠定理论基础。