摘要：目的对分离自云南省手足口病患者粪便的8株埃可病毒6型(Echovirus 6,E6)进行全基因组遗传特征分析,为E6基因组的变异和重组研究提供数据参考。方法分别采用人横纹肌肉瘤细胞(human rhabdomyosarcoma cells,RD)、人胚肺二倍体成纤维细胞(human embryonic lung diploid fibroblasts,KMB17)以及非洲绿猴肾细胞(Vero)对云南省2019年从手足口病患者粪便样分离的8株E6进行增殖培养。提取病毒RNA,RT-PCR扩增其VP1序列,并鉴定其血清型。设计针对E6的引物,分段扩增获得全基因组并测序,使用Mega 7.0、Geneious 9.1.4及Simplot 3.5.1等软件对其全基因组序列进行分析。结果8株E6分离株中RD细胞分离的病毒6株,KMB17细胞分离的病毒2株,Vero细胞未分离到病毒。8株E6病毒分离株基因组全长为7440~7450个核苷酸,编码2191个氨基酸,8个分离株之间全基因组核苷酸和氨基酸序列相似性分别为99.6%~99.8%和99.4%~99.9%。VP1序列分析显示,8个E6分离株均属于中国流行的优势基因型F。基于P1、P2、P3系统进化与重组分析显示:在P1区,8个E6分离株与E6原型株D􀆳Amori聚在一起,与VP1分型结果一致;在P2区,与柯萨奇病毒B组5型(Coxsackievirus B5,CVB5)、埃可病毒16型(Echovirus 16,E16)以及2个中国E6毒株聚类在一起;在P3区,与柯萨奇病毒A组9型(Coxsackievirus A9,CVA9)、E16和其他中国E6病毒分离株聚类在一起,表明8个E6病毒分离株与EV-B的其他血清型病毒之间可能发生过重组。结论8个云南分离株E6病毒均属于中国流行的优势基因型F,且与EV-B的其他血清型之间可能发生过重组事件。

摘要：目的分析柯萨奇病毒B3（CVB3）KM06／2009全基因序列，并对其分子变异、进化特点和毒力特征进行分析。方法设计针对CVB3引物，提取病毒RNA，RT-PCR扩增和产物直接测序获得序列。利用Mega4．1、RDP3和SimPlot3．5．1等软件分析全基因序列。结果CVB3KM06／2009病毒株全基因组全长7401bp个核苷酸（nt），5’端和3’端分别为743nt和100nt的非编码区，5’和3’非编码区间为一个6558nt长的开放读码框，编码一个含2185个氨基酸的多聚蛋白，编码区内未见核苷酸的插入或缺失。与GenBank库中CVB3Nancy原型株比较，其全基因组序列核苷酸同源性为81．4％，氨基酸同源性为95．7％；与无心肌毒力的临床分离株CVB3GA比较，其全基因组序列核苷酸同源性为80．7％，氨基酸同源性为96．4％；与历史同期国内临床分离株Beijing0811、SSM、GZ0803株比较，整个基因组的核苷酸同源性分别为98．1％、89．7％和88．4％，氨基酸同源性分别为99．4％、98．1％和98．1％。基于全基因组和全长VP1核酸序列的进化树图均显示，CVB3病毒株具有明显的时空聚簇分布特征。CVB3心肌毒力相关区域5’非编码区颈环结构1／RNA二级折叠结构分析结果表明，CVB3KM06／2009病毒株具有明显的心肌毒力倾向。结论基于基因分子生物信息学分析，与CVB3临床分离株比较，KM06／2009病毒株具有明显的心肌毒力倾向。

摘要：目的：对2009年从中国云南省1名脑炎患儿粪便标本中分离到的Echo30云南分离株KM／A363／09进行全基因组测序和分析，了解该株病毒的遗传特性。方法设计针对Echo30引物，提取病毒RNA、RT-PCR扩增和产物直接测序获得全基因组序列，利用Geneious和Mega5．1软件进行核苷酸、氨基酸序列比对及其系统进化分析，应用RDP3和SimPlot3．5．1重组软件对序列进行重组分析。结果该分离株全基因组核苷酸序列长度为7425 bp，编码2194个氨基酸。其核苷酸和氨基酸序列与其原型株Bastianni的同源性分别为81．2％和95．8％；与其他Echo30型毒株的各区段核苷酸和氨基酸同源性分别为81．2％～88．6％和95．8％～97．8％；进化分析发现KM／A363／09毒株属于中国Echo30分支中的一支。而且发现KM／A363／09株基因序列在非结构区可能存在重组事件。结论云南分离株KM／A363／09属于中国Echo30分支中的一支，而中国分离株已经发生一定的进化。

摘要：目的分析柯萨奇病毒A组16型（CA16）昆明分离株KMM08全基因序列，了解其遗传特性。方法设计针对CA16引物，提取病毒RNA，RT-PCR扩增和产物直接测序获得序列。利用Mega4．1，RDP3和SimPlot3．5．1等软件分析全基因序列。结果获得KMM08全基因组核苷酸序列长度为7409bp，编码含2193个氨基酸残基的多聚蛋白；与其他CA16参考株核苷酸和氨基酸同源性分别为79．0％～98．2％和94．5％～99．3％，其中SZ—HK08-3与国际标准株G10核苷酸和氨基酸同源性分别79．1％和94．8％；而与肠道病毒71型（EV71）标准株BrCr同源性分别为78．7％和89．0％。在各个区段上，KMM08与***08—3的核苷酸和氨基酸同源性分别为97．0％～99．0％和98．0％-100．0％，同源性最高；与G10的核苷酸和氨基酸同源性分别为74．2％～86．9％和90．9％～97．0％；与Ev71BrCr核苷酸和氨基酸同源性分别在65．0％～84．9％和71．0％。95．2％。进化分析发现KMM08属于B基因型的一个分支。RDP3和SimPlot3．5．1软件分析发现Tainan．5079—98序列发现重组信号，而KMM08未发现。结论KMM08分离株为B基因型；CA16与EV71在非结构区发生重组。

摘要：目的分析2022年云南省4株柯萨奇B组5型病毒(CVB5)分离株的全基因组特征。方法设计CVB5全基因组扩增及测序引物,分段扩增CVB5分离株的全基因组,采用“引物移步法”测序,并进行序列拼接和组装。采用MEGA 7.0、Simplot 3.5.1和DNAStar 7.1等软件对CVB5毒株的全基因组序列进行遗传特征分析。结果基于VP1和全基因组系统进化分析发现,4株CVB5分离株均为C基因型。与原型株相比,4株毒株VP1区均发生多处氨基酸变异。P1、P2、P3系统进化分析和simplot重组分析显示,CVB5分离株可能与多种肠道病毒B群毒株发生重组。结论2022年云南省昆明地区手足口病(HFMD)患者临床样本中分离到的4株CVB5均属于C基因型。

摘要：对2016年云南省昆明市手足口病相关的柯萨奇病毒B组5型分离株V1641/YN/CHN/2016(简称V1641)全基因组进行测序,并分析其分子变异和进化特点。设计针对V1641的引物,提取病毒RNA,RT-PCR扩增和测序,拼接获得的全基因组序列。利用MEGA7.0.26、Geneious9.1.4和SimPlot3.5.1软件分析全基因序列。V1641毒株基因组全长7 392nt,5’-UTR和3’-UTR分别长744nt和90nt,编码区长6 558nt,与其他CVB5相比未见核苷酸的插入和缺失,编码一个2 185aa的多聚蛋白。CVB5流行株大体上分为两个基因组,中国大陆流行株同原型株Faulkner一起分布于GenogroupⅠ分支,外国流行株大多分布于GenogroupⅡ分支。在GenBank中,V1641与KY303900-417/JS-CHN-2013最为同源,相似性为97.86%。V1641与其他中国大陆流行株的全基因组序列的核苷酸和氨基酸相似性分别为85.1%~97.8%和97.1%~99.6%。V1641在P1、P2和P3区段均与EV-B不同血清型的原型株聚类,经SimPlot3.5.1软件验证,提示有重组事件发生。云南CVB5分离株V1641同中国大陆流行株一样属于GenogroupⅠ基因群,在进化过程中可能发生了重组。中国大陆可能存在多条CVB5传播链。

摘要：目的对云南埃可病毒6型（Ech06）分离株KM57—09全基因序列进行分析和研究，了解其遗传特性。方法设计针对Ech06引物，提取病毒RNA、RT-PCR扩增和产物直接测序获得序列。利用Mega5．05、RDP3和SimPlot3．5．1等生物学软件分析全基因序列。结果获得KM57—09全基因组核苷酸序列长度为7419bp，编码含2191个氨基酸残基的多聚蛋白；与其他Ech06参考株核苷酸和氨基酸同源性分别为79．3％～80．2％和93．3％～94．4％，与原型株D’Amor核苷酸和氨基酸同源性分别为79．3％和93．6％。在基因组各个区段上，Ech06KM57—09分离株的2C和3A区，与HN-2-E25核苷酸同源性最高，分别为86-3％和85．0％，而其5’UTR、VP4、3D和3’UTR区则与CoxB5-Henan-2010核苷酸同源性最高，分别为91．7％、81．2％、89．7％和96．9％。在VP1区上，与中国其他省份分离株的核苷酸和氨基酸同源性分别为80．0％～96．0％和95．8％～99．0％，而与其他国家分离株的核苷酸和氨基酸同源性分别为77．6％～96．0％和95．2％-99．0％。进化分析发现Ech06可分为5个分支，中国分离株分属C和E分支，其中KM57—09属于E分支，且5个分支之间核苷酸的差异为15．6％～23．3％。3D基因序列种系进化分析以及RDP3和SimPlot3．5．1软件分析发现KM57—09序列在非结构区可能存在重组。结论Ech06可分为5个基因型，KM57—09分离株属于E基因型；中国大陆曾存在不同Ech06株传播链的流行。

摘要：目的分析一株埃可病毒16型(Echovirus 16,E16)云南分离株510/YN/CHN/2010全基因组序列及其遗传特性。方法设计针对E16的引物,提取病毒RNA,RT-PCR扩增病毒目的基因并测序,利用BioEdit 7.2.3、MEGA 7.0和Simplot 3.5.1软件分析其全基因组。结果E16510/YN/CHN/2010全基因组核苷酸序列全长7432 nt,是编码含2196个氨基酸的多聚蛋白。其全VP1和全基因组与原型株Harrington的核苷酸和氨基酸同源性分别为80.68%、49.33%和81.26%、97.26%。与其他埃可病毒原型株的全基因组核苷酸和氨基酸同源性分别为75.72%~88.44%和83.01%~87.65%。系统进化分析将E16分为3个基因型,分离株510/YN/CHN/2010和其他中国分离株均属于B基因型。重组分析显示,510/YN/CHN/2010株可能在非结构编码区的P2段重组。结论510/YN/CHN/2010分离株为E16 B基因型,可能为重组株。

摘要：目的评价三组基于肠道病毒定型的VP1基因的不同巢式或半巢式PCR方法,建立一种快速、灵敏的分子检测方法用于直接检测临床样品。方法从文献中选出目前常用三组引物,外加一对针对B群肠道病毒改良引物。对代表A群肠道病毒的CVA16毒株和代表B群肠道病毒的CVB5和ECHO20三个毒株分别进行连续10倍稀释至10^-7,对稀释度为10^-3~10^-7的病毒株进行巢式或半巢式PCR。对20份手足口病（HFMD）患儿的粪便样品和16份病毒性脑炎的脑脊液样品进行巢式或半巢式PCR。结果所选三组引物均能检测2.50CCID50/ml CA16病毒;在CVB5和ECHO20检测中,Leitch等设计的引物灵敏度最高,即能够检测含1.12CCID50/ml和1.00CCID50/ml的病毒。在粪便临床样品检测中,Iturriza-Gómara等设计的引物阳性率最高,其中A群肠道病毒检测率为55.0%（11/20）,B群为10.0%（2/20）;而Leitch等设计的引物检测率则为A群为15.0%（3/20）,B群为45.0%（9/20）,其次为Nix等设计的引物检测率为45.0%（其中A群为30.0%,B群为15.0%）,改良的引物为20.0%（4/20）。但脑脊液样品仅有Leitch等设计引物检出,而检出率仅为6.25%（1/16）。结论 Iturriza-Gómara等设计的A群肠道病毒的引物和Leitch等设计的B群的引物组合检测临床样品最佳。

摘要：目的对2009年中国云南省昆明地区柯萨奇病毒B5(Coxsackievirus group B5,CVB5)的部分VP1基因序列进行分析,以了解CVB5的遗传特性。方法收集2009年中国云南省昆明地区临床诊断为无菌性脑炎患儿的200份粪便标本,设计针对CVB的通用引物,利用半巢式RT-PCR扩增部分VP1基因。PCR产物直接测序后,采用Omiga和Mega 5.05等生物学软件进行核苷酸、氨基酸序列及系统进化分析。结果共分离出7株CVB5,其部分VP1基因之间的核苷酸和氨基酸序列同源性均较高,分别为92.7%～98.5%和93.6%～100.0%;与中国其他不同地区参考株的核苷酸序列同源性为80.1%～99.1%,其中与中国山东株98388-SD-CHN-1998同源性较低;与中国其他不同地区参考株的氨基酸序列同源性为84.4%～100.0%,其中与中国河南株CoxB5-Henan-2010和中国山东株98388-SD-CHN-1998之间同源性最低;与其他不同国家参考株比较,其核苷酸和氨基酸序列同源性分别在77.5%～89.1%和92.1%～96.3%之间;与原型株Faulkner的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为79.6%～80.9%和92.1%～95.4%。基因系统进化分析显示,分离的7株CVB5属于相对独立的1个分枝,中国流行株除98388-SD-CHN-1998外,构成1个分枝。结论 2009年中国云南省昆明地区CVB5流行株属于相同基因型。