摘要：设计了一种基于大型数据库管理系统Oracle的化学结构数据存储模式,并实现了相应于此模式的高效化学结构检索方法。结构检索方法建立在图子图匹配算法VF2的基础上,对其进行了必要的改造和扩展,使之适合于化学结构检索。在此基础上,针对美国NCI(National Cancer Institute)25万个化合物的2D结构建立了数据库,成功进行了结构检索试验。结果表明,这种实现方法不仅能高效存储并准确检索化合物的结构信息,而且也容易实现与药物研发过程中所产生的大量其它数据(如生物筛选数据和DNA芯片基因表达数据等)进行高效整合。这个设计的改进版已经集成于微芯公司的药物研发生化信息学软件系统——TASS(Target Activity Structure System)中。

摘要：通过计算机模拟的对接过程研究,发现了MS-275——一种苯甲酰胺类的组蛋白去乙酰酶(HDAC)抑制剂与酶的可能的全新结合方式。这种结合方式与已经阐明的组蛋白去乙酰酶类似蛋白(HDLP)与曲古柳菌素A(trichostatin A,TSA)和suberoylanilide hydroxamic acid(SAHA)形成的复合物晶体结构中配体与酶的作用方式完全不同.从对接结果看,MS-275的作用靶点在酶活性口袋的最狭窄部位,而不是直接作用于锌离子.这似乎能够解释MS-275的低毒性特点,并且为设计和筛选全新的HDAC抑制剂提供了新思路.

摘要：近年来发现2型糖尿病与过氧化物酶增殖体活化受体(peroxisome proliferator-activated receptor,PPAR)存在着密切的联系,该受体也因此成为设计抗2型糖尿病药物的主要靶标。目前,有很多针对PPAR所设计的化合物处于临床研究阶段,现介绍这方面的进展,并阐述开发抗2型糖尿病药物所面临的困难及相应的策略。