摘要：根据Gen Bank中细菌磺胺类耐药基因Sul1、Sul2和Sul3的保守序列设计3对特异性引物及相应Taq Man探针,以重组质粒标准品为模板对反应条件进行优化,建立一种可同时检测上述3种耐药基因的三重荧光定量PCR方法,并对该方法进行敏感性、特异性、重复性及临床菌株检测试验。结果表明:该方法定量范围为1×10~1~1×10~8拷贝/反应时,其标准曲线呈良好的线性关系;该方法灵敏度高(3个基因的最低质粒检测限均可达到10拷贝/反应)、特异性强(与其他病原菌及病毒无交叉反应)、重复性好(变异系数均小于2%);对临床菌株的检测结果与药敏试验结果的符合率达94.2%,且整个检测过程可在2 h内完成。所建立的可同时检测Sul1、Sul2和Sul3基因的三重荧光定量PCR方法可用于临床检测细菌的磺胺类耐药基因。

摘要：为建立Taura综合征病毒(Taura syndrome virus,简称TSV)的TaqMan-MGB探针荧光定量RT-PC方法,根据TSV衣壳蛋白基因保守序列设计引物和TaqMan-MGB探针,扩增产物长度为118bp。将PCR产物克隆到pGM-T载体,重组质粒经筛选鉴定、SalⅠ单酶切,得到线性化转录模板DNA,经体外转录获得标准品RNA。以体外转录的RNA作为模板,进行一步法荧光定量RT-PCR反应,根据RNA模板拷贝数与Ct(Cycle threshold,Ct)值制备了标准曲线,制作的标准曲线在2×101拷贝/μL≤TSV RNA≤2×107拷贝/μL的范围内具良好的线性关系,可以用于TSV的定量分析,检测灵敏度为20个拷贝数。特异性、重复性试验结果表明,该方法对SPF对虾组织RNA没有扩增反应,表现出良好的特异性;组内和组间实验变异系数分别为0.32%～1.84%和0.79%～2.71%。利用TaqMan-MGB探针建立检测TSV的一步法荧光定量RT-PCR方法可用于对虾TSV的检测。

摘要：【目的】建立能同时检测沙门氏菌、大肠杆菌O157∶H7、志贺氏菌和金黄色葡萄球菌的多重PCR,为水产品质量安全检测工作提供技术支持。【方法】以LB肉汤培养基为共增菌培养基,根据沙门氏菌inv A基因、大肠杆菌O157∶H7 rfb E基因、志贺氏菌ipa H基因和金黄色葡萄球菌fem A基因的保守序列设计引物,对引物浓度配比、退火温度及反应体系等进行优化,并对建立的多重PCR进行特异性、敏感性及临床样品检验试验。【结果】4种目标致病菌在LB肉汤培养基中36℃培养18 h后,均表现出良好的生长趋势,增菌数量级均在108 CFU/m L以上。优化后的多重PCR能对4种目标菌的单一或混合基因组DNA进行特异性扩增,而对单增李斯特氏菌、肺炎克雷伯菌、副溶血性弧菌、创伤弧菌、霍乱弧菌等其他菌株的基因组DNA均未扩增出任何条带;对沙门氏菌、大肠杆菌O157∶H7和金黄色葡萄球菌的最低检出限为102 CFU/m L,对志贺氏菌最低检出限为10 CFU/m L。应用该多重PCR对56份水产品进行检测,其结果与按照GB/T 4789-2003、GB/T 4789-2010检测的结果一致。【结论】针对同时检测沙门氏菌、大肠杆菌O157∶H7、志贺氏菌和金黄色葡萄球菌的多重PCR具有快速、便捷、灵敏、准确等优点,可为水产品食源性致病菌检测及其安全控制行业提供一种快速、准确、高效、经济的检测手段。

摘要：目的建立一种能够快速准确地检测致病性嗜水气单胞菌的四重PCR方法。方法根据致病性嗜水气单胞菌的丝氨酸蛋白酶(ahpA)基因、气溶素(aerA)基因和溶血素(hlyA)基因的保守序列以及嗜水气单胞菌的16SrRNA基因种属特异性序列分别设计4对特异性引物,通过优化各引物浓度、退火温度和Mg2+浓度,确定了四重PCR的最佳反应条件;然后进行特异性和敏感性试验,并比较其与常规微生物学方法对不同菌株和临床样本的检出率。结果该方法特异性好,能特异性检测并鉴别出嗜水气单胞菌致病性菌株;检测灵敏度高,最低可检测到约100fg的嗜水气单胞菌基因组DNA;对9株嗜水气单胞菌的检测结果与常规微生物学方法一致,对56份送检的水产动物样品的检出率为21.4%,高于常规微生物学方法的16.1%,两者检测结果符合率为94.6%。结论成功建立了能同时检测嗜水气单胞菌16SrRNA、aerA、ahpA和hlyA基因的四重PCR方法,能快速、准确地对嗜水气单胞菌进行检测并区分致病性与非致病性菌株。

摘要：【目的】建立一种检测罗氏沼虾野田村病毒（Macrobrachium rosenbergii nodavirus,MrNV）的实时荧光定量RT-PCR,为防控罗氏沼虾白尾病（White tail disease,WTD）提供技术支持。【方法】将MrNV衣壳蛋白基因片段（***287005）克隆到pGM-T载体,选取阳性重组质粒用SalⅠ酶切获得线性化转录模板DNA,经体外转录获得标准品RNA;在MrNV基因序列的保守区域设计1对扩增片段为119 bp的特异性引物,以标准品RNA为模板进行引物浓度筛选及标准曲线制定,并对建立的检测方法进行标准曲线和融解曲线分析及特异性、敏感性、重复性、临床样品检验试验。【结果】建立的一步法实时荧光定量RT-PCR定量范围宽,检测模板范围在1×10~1~1×10~8拷贝/μL时,其标准曲线呈良好的线性关系;融解曲线表现为单一波峰,Tm为81.17~81.25℃;扩增曲线呈明显的S形,以C_t值35.00为界限,灵敏度约为10个病毒粒子,是常规RT-PCR的1000倍。该方法仅对MrNV具有良好的特异性,其组内和组间试验的Ct值变异系数分别为0.15%~0.83%和0.56%~0.95%;对83份罗氏沼虾临床样品进行检测,其结果与套式RT-PCR的检测结果一致。【结论】针对MrNV检测建立的一步法实时荧光定量RT-PCR具有快速、便捷、灵敏、准确等优点,且对样品的检测范围宽,适用于MrNV隐性感染和发病诊断。

摘要：[目的]建立并优化传染性皮下及造血组织坏死病毒(IHHNV)检测及其基因分型的套式PCR,并确定IHH-NV在广西流行的基因型,为有效防控广西对虾传染性皮下及造血组织坏死病(IHHN)提供参考依据。[方法]在以PCR检测IHHNV现有标准的基础上,于389F/R和309F/R两对引物扩增片段之外的绝对保守区域设计外引物IHHNV-WF/WR,优化退火温度和引物浓度后建立IHHNV检测及基因分型的套式PCR,并通过与一步法PCR对比以验证其优越性;采用建立的套式PCR对546株2010 2018年收集的IHHNV广西流行株进行基因型分析,确定IHHNV在广西流行的基因型。[结果]优化后的第一轮PCR反应体系20.0 L:2×F8 FastLong PCR MasterMix 10.0 μL,上、下游引物(20 μmol/L)各0.8 μL,DNA模板2.0 μL,无核菌酶灭菌水补足至20.0 μL。扩增程序:94.0 ℃预变性3 min;94.0 ℃ 10 s,59.0 ℃ 15 s,72.0 ℃ 15 s,进行35个循环;72.0 ℃延伸5 min。套式PCR检测IHHNV的灵敏度较一步法PCR提高100倍;对100份IHHNV阳性临床样品的检测结果与一步法PCR的检测结果一致,符合率达100%。从546株IHHNV广西流行株中均能扩增获得309 bp的目的条带,全部为感染型(基因1型和基因2型)。[结论]在PCR检测IHHNV现有标准基础上建立的IHHNV检测及基因分型套式PCR,其灵敏度较一步法PCR提高100倍,尤其适用于检测IHHNV含量低的样品,可为疫病监测及进出口检疫提供更敏感的技术手段。当前广西流行的IHHNV均为感染型(基因1型和基因2型)。

摘要：【目的】建立一种能扩增dna J基因全长的PCR检测方法,为弧菌的快速筛查及种类鉴定提供技术支持。【方法】以弧菌dna J基因为靶基因,在其首尾的保守区域设计一对简并引物,经优化退火温度和引物浓度,建立能扩增弧菌接近全长dna J基因的PCR检测方法,并通过特异性试验、灵敏度试验和临床应用评价等验证其适用性。【结果】优化后的PCR反应体系50.0μL:2×F8 Fast Long PCR Master Mix 25.0μL,上、下游引物(20μmol/L)各2.0μL,DNA模板5.0μL,灭菌水补足至50.0μL。扩增程序:94℃预变性3 min;94℃10 s,55℃15 s,72℃15 s,进行35个循环;最后72℃延伸5 min。该PCR检测方法对副溶血弧菌、哈氏弧菌、创伤弧菌、河流弧菌、溶藻弧菌、拟态弧菌、霍乱弧菌和栖黑海弧菌等8种弧菌属细菌具有很强的特异性,对弧菌的最低检出限为102CFU/m L。应用建立的PCR检测方法对51株分离自海水样品的弧菌和32株分离自对虾样品的弧菌进行检测,结果显示全部为阳性,其中,海水样品中包括有副溶血弧菌、溶藻弧菌、创伤弧菌、河流弧菌、哈氏弧菌和栖黑海弧菌,对虾样品中包括副溶血弧菌、溶藻弧菌、创伤弧菌、河流弧菌和哈氏弧菌;经测序及同源性比对分析发现,种间菌株的dna J基因序列相似度为79.5%~92.8%,种内菌株间的dna J基因序列相似度为98.2%~99.9%。【结论】基于dna J基因建立的弧菌PCR检测方法能扩增出弧菌接近全长dna J基因,具有快速便捷、灵敏准确、适应性好等优点,结合测序技术,可为弧菌快速筛查及种类鉴定提供更全面和更准确的技术手段。

摘要：【目的】建立快速、特异、灵敏检测对虾传染性皮下及造血组织坏死病毒(IHHNV)的TaqMan-LNA探针荧光定量PCR方法,为IHHNV的临床诊断和疫情监测提供更简便的检测技术。【方法】根据GenBank已发表的IHHNV毒株序列,在IHHNV保守区序列设计特异性引物和TaqMan-LNA探针;对荧光定量PCR反应条件进行优化以缩短检测时间,提高特异性和灵敏度;应用TaqMan-LNA探针荧光定量PCR对广西地区的300份凡纳滨对虾样品进行检测,验证方法的实用性。【结果】TaqMan-LNA探针荧光定量PCR检测IHHNV的灵敏度高,约为10个病毒粒子/反应,定量范围宽,在1.6×101～1.6×108拷贝/μL的范围内具良好的线性关系;与SPF凡纳滨对虾组织、WSSV、副溶血弧菌的DNA和TSV的RNA均无反应,特异性好;组内变异系数为0.53%～1.75%,组间变异系数为0.81%～1.14%,重复性和重现性均较好,结果稳定可靠;临床应用结果表明,300份凡纳滨对虾样品检出193份阳性,阳性率为64.3%,表明广西沿海地区养殖的凡纳滨对虾IHHNV感染率较高。【结论】利用TaqMan-LNA探针建立检测IHHNV的荧光定量PCR方法具有快速、特异、灵敏、重复性好、能定量等优点,可用于对虾IHHNV的检测。