摘要：目的了解2016-2021年福州市哨点监测医院5岁以下腹泻儿童GⅡ型诺如病毒感染情况和基因型动态变化。方法以2016-2021年福州市病毒性腹泻监测哨点医院5岁以下腹泻住院儿童为研究对象,收集急性期粪便标本,应用RT-PCR检测诺如病毒和扎如病毒,对GⅡ型诺如病毒RNA聚合酶/衣壳蛋白片段进行扩增、序列测定,确定基因型别,分析分子流行特征。结果1601份标本检出诺如病毒241份(15.05%),包括GⅠ型7份,GⅡ型225份,GⅠ、GⅡ混合型9份;同时检出扎如病毒10份。234份GⅡ型诺如病毒阳性标本中204份测序获得核苷酸序列信息,包括175条RdRp区序列,204条VP1区序列。序列分析结果表明主要型别为GⅡ.4型(156/204)和GⅡ.3型(29/204),同时检出多种诺如病毒重组株,包括GⅡ.17[P17]、GⅡ.2[P16]和GⅡ.6[P7]。GⅡ.4型主要包括GⅡ.4[P31]和GⅡ.4[P16]两种组合。各年份间基因型别组成波动较大,GⅡ.4占比波动于40%~91.04%之间,GⅡ.2和GⅡ.6呈明显升高态势。结论2016-2021年福州市腹泻儿童GII型诺如病毒特别是GII.4和GII.3占主导地位,检出多个重组株,非GII.4毒株比重呈升高趋势。本研究有助于了解诺如病毒基因型在地区层面的流行情况,加强分子监测有助于对未来疫苗成分设计的选择。

摘要：目的建立基于多重PCR的人3型腺病毒(human adenovirus 3,HAdV-3)全基因组高通量测序方法,提高HAdV-3全基因组测序效率和成功率。方法设计适用于HAdV-3全基因组扩增的多重PCR引物,通过多重PCR扩增HAdV-3全基因序列,使用琼脂糖凝胶电泳初步验证扩增产物的特异性。使用Illumina二代测序对多重PCR产物进行高通量测序。获得序列后使用CLC、IGV等软件分析测序有效数据量、平均深度及全基因组覆盖度等质量参数,评估测序质量。基于全基因组测序结果构建系统发育树,确认病毒型别及分析序列的同源性,评价该方法的准确性。结果设计得到HAdV-3全基因组多重PCR扩增引物共计70条(35对),扩增子大小约1200 bp,预期基因组全长约35240 bp、全基因组覆盖度可达99.8%;电泳结果显示多重PCR产物大小与预期相符且扩增特异性高;高通量测序结果显示基于该方法所获病毒全基因组序列完整无缺失,基因组覆盖度达预期范围;序列质量分析显示基于多重PCR的高通量测序方法能获得更多有效数据和更大测序深度,全基因组覆盖更均匀;进化分析显示病毒DNA经多重PCR扩增再测序与病毒DNA直接测序所获序列的进化分型结果一致且同源性高,表明该多重PCR方法的扩增忠实性高,结合高通量测序所获序列结果准确。结论本研究成功建立了一种基于多重PCR的HAdV-3全基因组高通量测序方法,该方法能够提高HAdV-3全基因测序效率和成功率,旨在为基于全基因组测序的HAdV-3病原监测及疫情溯源提供更好的技术支持与参考。

摘要：目的为了解人感染H7N9禽流感病毒基因特征从而更有效地防控疫情,需建立获得人感染H7N9禽流感病毒全基因序列的扩增和测序方法。方法采用鸡胚分离H7N9禽流感病毒,提取标本和毒株病毒RNA,自行设计引物,通过一步法RT-PCR扩增其全基因组片段,纯化PCR产物后测定核苷酸序列,利用生物信息学软件拼接各节段序列并初步分析其特征。结果本研究中的引物能特异地扩增各基因的目的片段,通过序列拼接可以获得H7N9禽流感全基因组序列。经分析8个节段序列与近期国内流行的人感染H7N9禽流感病毒序列高度同源。结论该方法能有效地获得人感染H7N9禽流感病毒全基因组序列,可为进一步分析其基因特征奠定基础。