摘要：目的了解大规模使用整合酶抑制剂前,我国HIV感染者抗病毒治疗前整合酶抑制剂耐药流行情况。方法参考WHO推荐使用的抗病毒治疗前耐药监测抽样方案,采用两阶段集群设计的横断面调查方法,通过系统抽样在我国9个省(市、自治区),收集部分2022年抗病毒治疗前HIV感染者血浆样本,提取病毒RNA,RT-PCR扩增整合酶区(IN)基因片段并测序,利用斯坦福大学耐药数据库对IN区进行耐药判定,分析HIV感染者抗病毒治疗前整合酶抑制剂的耐药流行情况。结果共获得来自9个省(市、自治区)的合格序列2851条,亚型分布以CRF07BC 1437人(50.4%)、CRF01AE 750人(26.3%)为主。整合酶抑制剂相关耐药突变的毒株有27株,耐药率约为0.95%,其中出现耐药较多的药物是RAL、EVG,分别为24例与26例,耐药株主要耐药突变位点为R263K(5例)、T66I/A(2例)、E138K(2例)、N155T/S(2例)、S147G(2例)、Q148K(2例)、Y143S(1例);次要位点包括G163K/N/R(4例)、S230R(3例)、V151A(2例)、S153F(2例)、H51Y(1例)。并且监测中还发现针对二代药物耐药的毒株,12例HIV感染者对DTG耐药,15例感染者对CAB耐药。结论我国2022年部分省份治疗前HIV感染者中整合酶抑制剂的耐药株流行水平较低。

摘要：目的获得不同方案培养海南岛东北部沿岸表层海水中快速生长型细菌的多样性和丰度,从而为海水来源的细菌样本分离以及海洋源病原菌感染预防提供参考。方法基于分类设计原则,在2021年3月、6月、10月和12月对海南岛东北部沿岸6个地点的表层海水进行收集采样。然后,使用传统沙门菌、弧菌、类鼻疽伯克霍尔德菌、放线菌以及通用海洋细菌培养方案进行细菌的富集培养。之后,使用16S rDNA一代测序和宏基因组测序鉴定细菌物种分类。结果5种方案共培养到了1151株快速生长型可培养细菌,可鉴定为66个属,213个种。在不同培养方案中,芽孢杆菌(Bacillus)和克雷伯菌(Klebsiella)具有广泛的鉴别优势,并且数量排名前列。方案1的优势属为埃希菌(Escherichia)、克雷伯菌(Klebsiella)以及柠檬酸杆菌(Citrobacter)。在实验已论证的病原菌中,方案1的优势检出菌为肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae)和大肠杆菌(Escherichia coli),数量分别为37株和29株,独特检出菌为肠道沙门菌(Salmonella enterica),数量为7株。方案2的优势属为变形杆菌(Proteus)、肠球菌(Enterococcus)和普罗威登斯菌(Providencia)。方案2的优势检出病原菌为奇异变形杆菌(Proteus mirabilis),数量为66株,丰度较高的独特检出菌为霍乱弧菌(Vibrio cholerae),数量为6株。方案3的优势菌属为克雷伯菌、埃希菌和不动杆菌(Acinetobacter)。方案3的优势检出病原菌为肺炎克雷伯菌,数量为53株。丰度较高的独特检出菌是医院不动杆菌(Acinetobacter nosocomialis),共培养到7株。方案4的优势属为弧菌(Vibrio)和假交替单胞菌(Pseudoalteromonas),在分离培养海洋性弧菌上具有优势。方案5的优势属为微小杆菌(Exiguobacterium)、葡萄球菌(Staphylococcus)和芽孢杆菌(Bacillus)。优势检出病原菌为蜡样芽孢杆菌(Bacillus cereus)和乳酸乳球菌(Lactococcus lactis),数量为20株和15株,丰度较高的独特检出菌也是乳酸乳球菌。宏基因组测序发现,肺炎克雷伯菌具有显著优势,基因丰度达到51.11%,其次为Alcanivorax sp.,占比12.57%。结论海南岛东北部沿岸表层海水中的细菌具有丰富的多样性,肺炎克雷伯菌在该区域海水中丰度很高。不同培养方案对不同菌属和病原菌的选择性优势不同,个别海洋细菌需要进一步优化培养条件。

摘要：目的建立武乡病毒(wuxiang virus,WUXV)的实时荧光定量TaqMan反转录聚合酶链式反应(real-time RT-PCR)检测方法。方法从GenBank中下载WUXV的全部基因序列,使用MEGA-X完成多序列比对分析,选择针对S段基因高保守区设计的引物和探针,分别对检测反应的特异性、灵敏性和稳定性进行评价。结果建立的方法可以特异性地检测WUXV,并且与多种虫媒病毒无交叉反应;反应的灵敏度较高,最低检测下限为1 pfu/ml;同一样品重复检测循环阈值(Ct)的批间变异系数均小于1.00%;用本研究建立的TaqMan RT-PCR检测30批白蛉核酸样本,其中7批出现WUXV阳性扩增曲线。结论本研究建立了灵敏度高、特异性强、重复性好的TaqMan RT-PCR方法可用于WUXV的大批量样本筛查。

摘要：目的建立马达里亚加病毒(Madariaga virus,MADV)早期且快速的TaqMan反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)检测方法。方法从GenBank中下载MADV基因序列,根据多序列比对结果选择MADV的NSP1基因中的高保守序列片段设计引物与探针,利用体外转录的RNA标准品建立了MADV的绝对定量分析模型,并进行灵敏度和特异性评价以及重复性验证。结果该检测方法的灵敏度为1.0×10^(2)拷贝/反应,与其它虫媒病毒无交叉反应,重复性检测变异系数均小于1.5%。通过本研究建立的快速检测方法对源自宁夏回族自治区、浙江省和云南省的共计81份不明原因脑炎病例血清标本及161批库蚊标本进行了测定,检测结果均为阴性。结论成功建立了MADV TaqMan RT-PCR的快速检测方法,可应用于实验室的早期检测。

摘要：目的 研究福氏痢疾杆菌2b血清型菌株中SfII和SfX前噬菌体整合位点及排列方式.方法 根据2b血清型菌株基因组中SFII和SfX前噬菌体可能的整合位点及排列方式,设计引物,对50株2b血清型菌株进行PCR扩增,并对扩增产物测序,根据扩增和测序结果判断噬菌体的整合位点和排列方式.结果 在2b血清型菌株中,SfII和SfX前噬菌体前后相连,整合于宿主菌染色体proA和yaiC基因间的thrW tRNA基因上;以SfII在前,SfX在后,或SfX在前,SfII在后两种方式排列;而以后一种方式为主,在共50株检测菌株中,有49株为此方式.结论 福氏痢疾杆菌血清型相关噬菌体的整合位点及排列方式,对研究福氏痢疾杆菌血清型转换及血清型相关噬菌体的整合机制具有重要意义.

摘要：目的分析缩短的葡萄球菌类肠毒素X(truncated Staphylococcal enterotoxin-like toxin X,tSElX)氨基酸多态性,对其进行克隆表达纯化并对催吐活性进行评价。方法将tselx序列与本课题组前期完成测序的145株CC398菌株基因组序列及NCBI数据库进行比对分析。设计引物扩增tselx目的基因,将该片段重组于pMD18-T载体中并进行测序鉴定。经限制性内切酶BamHⅠ和EcoRⅠ双酶切后将目的片段构建于质粒pGEX-6P-1及pET-28a(+)中,重组质粒鉴定后,IPTG诱导蛋白表达。将以包涵体形式表达的蛋白进行变性和复性,用亲和层析法和超滤法对表达产物进行纯化。将纯化的tSElX蛋白以250μg/kg喂饲普通狨猴,观察呕吐反应。结果tselx基因在我国不同来源(患者、健康人群和动物)的145株CC398菌株均存在。我国菌株编码蛋白的氨基酸序列同源性为100.0%,与4株美国菌株的同源性分别为97.8%(1株)和98.9%(3株)。通过两套表达系统及不同诱导条件,tSElX均以包涵体形式表达。通过变性及复性,获得高纯度的可溶性重组蛋白tSElX。在250μg/kg剂量下tSElX蛋白不能引起普通狨猴的呕吐反应。结论tSElX氨基酸序列在CC398菌株中普遍存在,且具有一定保守性。高纯度的可溶性tSElX重组蛋白在250μg/kg剂量下不具有普通狨猴催吐活性。

摘要：脱氧核糖核酸(DNA)存储是一种以人工合成的生物大分子DNA作为信息载体的新型存储技术,具有存储密度高、存储量大、存储时间长、损耗率低等优点,有望成为一种新的数据存储介质。随着DNA合成技术(数据写入)和DNA测序技术(数据读取)的快速发展,DNA存储已成为下一代存储技术的热点。然而目前通过二代测序技术实现DNA数据的读取仍然是一个操作复杂、耗时长且成本较高的过程。如何更深入融合和改进DNA合成技术和测序技术,将DNA信息的存储和读取进一步快速高效地实现,是目前需要解决的问题。本研究设计并实践了基于便携式的国产纳米孔测序平台开展DNA存储信息快速读取的可能性,实现了4 h内将存储于DNA片段中一首中文诗词进行重新测序和即时解码,验证了国产纳米孔测序技术从存储DNA信息的介质中即时读取信息的能力。

摘要：目的 从中国HIV-1感染者中分离和鉴定能够中和二级难中和（Tier 2）病毒的单克隆中和抗体.方法 单个B细胞流式分选和单克隆抗体表达技术获得单克隆抗体,免疫遗传学数据库分析抗体可变区基因,酶联免疫吸附试验测定抗体的结合能力,TZM-bl/假病毒中和试验测定抗体的中和能力.结果 从一个HIV-1 B亚型病毒感染者中分离到了E11和H2两个能够中和2株Tier 2病毒的单克隆中和抗体;E11和 H2抗体的重链基因均来源于 IGHV4-4＊08家系,突变率分别为15.79%和14.74%,轻链基因均来源于IGKV3-15＊01家系,突变率分别为8.33%和7.95%;两个抗体可与B亚型、CRF01_AE和CRF07_BC病毒蛋白结合;E11和H2抗体对398-F1病毒（Tier 2）的50%抑制浓度分别为18. 78 μg/ml 和22. 43 μg/ml,中和25710病毒（Tier 2）的浓度分别为43.35 μg/ml和39.45 μg/ml.结论 本研究成功分离到了两个能够中和2株Tier 2病毒的单克隆中和抗体,能够为相关艾滋病疫苗的设计提供研究基础.

摘要：目的建立一种灵敏、特异的实时荧光定量TaqMan反转录聚合酶链式反应(RT-PCR),用于快速、准确地检测西藏环状病毒(Tibet orbivirus, TIBOV)。方法收集GenBank数据库中全部TIBOV基因序列,利用Clustal X 2.1软件进行比对,根据分析结果选择TIBOV VP4基因保守区域设计特异性引物、探针;以体外转录的RNA为标准品,建立检测TIBOV的TaqMan RT-PCR方法,绘制荧光定量标准曲线;对该方法的特异性、灵敏度、重复性进行评价。结果引物与探针具有良好的特异性,对多种虫媒病毒无交叉反应。检测反应灵敏度为1.0×10^(2)拷贝/反应,在1.0×10^(2~8)拷贝/反应模板范围内具有良好的扩增曲线,同一样品重复检测循环阈值(Ct)的变异系数均小于1.5%。对西藏自治区、云南省、湖南省和广东省采集的蚊虫样本进行筛查,结果均为阴性。TIBOV模拟样本检出率为100%。结论该方法灵敏度高、特异性强,可用于TIBOV的常规监测。

摘要：目的建立一种灵敏且特异的实时荧光定量RT-PCR方法,用于快速检测盖塔病毒(getah virus, GETV)。方法从GenBank数据库下载GETV基因序列,使用Clustal X完成序列比对,针对高保守区段设计特异性引物和探针;以GETV核酸为标准品建立标准曲线,分别对检测反应的灵敏度、特异性和稳定性进行评价。结果本方法能特异地检测GETV,与多种虫媒病毒无交叉反应;灵敏度为1.0×10 pfu/ml,批内和批间变异系数均小于1%。从湖南、河北、福建、重庆采集的196批蚊虫中检出1批GETV阳性。结论建立了灵敏度高,特异性强的TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR方法用于GETV筛查。