摘要：建立了一种基于颜色判定的简单、快速和灵敏的逆转录环介导等温扩增(Reverse transcription loop-mediatedisothermal amplification,RT-LAMP)方法应用于GII型诺如病毒基因检测。针对诺如病毒RNA依赖的RNA聚合酶和衣壳蛋白基因序列(RNA-dependant RNA polymerase and capsid protein gene)设计出6条特异引物,在等温条件下(65℃)进行扩增反应60min。在扩增前加入染料羟基萘酚蓝(HNB)作为反应指示剂,以其颜色变化作为结果判断标准,并经琼脂糖凝胶电泳验证。本文利用此技术对不同腹泻病毒进行了特异性分析,对体外转录的GII型诺如病毒RNA的梯度稀释进行了灵敏度分析,同时与逆转录PCR(RT-PCR)方法进行比较,并对93份腹泻患者粪便中的病毒核酸进行了检测。结果显示,本研究建立的RT-LAMP方法特异性高,灵敏度达到1 000拷贝/μLRNA分子水平,与常规检测RT-PCR方法相当。对临床标本的阳性检出率也与常规RT-PCR相当。由于此方法特异性强,灵敏度较高,耗时短,结果直观,因此有望用于GII型诺如病毒的现场快速检测。

摘要：目的监测2008年我国不同地区15所教学医院医院感染患者中分离的肠杆菌科细菌的耐药性。方法按设计方案收集非重复的1 357株医院感染患者中分离的肠杆菌科细菌。菌株经中心实验室复核后,采用琼脂稀释法测定15种抗菌药物的最低抑菌浓度(MIC),数据输入WHONET5.6软件进行统计分析。结果大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌和奇异变形杆菌敏感率较高的药物有美罗培南(97.6%～100%)、帕尼培南(79.8%～98.4%)、亚胺培南(64.9%～98.1%)、厄他培南(91.3%～97.4%)、哌拉西林-他唑巴坦(87.2%～97.4%)、头孢美唑(82.1%～97.0%)和阿米卡星(89.9%～93.8%)。肠杆菌属细菌敏感率较高的抗菌药物有美罗培南(98.7%)、帕尼培南(96.4%)、亚胺培南(95.4%)和阿米卡星(85.7%)。弗劳地枸橼酸杆菌和黏质沙雷菌敏感率较高的药物有碳青霉烯类抗生素(92.0%～100%)、哌拉西林-他唑巴坦(93.1%～99.1%)、阿米卡星(89.0%～94.3%)和头孢吡肟(86.2%～93.1%)。结论碳青霉烯类抗生素、哌拉西林-他唑巴坦和阿米卡星对医院分离的肠杆菌科细菌保持了较高的抗菌活性,头孢美唑对大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌和奇异变形杆菌表现出良好的抗菌活性。

摘要：Flexal病毒(Flexal virus,FLEV)和Whitewater Arroyo病毒(Whitewater Arroyo virus,WWAV)属沙粒病毒,经鼠传播,可引起人类严重传染病,主要分布于美洲,有因野外工程而感染或国际物流和人员往来而输入的风险。本研究通过检索、分析FLEV和WWAV基因组序列,参照同科属病毒遗传进化特征,确定病毒基因组保守区,筛选分子检测靶基因,设计PCR扩增引物和检测探针,建立两种沙粒病毒的实时荧光RT-PCR检测方法,并进行灵敏性、特异性和重复性初步评价。结果表明,所建立的FLEV和WWAV检测方法与其他病毒无交叉反应,扩增效率大于95%,检出限分别为100copies/μL和20copies/μL,变异系数在2%以内。上述结果显示,本研究所建立的FLEV和WWAV检测方法的特异性强,灵敏性与重复性均处于常规病毒性传染病分子诊断可接受范围,可应用于疑似病例的快速检测和相关病原的筛查和流行病学调查。

摘要：建立可检测琉球病毒(Ryukyu virus,RYKV),索尔韦齐病毒(Solwezi virus,SOLV)以及苏里斯病毒(Souris virus,SOUV)等三种沙粒病毒的实时荧光定量RT-PCR检测方法。分析三种病毒流行病学分布特征,从国际公共数据库搜索下载基因组序列,进行比对分析,确定检测靶标,借助primer premier 6.0生物信息学软件,设计引物和探针,建立实时荧光定量RT-PCR检测方法,利用化学合成和体外转录方法制备模拟样本,比较评价三种方法的检测限、特异性、重复性特征。所建实时荧光定量RT-PCR检测方法均可有效扩增检测病毒RNA靶标,检测限分别为40拷贝/μL、7拷贝/μL和15拷贝/μL,检测汉城病毒、汉滩病毒、登革病毒Ⅰ~Ⅳ型分离株、发热伴血小板减少综合病毒及30份健康人血清样本无非特异性扩增,三种病毒相互间以及其他8种出血热相关沙粒病毒RNA间无交叉反应,重复性比较分析显示变异系数均在2%以内。本研究建立的检测RYKV、SOLV和SOUV三种沙粒病毒的实时荧光RT-PCR方法具备用于相关疑似感染者临床样本、宿主动物标本以及进出口物品的筛查检测的潜力,但因未经基于实际病毒感染样本的比较评价,检测结果的解释仍具有一定的局限性。

摘要：建立操作便捷、用户友好的在线系统可以实现对海量病毒感染宿主应答数据的深度挖掘,促进对病毒与宿主相互作用的深入了解。通过收录整合1483份批量转录组和超30000个细胞的单细胞转录组数据,以R语言为核心,整合多种先进生物信息工具,设计开发用户友好的在线平台rViRAL(Respiratory Virus Response interActive anaLysis)。在rViRAL上,研究人员通过用户友好的交互界面即可实现对感染后宿主应答的系列分析,包括:差异表达分析、诊断性能评价以及单细胞层面上的分子变化等。此外,rViRAL还提供跨多种常见呼吸道病毒感染类型,对感兴趣的基因进行泛感染比较分析的功能。借助rViRAL,生物学家可以无需任何计算编程技能就可以对感兴趣的基因进行假设探索与验证,这将极大地促进呼吸道病毒感染免疫的数据挖掘、科学讨论和治疗及诊断靶点的发现。

摘要：目的建立可检测杜贝病毒(dugbe virus,DUGV)、盖勒尤卜病毒(qalyub virus,QALV)和蒂亚福拉病毒(thiafora virus,TFAV)等三种内罗病毒基因组的实时荧光RT-PCR检测方法。方法收集、整理,比对、分析在公共数据库发布的三种病毒基因组S节段核苷酸序列,确定检测靶标,利用生物信息软件设计特异性引物、探针,优化检测程序,建立实时荧光定量RT-PCR检测方法,利用体外转录技术制备的模拟样本、其他病毒感染标本、病毒株和正常人血标本比较评价所建方法的检测限、特异性、重复性特征。结果所建实时荧光定量RT-PCR检测方法均可有效扩增检测病毒靶标RNA,检测限分别为160 copies/μL,20 copies/μL和10 copies/μL,检测科萨努尔森林病病毒、乙型流感病毒BV和BY型、甲型流感病毒H3N2、黄热病毒、乙型脑炎病毒、克里米亚-刚果出血热病毒和塔西那病毒样本无非特异性扩增,三种内罗病毒相互间无交叉反应,重复性分析显示变异系数均在2%以内。结论本研究建立的检测DUGV、QALV和TFAV的实时荧光RT-PCR方法,可用于相关临床样本、媒介、宿主动物标本以及进出口物品筛查检测。