摘要：为了全面了解苦瓜转录组SSR位点特征和满足苦瓜分子育种对分子标记的需求,利用MISA软件对来自苦瓜材料‘大沥-11’6个组织的59740条转录组Unigene序列进行SSR位点搜索,共检测出31066个SSR位点,出现频率(发现的SSR个数与总Unigene数之比)为52.00%,平均每2.62 kb出现1个SSR位点。在苦瓜转录组SSR位点中,基元类型主要为三核苷酸,占总SSR位点的42.17%;其次是二核苷酸,占总SSR位点的31.66%。利用Primer 3软件对搜索到的苦瓜转录组SSR位点进行引物设计,然后把获得的引物序列比对回苦瓜的参考基因组,选择上下游引物序列都是唯一比对的序列并去除重复后共获得9135对特异SSR引物。选择MC00上的232对特异SSR引物对‘谭边大顶’和‘华艺320’两个苦瓜品种基因组DNA进行PCR扩增,其中有219对特异引物可扩增出清晰的条带,有效扩增率为94.40%;有31对特异引物扩增产物表现出多态性,多态率为13.36%。本研究开发的苦瓜转录组特异SSR引物为苦瓜的种质资源分析、基因定位、分子标记辅助选择等理论与应用研究提供了引物数据参考。

摘要：清远麻鸡(Qingyuan partridge chicken)是我国著名的优质地方鸡(Gallus gallus gallus)品种之一,已经历了20年系统地保种和利用,但其核心原种保种群体始终缺乏遗传多样性评价。本研究通过对国家级清远麻鸡原种保种场的选育群和保种群进行高通量测序,获得了清远麻鸡核心原种保种群体的99个线粒体基因组。在此基础上,本研究对清远麻鸡的线粒体基因组遗传多样性水平进行了全面评估,发现其线粒体基因组遗传多样性较高,编码基因COⅠ、ND4、COⅢ、ND2和Cytb及所有非编码基因的平均核苷酸差异数(K)均处于较高水平,说明清远麻鸡保种效果良好。比较分析保种群和选育群的遗传分化,结果表明保种群线粒体基因组遗传多样性高于选育群的,除了ND1和COⅡ单倍型多样度(H_(d))低于选育群的外,保种群其余基因的单倍型多样度(H_(d))均高于选育群的。通过两群体线粒体基因组编码区序列比对,发现选育群中共有30个错义突变位点,包括分别发生在ND3和ND5基因的2个激进变异;保种群有24个错义突变位点,包括COⅢ的1个中度激进突变和ND3的1个激进突变,提示清远麻鸡具有较大的选育潜力。本研究的结果对于清远麻鸡遗传资源的保护和评价,以及合理的开发和利用提供了理论参考。