摘要：为建立澳洲坚果(Macadamia spp.)的SCoT最适反应体系,用单因素设计方法对影响SCoT-PCR反应体系的主要影响因素进行了优化筛选,并构建了澳洲坚果种质的指纹图谱。结果表明,澳洲坚果的SCoT最适反应体系为:反应体系总体积为20μL,包含2.5 mmol L–1Mg2+,0.3 mmol L–1dNTPs,0.8μmol L–1引物,40 mg L–1模板DNA和1.0 U Taq DNA聚合酶。最适退火温度为50℃。该反应体系对澳洲坚果种质具有良好的稳定性、可靠性和较高的分辨率。选用多态性良好的单引物SC5和引物组合SC34+SC39,可以将12份澳洲坚果种质完全区分开,每份种质都各有独特的指纹图谱,置信概率达到99.988%。构建的SCoT反应体系可为澳洲坚果种质鉴定和遗传多样性分析等提供技术支持。

摘要：为建立Taura综合征病毒(Taura syndrome virus,简称TSV)的TaqMan-MGB探针荧光定量RT-PC方法,根据TSV衣壳蛋白基因保守序列设计引物和TaqMan-MGB探针,扩增产物长度为118bp。将PCR产物克隆到pGM-T载体,重组质粒经筛选鉴定、SalⅠ单酶切,得到线性化转录模板DNA,经体外转录获得标准品RNA。以体外转录的RNA作为模板,进行一步法荧光定量RT-PCR反应,根据RNA模板拷贝数与Ct(Cycle threshold,Ct)值制备了标准曲线,制作的标准曲线在2×101拷贝/μL≤TSV RNA≤2×107拷贝/μL的范围内具良好的线性关系,可以用于TSV的定量分析,检测灵敏度为20个拷贝数。特异性、重复性试验结果表明,该方法对SPF对虾组织RNA没有扩增反应,表现出良好的特异性;组内和组间实验变异系数分别为0.32%～1.84%和0.79%～2.71%。利用TaqMan-MGB探针建立检测TSV的一步法荧光定量RT-PCR方法可用于对虾TSV的检测。

摘要：采用正交设计方法,对影响番石榴SRAP反应体系的Mg2+、dNTPs、引物、TaqDNA聚合酶和模板DNA浓度等进行了优化,建立了适用于番石榴的SRAP反应体系。该优化的20μL反应体系中包含2.5mmol/LMg2+,0.15mmol/LdNTPs,0.4μmol/L引物,1.5UTaqDNA聚合酶和20ng模板DNA。利用该优化体系通过64对SRAP引物组合对5份番石榴材料进行了SRAP-PCR扩增,结果表明SRAP引物及优化后的反应体系能够有效地用于番石榴种质资源鉴定及遗传多样性分析等研究。

摘要：以莲雾DNA为模板,应用正交设计法对SRAP反应体系中的各个主要影响因素进行了优化筛选。结果表明,20μL反应体系中各组分的最适浓度或用量分别为:1×Buffer,3.0mmol/LMg2+,0.3mmol/LdNTPs,0.4μmol/L引物,0.5UTaqDNA聚合酶和40ng模板DNA。利用该优化体系通过64对SRAP引物组合对7份莲雾进行了SRAP-PCR扩增,证实了该体系具有稳定可靠、重复性好、多态性较强等特点。

摘要：利用PCR-SSCP技术对吉富罗非鱼HSP70基因多态性进行检测,并采用最小二乘法分析多态性与罗非鱼Oreochromis niloticus耐寒性状的相关性。结果发现,依据HSP70基因序列设计的引物HP70-1、HP70-4、HP70-6不同耐寒能力样本中的电泳图具有带型多态性,且该基因多态性与其耐寒性状显著相关。据此推断HSP70基因是潜在的罗非鱼耐寒相关基因。

摘要：通过电子克隆所得基因序列设计引物,采用RT-PCR方法首次克隆得到长度为885 bp的凡纳滨对虾亲环素A（Cyclophilins A）CYPA基因cDNA序列,其开放阅读框为35~529 bp,可编码164个氨基酸.推算其分子量约为17.6×103,理论等电点为8.55.与其他物种的CYPA基因比对发现,该基因的氨基酸序列具有较高的保守性.基于氨基酸序列的聚类分析表明,凡纳滨对虾与斑节对虾的亲缘关系最近.荧光定量PCR的结果显示该基因在组织中广谱表达,在抗病组中,胃中的表达量最高,心脏中的表达量最低,差异约为2倍.而在感病组中,该基因在心脏中的表达量最高,肌肉中的表达量最低.利用ProtFun在线预测蛋白质的功能分类,表明CYPA基因可能是一免疫应答抑制因子,参与凡纳滨对虾免疫防御反应.

摘要：为研究凡纳滨对虾耐寒性状的分子机理,研究克隆了凡纳滨对虾耐寒相关基因TCP-1-Beta并对其与耐寒性状的关系进行了研究。根据电子克隆所得序列设计引物,采用RT-PCR方法克隆得到长1691 bp的凡纳滨对虾TCP-1-Beta基因序列,其中包括1608 bp的完整开放阅读框,编码535个氨基酸残基。然后,运用荧光定量PCR对TCP-1-Beta基因进行时空表达谱的分析：组织表达谱的结果显示,该基因在凡纳滨对虾肝胰腺组织中表达量最高;不同低温处理下的表达结果显示,在28℃和15℃处理下基因表达量无显著变化,13℃开始呈上调表达,11℃时表达量升高;13℃低温处理发现该基因在24h内表达量无显著变化,但36h后表达量显著升高。采用PCR-RFLP方法对216尾凡纳滨对虾TCP-1-Beta基因进行了SNP多态性检测,并将其与耐寒性状进行了关联分析。在该基因编码区第420碱基上发现G/A突变,方差分析结果表明该位点的不同基因型与耐寒力指标CDH值相关（P〈0.05）,其中GG基因型的耐寒能力比AA基因型强。

摘要：通过电子克隆所得序列设计引物,采用RT-PCR方法首次克隆得到长655 bp的凡纳滨对虾通用转录因子3(Basic Tran-scription Factor 3,BTF3)基因序列,其中包括597 bp的完整开放阅读框,共编码198个氨基酸残基,推算分子量约45.79 kDa,理论等电点为4.93。氨基酸序列分析表明,BTF3基因编码的氨基酸序列中具有保守的NAC结构功能域,利用实时荧光定量PCR检测凡纳滨对虾不同组织的表达情况发现,该基因在凡纳滨对虾组织中广泛表达,其中肌肉组织表达量最高,在肠中表达量最低。

摘要：SSR标记是一种广泛应用的分子标记技术,在茶树的研究中发挥了重要的作用。本研究运用生物信息学及统计学的方法,对已成功绘制了高质量基因组图谱的‘云抗10号’茶树全基因组进行分析,获得428 654个具有引物片段的SSR标记。通过对这些SSR区段进行分析,发现不同碱基数目的重复单元之间具有较大的差异:含有二核苷酸的重复单元最多,占总数的54.04%;其次为三核苷酸重复单元,占总数的31.52%。经比较,在茶树与可可的基因组SSR中,二核苷酸SSR重复单元数量最少的都是CG/GC基元;三核苷酸SSR重复单元中数量较少的都有CCG/CGC/GCC基元类型;四核苷酸SSR重复单元最多的都是AAAT/TTTA基元。为进一步研究及验证所设计SSR引物的有效性及多态性,对茶树酚类合成途径中关键酶4-香豆酸乙酰连接酶(4CL)进行SSR引物开发并进行生物信息学分析,获得17对引物。其中13对SSR引物扩增的区域有分布在基因间区,2对在内含子区及2对在5'上游非翻译区。挑选其中的6对引物进行多态性的研究,发现位于内含子区的2对引物具有多态性,其它不表现。在茶树全基因组中大规模开发SSR标记,将为茶树的进化、分类和育种研究提供参考。

摘要：【目的】快速、准确地检测卵形鲳鲹(Trachinoms ovatus)感染无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)、停乳链球菌(Streptococcus dysgalactiae)、海豚链球菌(Streptococcus iniae)和格式乳球菌(Lactococcus garvieae)4种主要的致病菌,为卵形鲳鲹的健康养殖提供依据。【方法】针对4种致病菌的特异基因设计特异性引物cfb-F/cfb-R,tuf-F/tuf-R,Si-F/Si-R,PLG-F/PLG-R,建立多重PCR反应体系,通过调试各引物对之间的最佳比例以及最适退火温度,对反应体系进行优化及灵敏度测试。2014年6~8月,应用该体系对北海及湛江各养殖场的发病卵形鲳鲹进行检测,然后用通用引物扩增16SrRNA基因,经测序、比对检测体系的准确性。【结果】反应体系中cfb-F/cfb-R,tuf-F/tuf-R,Si-F/Si-R,PLG-F/PLG-R的最适浓度分别为0.2μmol/L,0.08μmol/L,1.6μmol/L和0.4μmol/L;最优退火温度为54.3℃;4种目标菌的检测灵敏度为5×10^(-2) ng/μL;11份病原样品检测中,2份出现海豚链球菌的目的条带,4份出现无乳链球菌的目的条带,5份未见目的条带,和测序分析结果一致。【结论】多重PCR方法能代替传统的微生物检测方法特异、快速、灵敏地检测4种致病菌。