摘要：基于计算机辅助药物设计结合复杂网络分析的研究体系,分析敦煌大补脾汤防治胃癌的潜在作用机制,并通过功效分组探讨其组方规律的科学内涵。通过细胞实验研究大补脾汤冻干粉溶液对胃癌细胞增殖活性的影响;利用TCMSP、TCMID数据库收集大补脾汤化合物成分,Swiss Target Prediction预测化合物潜在作用靶标,DrugBank、GeneCards、TTD、DisGeNET收集胃癌的潜在作用靶标,通过STRING数据库分析潜在作用靶点的蛋白互作。DAVID数据库进行KEGG富集分析;根据功效特点将大补脾汤分为温中组(干姜)、益气组(人参、甘草、白术)、养阴组(麦冬、五味子)和降逆组(旋覆花)4个功效配伍组,利用Cytoscape分别构建“药味-潜在活性成分-关键靶点”网络,分析功效分组配伍规律的科学内涵;采用Schr?dinger软件进行核心成分和核心靶点的分子对接验证,并通过结合模式分析和结合自由能计算挖掘大补脾汤发挥防治胃癌作用的物质基础,通过分子动力学模拟从动力学角度分析核心成药性靶点与代表潜在化合物的相互结合模式。细胞实验证实大补脾汤冻干粉溶液能够下调AGS胃癌细胞线粒体膜电位,使细胞周期被阻滞在G_(0)/G_(1)期(P<0.05),抑制其增殖(P<0.05)。大补脾汤所含4个功效组富集的通路主要分布于机体能量代谢、炎症-免疫系统调节和周期-凋亡功能3个模块,各模块间通过共有靶标基因联结又各有侧重。分子对接结果显示,化合物甘草素、槲皮素、山柰酚、异鼠李素、麦冬高异黄酮A等可能是大补脾汤起效的多靶点成分;雌激素受体1、雄激素受体、ATP结合盒转运蛋白亚家族G2、表皮生长因子受体、糖原合酶激酶3β等靶点与各个潜在活性化合物之间的亲和力较好,可能是大补脾汤防治胃癌的潜在作用靶点,其中山柰酚与成药性靶点EGFR有较好结合能力,具有较好的结合稳定性。本研究基于计算机辅助药物设计结合复杂网络分析策略初步揭示了大补脾汤辅助防治胃癌的物质基础和分子机制,并探讨了大补脾汤不同功效组协同防治胃癌的科学内涵,为其临床应用提供化学生物信息学依据。

摘要：目的 利用化学生物信息学探究敦煌大泻脾汤治疗胃癌的潜在作用机制及物质基础。方法 CCK-8检测细胞增殖情况;流式细胞术检测细胞凋亡和周期情况。TCMSP数据库下载大泻脾汤中药化合物,Swiss Target Prediction预测化合物潜在靶点。Drugbank、Genecards、TTD及DisGeNET数据库检索胃癌靶点。STRING数据库分析蛋白互作并利用Clusters模块进行靶点聚类。CytoHubba插件筛选大泻脾汤治疗胃癌的核心靶点,ClueGO插件进行核心靶点KEGG富集分析。分子对接评估靶点-化合物亲和力,分子动力学模拟探究动态分子机制。结果 细胞实验结果显示,大泻脾汤冻干粉能够促进胃癌细胞凋亡,可使其细胞周期被阻滞在G0-G1期(P<0.05),抑制其增殖(P<0.05)。网络药理学分析得到大泻脾汤与胃癌的共有靶点188个,通过Clusters模块聚类得到参与炎症反应、血管生成及细胞生长分化的3类靶点,主要涉及TNF signaling pathway、PD-L1 expression and PD-1 checkpoint pathway in cancer及p53 signaling pathway等信号通路。分子对接结果显示,TNF、EGFR及AKT1与核心成分的亲和力最好;粗毛甘草素B、甘草异黄烷酮、5-异戊二烯基紫铆花素等与各潜在关键靶点的亲和力均较好。通过50 ns的分子动力学模拟发现潜在活性分子与其靶蛋白形成了稳定的分子间作用。结论 本研究对敦煌医方大泻脾汤潜在起效的物质基础和分子机制进行了挖掘,为其通过“寒热并用、调和阴阳”治疗胃癌的研究和临床应用提供化学生物信息学参考。

摘要：为明确252 CF裂变快中子辐照诱变得到的6个玉米突变体的配合力效应,评价其在玉米育种实践中的利用价值,以昌7-2、Mo17、B73、LY0986和LY1621为测验种父本(P1),6个突变体fu 18312、fu 1603、fu 17138、fu 18321、fu 18398和fu 18362为被测系母本(P2),在前期表型鉴定的基础上,对11份参试材料的11个农艺性状,按NCII设计(不完全双列杂交设计)分为两组,组配30个杂交组合进行配合力效应分析。结果表明,6个突变体的一般配合力(general combining ability,GCA)效应值在同一性状或不同性状上存在较大差异。其中矮秆、低穗位突变体fu 18312株高和穗位高的GCA效应为负效应,降秆作用显著,可用于抗倒性的改良;叶夹角突变体fu 1603和黄绿叶突变体fu 17138多数性状的GCA效应均为正效应,可用于高秆、大穗、多粒型丰产品种的选育,但应注意与矮秆品种搭配,以防倒伏。尽管fu 17138叶缘黄化,但结实正常,与对照相比单株产量降低,因此,可作为标记性状在种子生产上加以利用,以保护知识产权。所配组合中,(LY0986×fu 17138)为强优势杂交组合,单株产量的特殊配合力(Special combining ability,SCA)表现为较高的正效应,为品种选育奠定了种质基础,为快中子诱变突变体的进一步改良和利用提供了理论依据。

摘要：为了利用生物学技术和手段来解决农业问题,让基因组测序技术、转基因及基因编辑等现代分子生物学技术为农业遗传育种服务,实现常规育种与分子设计育种的紧密结合,加速作物精准育种进程,近年颇受学术界关注。现梳理了一些分子生物学专用名词概念,概述了目前在正向遗传学研究中如何利用极端表型材料基于全基因组测序的BSA-Seq方法(MutMap法、MutMap+法、MutMap-Gap法、QTL-seq法)快速定位重要农艺性状的QTL/基因,为快速定位和克隆候选基因提供新思路。