摘要：Discodermolide是一种新颖的作用于微管蛋白的抗肿瘤化合物,具有良好的药用前景.为了设计出药效更好的类似物,我们用比较分子力场分析(CoMFA)和比较分子相似性指数分析(CoMSIA)对discodermolide及其衍生物进行了三维定量构效关系(3D-QSAR)的研究,并建立了相关的预测模型.其中,CoMFA模型的交叉验证相关系数(q2)为0.592,非交叉验证相关系数(r2)为0.982,标准偏差(SEE)为0.094,F值为119.761;CoMSIA模型的q2为0.544,r2为0.980,SEE为0.098,F值为108.715.计算结果表明,获得的CoMFA和CoMSIA模型具有良好的预测能力,可以应用于指导该类化合物的设计.

摘要：蛋白酪氨酸磷酸酶1B(protein tyrosine phosphatase 1B,PTP-1B)是近年来发现的治疗Ⅱ型糖尿病的新靶点,1,2-萘醌类化合物对PTP-1B有较好的抑制活性,具有良好的药用前景.为了设计出本类化合物抑制效果更好的分子构型,用比较分子力场分析(CoMFA)和比较分子相似性指数分析(CoMSIA)对该类化合物进行了三维定量构效关系(3D-QSAR)的研究,并建立了相关的预测模型.其中,CoMFA模型的交叉验证相关系数(q^2)为0.555,非交叉验证相关系数(r^2)为0.991,标准偏差(SEE)为0.049,F值为***模型的q^2为0.558,r^2为0.991,SEE为0.050,F值为542.773.计算结果表明,获得的CoMFA和CoMSIA模型具有良好的预测能力,可以应用于指导该类化合物的设计.

摘要：采用两种分子场分析方法即比较分子场分析法(CoMFA)和比较分子相似因子分析法(CoMSIA)进行了37个褪黑激素受体拮抗剂的构效关系研究.计算结果表明,两种方法得到的构效关系模型都具有较好的预测能力.在计算中,还考察了不同格点距离和电荷计算方法对构效关系模型的影响.通过分析分子场等值面图在空间的分布,可以观察到叠合分子周围分子场特征对化合物活性的影响,为设计新的褪黑激素拮抗剂提供了一些理论依据.

摘要：二肽肽酶IV是一类用于治疗II型糖尿病具有潜在价值的关键酶, 很多此类酶的抑制剂用于处理此病具有相当好的有效性. 一系列N-取代的甘氨酰氰基吡咯烷衍生物对于二肽肽酶具有高的活性和选择性. 我们使用比较分子力场分析方法建立DPP-IV 抑制剂——N-取代的甘氨酰氰基吡咯衍生物的三维定量构效关系, 该模型为设计用于治疗II 型糖尿病的高效DPP-IV抑制剂提供结构信息. CoMFA模型的交叉验证相关系数q2=0.575, 非交叉验证相关系数r2=0.981,绝对误差S=0.184, F9.68=388.5. 使用七个预测集检验了模型的预测能力. 所得的模型解释了已有的构效关系, 并对同类化合物有较好的预测能力, 该模型可用于指导新型的DPP-IV 抑制剂的设计与优化.

摘要：建立三环系COX-1和COX-2抑制剂结构与活性的三维定量构效关系模型,为设计新型的具有选择性的COX-2抑制剂提供线索.通过与酶的对接并优化,确定化合物在受体结合腔中的构象,利用比较分子力场分析方法建立三维定量构效关系模型.模型1R_(cv)~2=0.685,最佳主成分数为6,传统相关系数为R^2=0.988,F=726.2,标准偏差S=0.080;模型2R_(cv)~2=0.573,最佳主成分数为6,传统相关系数为R^2=0.996,F=1147.6,标准偏差S=0.034.所得的模型不仅解释了化合物的构效关系,而且对预测集中的化合物有很好的预测能力;比较不同模型的系数相关图,分析了结构与活性、结构与选择性的关系,得到的结果可以指导新化合物的设计与合成.

摘要：通过分子对接和三维定量构效关系(3D-QSAR)两种方法来确定两类马来酰胺类的糖原合成酶激酶-3β(GSK-3β)抑制剂的结合方式.首先,用分子对接确定抑制剂与GSK-3β的结合模式及其相互作用;然后用比较分子力场分析法(CoMFA)与比较分子相似性指数分析法(CoMSIA)对48个化合物做三维定量构效关系的分析.两种方法得出的交互验证回归系数分别为0.669(CoMFA)和0.683(CoMSIA),证明该模型具有很好的统计相关性,同时也说明该模型具有较高的预测能力.根据该模型提供的信息,设计出9个预测活性较好的分子.

摘要：为开发新型环境友好杀菌剂,选择了黄烷酮类植物抗毒素为先导,利用生物等排取代原理对其结构进行修饰,设计合成了23个未见文献报道的2-杂环芳基苯并二氢吡喃-4-酮类化合物,并系统测定了所有化合物对水稻稻瘟病抑制活性的IC50值.在此基础上,采用CoMFA方法对它们进行了三维定量结构活性关系研究,系统考查了网格结构、探针以及场类型对CoMFA结果的影响.研究结果表明,苯并二氢吡喃-4-酮苯环5,6,7位上应该引入一些体积较小且具有强供电子能力的取代基有利于提高化合物的杀菌活性.CoMFA分析对7位氧原子和19位氧原子的电性要求与前文采用 Hansch-Fujita方法的分析结果是相一致的.

摘要：通过分子力学和量子化学计算,得出两种二氢吡啶衍生物的低能构象,再应用比较分子力场分析方法(CoMFA)和比较分子相似性指数分析方法(CoMSIA)分别对两种构象的43个二氢吡啶衍生物进行3D-QSAR研究.计算结果表明,用两种方法建立的两种构象的构效关系模型均有较好的预测能力.通过分析CoMFA和CoMSIA的系数等势图,直观地了解二氢吡啶衍生物的结构对生物活性的影响,为进一步设计高活性的二氢吡啶衍生物提供一定的理论依据.

摘要：运用比较分子力场 (CoMFA)和比较分子相似性指数分析 (CoMSIA)方法研究了 5 0个HLA A 0 2 0 1限制性CTL表位九肽结构与亲和性间的关系 ,另外 15个表位九肽作为预测集用于检验模型的预测能力 .结果表明采用CoMSIA得到的构效关系模型 (q2 =0 .62 8,r2 =0 .997,F =840 .419)要明显优于采用CoMFA得到的构效关系模型 .在CoMSIA计算中 ,当引入疏水场时 ,三维构效关系模型得到明显改善 ,通过该三维构效关系模型 ,可较精确地估算预测集中 15个CTL表位肽与HLA A 0 2 0 1间的亲和力 (r2pred=0 .743 ) .通过分析分子场等值面图在空间的分布 ,可以观察到表位肽分子周围的立体及疏水特征对表位肽与HLA A 0 2 0 1间结合亲和力的影响 ,从而为进一步对CTL表位肽进行结构改造并基于此进行治疗性疫苗分子设计提供理论基础 .

摘要：β分泌酶是治疗阿尔茨海默病(AD)的理想作用靶点。采用以R基团技术为核心的Topomer CoMFA研究HEA类β分泌酶抑制剂的三维定量构效关系(3D-QSAR),构建了拟合与预测能力良好的3D-QSAR模型,得到拟合、交叉与外部验证的复相关系数分别为r2=0.928,q2loo=0.605和r2pred=0.626。通过3D-QSAR模型搜索ZINC化合物结构片段源,得到活性贡献提高的R基团并结合公共骨架设计得到15个新颖化合物,其预测活性值均优于训练集中的活性最高分子。用分子对接研究新设计化合物与β分泌酶的相互作用模式,结果表明,氢键和疏水性是影响亲和力的重要因素。研究表明,基于R基团的Topomer CoMFA与Topomer Search可以有效地筛选和设计HEA类β分泌酶抑制剂,所设计的分子为AD药物的研发提供了新的候选物。