摘要：采用比较分子场分析法(CoMFA)和比较分子相似性指数分析法(CoMSIA),对苯并咪唑衍生物抗盐酸腐蚀的缓蚀性能进行了三维定量构效关系研究,并使用留一法交叉验证手段对3D-QSAR模型的稳定性及预测能力进行了分析.结果表明,立体场、静电场和氢键供体场(电子给体)是影响苯并咪唑缓蚀剂缓蚀性能的主要因素;所构建的CoMFA模型(q2=0.541,R2=0.996)和CoMSIA模型(q2=0.581,R2=0.987)均具有较好的统计学稳定性和预测能力.基于3D-QSAR等势图设计出了几种具有较好缓蚀性能的苯并咪唑化合物,为油气田新型缓蚀剂的研发提供了一种新思路.

摘要：利用比较分子力场分析(CoMFA)方法, 建立苯(氧)烷胺类α1-肾上腺素受体拮抗剂DDPH及其类似物的三维定量构效关系模型。交叉验证回归系数q2、非交叉验证回归系数r2和标准偏差SEE分别为0.457, 0.953, 0.208,研究结果显示立体场比静电场对活性的影响更大。所得模型具有一定的预测能力,可用来指导设计新的苯氧烷胺类α1-肾上腺素受体拮抗剂 ,并为以后进一步的工作提供依据。

摘要：多溴联苯(PBBs)作为一种添加型阻燃剂,可从产品中缓慢释放出来,并在环境介质和生物体中富集并产生危害,红外和紫外光谱可以对PBBs进行检测,具有检测迅速、无二次污染、操作简单等优点。结合功效系数法综合PBBs红外振动和紫外吸收两种光谱效应,构建兼具双光谱效应的CoMFA模型,根据模型三维等势图设计红外、紫外光谱增强的衍生物,并对衍生物进行稳定性、功能性和环境友好性评价。研究结果表明,CoMFA模型主成分n为3,交叉验证系数q2为0.532(>0.5),表明所建模型具有好的预测能力;模型标准偏差SEE为0.013(0.9),表明模型具有较好的拟合能力;加扰稳定性试验参数Q2为0.51,cSDEP为0.04,d q2/d r^2yy为0.95(0.6),表明模型具有好的外部预测能力,立体场和静电场贡献率分别为44.8%和55.2%。根据模型三维等势图信息引入正电性、体积大的取代基团对目标分子PBB-153进行取代修饰,共设计了7个PBB-153衍生物,双光谱效应综合值较目标分子增加10.15%~29.12%。高斯计算结果表明所设计的衍生物吉布斯自由能值小于0,正频值大于0,C-Br键解离焓与目标分子相比变化较小,衍生物具有较好的环境稳定性和功能性。此外,所设计的衍生物环境持久性、远距离传输性、毒性和生物富集性降低,具有环境友好性特征。模型验证发现衍生物红外、紫外单光谱效应均上升,衍生物(4-OCN-5-NO-PBB-153)两种光谱变化比率为0.79,接近模型所设置的权重比例1∶1,且双光谱效应模型三维等势图基本包含了单光谱效应模型三维等势图的信息,所构建的综合模型具有一定的准确性和可靠性。所建立的双光谱效应模型可以实现对两种单光谱效应的同步修饰和综合分析,为其他污染物光谱检测综合评价提供思路。

摘要：本文采用三维定量构效关系（3D—QSAR）、分子对接和分子动力学模拟方法研究一系列苯并咪唑／苯并噻唑类衍生物与AblT315I激酶的相互作用，建立了具有良好预测能力的3D—QSAR模型，并获得抑制剂合理的对接构象及对结合起关键作用的氨基酸残基．分子动力学模拟确定了抑制剂详细的动力学结合过程并验证了不同活性分子的结合模式．MM—GBSA自由能计算值与实验值吻合较好，自由能分解表明范德华作用是该类化合物与AblT315I结合的主要驱动力，此外，抑制剂与Met318残基的氢键作用对化合物的结合也起重要作用．最终设计了四个新化合物并等待实验的验证．

摘要：用比较分子场分析法(CoMFA)和比较分子相似性指数分析法(CoMSIA)研究了38个五元杂环并嘧啶衍生物类胸苷酸合成酶抑制剂的三维定量构效关系(3D-QSAR),建立了相关预测模型.CoMFA和CoMSIA模型的交互验证相关系数q^2分别为0.662和0.672、非交互验证相关系数R^2分别为0.921和0.884、外部交互验证相关系数Q_(ext^2)分别为0.85和0.81.分子对接得到的结合模式与三维定量构效关系得到的结果一致.结果表明这两种模型都具有良好的预测能力,可应用于指导化合物的设计和结构修饰,为进一步设计新型胸苷酸合成酶抑制剂提供了理论依据.

摘要：对26个PTH类Tau蛋白抑制剂进行了Topomer CoMFA研究,建立了拟合及预测能力良好的TopomerCoMFA模型,获得的模型拟合、交互验证及外部预测的复相关系数分别为0.976,0.603和0.795,估计标准偏差和Fisher验证值F分别为0.110和115.778.使用ZINC化合物数据集作为结构片段源,通过三维定量构效关系(3D-QSAR)模型搜索具有特定活性贡献的R基团.以样本中活性最高的1号分子过滤,R1和R2贡献值均提高了20%的片段分别有9个与2个.以此交替取代1号样本的R1与R2,得到18个新颖化合物并预测其活性,其中的15个预测活性值优于模板分子.研究结果表明,Topomer search可有效地用于分子设计,所设计的分子为阿尔茨海默病(AD)药物的研发提供了新的候选物.

摘要：经活性测试发现,N-硝基脲类化合物对反枝苋(***)和苏丹草(***)呈现除草活性.为进一步设计高活性的目标化合物,采用比较分子力场(CoMFA)对38个N-硝基脲类化合物进行三维定量构效关系(3D-QSAR)分析,建立了相关性显著、预测能力强的3D-QSAR模型(反枝苋:q2=0.674,r2=1.000,R2pred=0.9989;苏丹草:q2=0.635,r2=1.000,R2pred=0.9958).根据CoMFA模型的立体场和静电场三维等势线图可知,在N'-苯环的2和5位引入大体积的正电荷取代基,3位引入负电荷基团,4和6位引入大体积的负电荷基团有利于提高目标化合物对双子叶杂草反枝苋的除草活性;而在2位引入大体积的负电荷基团,3位引入小体积的负电荷基团,4位引入大体积的正电荷基团,5位引入大体积的取代基均有利于提高目标化合物对单子叶杂草苏丹草的除草活性.

摘要：用柔性原子受体模型方法对一系列嘧啶类衍生物酪氨酸激酶抑制剂进行了 3D QSAR研究,建立了相关性很好的模型,这些模型对测试集中化合物活性的预测结果表明其具有较强的预测能力.柔性原子受体模型方法还给出了虚拟的受体模型,表明了受体和配体之间可能的相互作用,包括两个氢键相互作用、一个疏水作用和一个硫 -芳香相互作用。

摘要：根据一系列表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂的三维定量构效关系研究 ,得到了该类抑制剂的药效团 ,研究结果与Novartis的药效团模型相当类似 .药效团包括一个氢键受体 ,一个氢键给体 ,一个疏水区和一个带有氯或溴原子的苯环 .该药效团对于研究表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂结构与活性的关系具有重要的意义 .

摘要：蛋白酪氨酸磷酸酶1B(PTP-1B)特异性抑制剂是近年来治疗Ⅱ型糖尿病药物研发的热点.PTP-1B与T细胞蛋白酪氨酸磷酸酶(TCPTP)同源性很高,为了避免在使用PTP-1B抑制剂过程中对TCPTP产生交叉抑制,则需要设计开发对PTP-1B具有高活性和高特异选择性的小分子化合物.苯并三唑类化合物对PTP-1B的抑制活性很高,并且其中一些化合物对PTP-1B表现出了较好的特异选择性,具有良好的药用开发前景.通过CoMFA和CoMSIA两种方法分别对该类化合物进行了三维定量结构-活性关系(3D-QSAR)和三维定量结构-选择性关系(3D-QSSR)研究,并建立了相关的预测模型.计算结果表明PTP-1B中的Arg24与化合物的氢键相互作用是提高选择性的重要因素,并且在R2位引入氢键供体且体积较大的强供电子基团,将有利于化合物抑制活性的提高,而在R2位取代基的末端引入氢键受体且体积较大的强吸电子基团,将有利于化合物选择性的提高.