摘要：目的应用二代测序技术(NGS)鉴别无脉络膜症与视网膜色素变性(RP)。方法采用横断面研究设计。纳入2017年1月至2018年12月在沈阳何氏眼科医院就诊的2个经外院临床医生诊断为RP的家系,采集相关病史资料,询问家族史,并绘制家系图,进行视力、眼压、眼底照相、视网膜电图(ERG)、B型超声、视野、色觉、光相干断层扫描(OCT)、裂隙灯显微镜检查,并进行目标序列捕获测序和Sanger验证,大片段的缺失插入经实时荧光定量PCR检测进行验证。结果识别了CHM基因中的2个已知致病突变EX9 DEL和c.715C>T,明确诊断为无脉络膜症,家系1先证者Ⅱ1携带EX9 DEL半合子突变,双眼黄斑中心凹处可见星型小片完整脉络膜。家系2患者携带c.715C>T致病突变,先证者Ⅲ1为半合子突变,双眼眼底可见黄斑中心凹处淡红色岛区;先证者母亲Ⅱ2和外祖母Ⅰ2为杂合突变,眼底萎缩程度较先证者Ⅲ1轻,眼底呈斑驳样外观,视盘界清色可,血管粗细适中,眼底萎缩区可见暴露的脉络膜。结论本研究首次在亚洲满族和汉族人群中识别了CHM基因EX9 DEL和c.715C>T致病突变,c.715C>T致病突变女性携带者与男性患者临床表型不同。NGS可能成为鉴别无脉络膜症与RP的有力工具。

摘要：二代测序技术(next⁃generation sequencing,NGS)高通量和低成本的特点使之在生命科学及医学领域,尤其是肿瘤研究中应用广泛。肿瘤具有高度异质性,其中致病突变可能以极低比例存在。因此,超低频突变的精准检测在肿瘤早诊、疗效监测、预后评估、用药指导等方面具有重要意义。然而,NGS测序实验设计复杂且环节多,会导致假阳性突变的产生,从而影响超低频突变检测的准确性。本文就肿瘤中超低频突变检测的重要性,并围绕影响超低频突变检测的因素及相应对策进行综述,同时对肿瘤中超低频突变检测的发展前景进行展望。

摘要：目的:建立目标基因捕获结合第二代测序技术,对孤立性左心室心肌致密化不全(IVNC)患者的已知致病基因MYBPC3进行突变筛查。方法:收集5例IVNC患者及一级亲属的超声影像学资料,并提取外周血全基因组DNA,设计MYBPC3外显子区域特异性捕获探针,与基因组DNA文库进行杂交,富集目标基因组区域DNA片段,利用二代测序技术,确定突变位点,并使用Sanger测序法在其一代亲属中验证。结果:目标基因特异性捕获探针可有效地捕捉并富集基因组DNA目标靶片段。在5例IVNC患者中,发现1例MYBPC3基因杂合非同义突变c.G1000A(p.E334K),该突变位于MYBPC3基因第13外显子中,测序深度249.65。经过数据分析与Sanger测序验证后,父亲发现此突变位点,母亲未发现提示突变的父亲的遗传。结论:本研究所建立的Gen Cap目标基因捕获测序技术结合二代测序技术成功发现了MYBPC3基因突变。

摘要：二代测序相较于毛细管电泳技术(capillary electrophoresis, CE),以其体系中可容纳更多的基因座而在法医学实践中更具潜力和价值。MiSeq FGx^(TM)系统是专为法医学设计研发的一个测序平台,其配套试剂盒Forenseq DNA Signature Prep kit具有较高的灵敏度和准确度。本实验利用该试剂盒对41份家系样本进行测序,结果发现,58个STR基因座中有26个基因座出现了等位基因亚型,等位基因总数目增加了79个;与CE一致性上,有1份样本在DYS392基因座出现缺失,推测应与试剂盒引物扩增效率有关,另外还有8份样本在DXS7132基因座出现与CE不一致的情况,通过Sanger测序以及使用其他软件分析后,排除扩增失败,确认是生物信息分析问题。实验证明,二代测序相比于毛细管电泳技术有很多优势,不过目前在数据分析方面还存在一些问题,需要不断优化完善所涉及的生物信息分析方法。随着未来相关技术与标准的不断完善,二代测序会逐渐应用于法医学实践中。

摘要：目的:探索 SPRY 基因家族中的单核苷酸多态性及亲源效应与中国人群非综合征型唇腭裂发病风险的关联。方法:研究基于病例-双亲设计,以2016—2018年于北京大学口腔医院募集的 183个中国人群非综合征型唇裂合并或不合并腭裂(non-syndromic cleft lip with or without cleft palate,NSCL/P)核心家系(549人)为研究对象。利用其二代测序数据中的 SPRY 基因家族相关信息,展开单核苷酸多态性和亲源效应分析。该测序研究采用二阶段设计,第一阶段对24个家系进行全外显子组测序探索潜在阳性信号,第二阶段在159个家系的独立样本中对第一阶段结果进行验证。采用问卷调查收集NSCL/P患者及其父母的基本情况、患病情况、临床特征及孕期环境暴露等信息。收集患儿及其父母的血液并提取DNA进行基因检测以获取遗传信息。单核苷酸多态性分析采用传递不平衡检验,亲源效应分析采用 Z 检验,统计分析使用PLINK(v1.07)软件完成。第一阶段的多位点分析采用以家系为基础的序列核心关联检验方法,由R软件(v3.5.1)famSKAT-RC包完成。采用Bonferroni法对验证结果进行多重检验校正。结果:经过质量控制,第一阶段共有22个 SPRY 基因家族的位点纳入分析,结合位点的注释、功能预测结果及统计检验结果,纳入rs1298215244 ( SPRY1 )和rs504122 ( SPRY2 )两个位点进入二阶段验证。二阶段传递不平衡检验发现,rs1298215244: T>C、rs504122: G>C两种常见变异以及rs504122: G>T罕见变异与NSCL/P的关联达到Bonferroni多重检验校正后的显著性水平,位于 SPRY1 的rs1298215244: T>C其亲源效应矫正前具有统计学意义,但未能通过多重检验校正。结论:发现 SPRY 基因家族中的单核苷酸多态性与中国人群NSCL/P的发病风险存在关联,但未发现 SPRY 基因家族具有亲源效应。

摘要：在鱼类分子系统学的研究中,常常会碰到样本难以采集而博物馆中保存的大量标本又因经过福尔马林处理而无法利用的难题,比如:鲟形目鱼类。为了研究鲟鱼的系统分类,获取福尔马林固定标本的线粒体基因组,我们将匙吻鲟(Polyodon spathula)样本用福尔马林进行不同时间的固定(1 h、1 d、3 d、10 d、30 d和150d),采用提取古DNA的方法获得样本的DNA,以新鲜匙吻鲟线粒体基因组设计诱饵(Baits),通过靶基因富集"钓取"固定样本中的线粒体基因组序列,进行Illumina测序,获得线粒体基因组序列。结果表明处理1 h、1 d、10 d、30 d、150 d的匙吻鲟样本测得的线粒体基因组序列长度均为16 524 bp,覆盖率为100%,目标序列占总数据的比率均大于45%,错误率均为0。另外,采用Q-ratio方法检测固定时间对DNA片段化的影响:前端引物保持不变,设计4种右端引物分别进行PCR扩增,目标片段长度分别为41、129、305和650 bp。结果前3组引物在各样本DNA中均扩增成功,650 bp片段引物仅在固定1 h的样本DNA中扩增成功;固定时间越长,各组引物所得到的Q-ratio值(不同长度扩增片段和41 bp扩增片段的比值)越低,DNA片段化程度越大。此研究结果可为提取福尔马林固定标本DNA用于分子遗传学研究提供参考。

摘要：目的明确1个主要表现为下肢痉挛性截瘫的X-连锁肾上腺脑白质营养不良家系的基因诊断,为临床诊断提供早期依据.方法从患者及其母亲的外周血白细胞中提取基因组DNA;应用二代测序技术设计一个包含表型为痉挛性截瘫疾病的检测包,首先对先证者进行分析,寻找可疑基因变异,再通过PCR及直接测序分析患者及其父母相应的基因组片段,进一步确认发现的基因变异.结果先证者(男性)及其母亲均有行走困难的临床主诉.二代测序结果发现先证者在位于X染色体的ABCD1基因(转录本编号:NM_000033)存在c.623T>A(p.V208E)变异,直接测序证实其母亲也携带该位点的同一杂合变异.结论对于临床上病因不明的单纯性痉挛性截瘫,需要考虑鉴别X-连锁肾上腺脑白质营养不良.