摘要：目的建立快速检测人副流感病毒的多重PCR方法。方法通过查阅文献获取副流感病毒的PCR引物序列,并利用分子生物学软件对其进行评估,同时设计合成半巢式PCR引物。提取分离病毒的总RNA,以RNA抽提物为模板,一步法一次反转录扩增HPIV-1,2,3,4等4种型别的副流感病毒。以多重RT-PCR产物作为模板,用半巢式PCR进一步扩增确认。结果利用多重RT-PCR方法一次扩增出人副流感病毒的4个不同型别,条带大小分别是317、507、189和451bp,与目的片段大小一致;半巢式PCR扩增出相应的特异条带,条带大小分别是261、340、145和390bp,扩增结果与目的片段大小一致。结论人副流感病毒多重RT-PCR快速检测方法已初步建立。

摘要：目的探讨广州地区副流感病毒的基因组结构和基因型。方法参照GenBank副流感病毒(U51116)全基因组序列设计11对引物,覆盖副流感病毒基因组的全长。以副流感病毒cDNA为模板分段扩增病毒基因组的全长,各片段克隆到T载体上,并进行序列测定和分析。结果人副流感病毒ZYMgz01株全基因组核酸序列为15462bp,提交到GenBank的序列号为EU326526,与3型副流感病毒保守基因同源性为94.0%,具有3型副流感病毒的结构特征。基因组序列同源性比较结果显示,ZHYMgz01株病毒与兰州的LZ22(FJ455842)病毒株的同源性最高,为99.1%;与美国突变病毒株(U51116)同源性为95.1%;与美国病毒株(Z11575)同源性为95.2%;与日本(ABO12132)病毒株的同源性为94.8%,而与加拿大(EU424062)病毒株的同源性为94.8%。系统进化树显示ZHYMgz01病毒株与兰州的LZ22病毒株同属一个进化分支。结论广州地区儿童呼吸道感染的副流感病毒ZHYMgz01全基因组为15462bp,与3型副流感病毒的同源性最高,确定ZHYMgz01是3型副流感病毒。3型副流感病毒系统进化可能与地域差异有一定的关系。

摘要：目的建立一种基于反转录重组酶介导的等温扩增(reverse transcription recombinase-aid amplification,RT-RAA)联合CRISPR/Cas12a反应的人副流感病毒(human parainfluenza virus,HPIV)核酸检测方法。方法根据HPIV核衣壳蛋白(nucleocapsid protein,N)基因保守区序列,设计RT-RAA所需型特异性引物及crRNA(CRISPR RNA,crRNA),应用Cas12a切割荧光标记探针产生的荧光强度筛选高敏感性HPIV1-4型特异性crRNA并优化crRNA、Cas12a和探针浓度。利用体外转录RNA及临床样本,评价RT-RAA联合CRISPR/Cas12a检测方法的检测下限及特异性。结果从设计的crRNA中筛选出高敏感性的HPIV1-4型特异性crRNA,并建立基于荧光强度测量的RT-RAA联合CRISPR/Cas12a的HPIV核酸检测方法,该方法对各型HPIV的检测下限均可达到10拷贝/反应。采用该方法检测8种其他呼吸道病毒感染的临床样本,均未显示有交叉反应。结论建立的HPIV 1-4型荧光法CRISPR核酸检测方法快速、特异,且可无需专业核酸检测设备。

摘要：目的建立可同时鉴别人副流感病毒1型(human parainfluenza virus type 1,HPIV1)、2型(HPIV2)、3型(HPIV3)的多重荧光定量RT-PCR方法,并进行验证。方法通过数据库下载HPIV1、HPIV2和HPIV3全基因组序列进行比对分析,选择保守区域,针对这3种病毒分别设计特异性引物及探针,以人核糖核酸酶P(RNase P)为内质控,建立多重荧光定量RT-PCR检测方法,并对方法的灵敏度、特异性和精密度进行验证。采用建立的方法对192份临床样本进行检测。结果经优化后,确定多重荧光定量RT-PCR反应体系为30μL,其中10×NeoscriptRTase/UNG Multi mix 3μL,5×Neoscript RT Premix Multi Buffer 6μL,HPIV1、HPIV2、HPIV3(100μmol/L)上下游引物各0.1μL,HPIV1、HPIV2、HPIV3探针(100μmol/L)各0.05μL,RNase P上下游引物(50μmol/L)各0.06μL,RNase P探针(50μmol/L)各0.03μL,模板15μL,ddH2O补至30μL。反应条件:50℃20 min,95℃3 min;95℃15 s,54℃30 s,共45个循环,每个循环退火时收集荧光信号。建立的多重荧光定量RT-PCR方法对HPIV1、HPIV2和HPIV3的最低检测限均达到500 copies/mL;与甲型流感病毒、乙型流感病毒、呼吸道合胞病毒、新型冠状病毒无交叉反应;3种不同浓度的重组质粒标准品混合物组内和组间变异系数(CV)均小于3%。192份临床样本中,HPIV1、HPIV2和HPIV3均检测出,阳性率分别为7.81%、0.05%和3.1%。结论本研究建立的HPIV1、HPIV2和HPIV3多重荧光定量RT-PCR检测方法具有良好的灵敏度、特异性和精密度,在HPIV的快速诊断和鉴别领域具有较高的临床应用前景。