摘要：借鉴互联网中已经克隆到的Activin基因 βA 亚基成熟肽序列 ,设计并合成 1对兼并引物 ,利用PCR技术从大熊猫、小熊猫、马来熊的基因组DNA中直接扩增目的基因片段 ,并分别克隆到大肠杆菌载体pBlueScript+ 当中 ,然后对培养产物进行序列测定。DNA序列分析表明 ,三种物种的Activin基因 βA 亚基成熟肽序列长度均为 35 9bp ,无内含子。基因片段编码一个含有 119个氨基酸残基的肽段。大熊猫、小熊猫、马来熊在该成熟肽核苷酸和氨基酸序列上表现出高度的同源性 ,其中核苷酸同源性为 93.9% ,氨基酸同源性高达 99%以上。此外 ,3种动物的核酸限制性酶切图谱也高度相似。与GenBank中收录的其他物种Activin基因 βA 亚基成熟肽序列相比较 ,显示此片段在处于不同进化程度的物种之间仍具有高度保守性。运用系统发育与进化树软件包PHILIP ,并结合克隆序列对大熊猫、小熊猫、马来熊进化与分类地位进行了探讨。采用不同的统计学分析方法 ,所得到的 3个物种系统发育进化树的拓扑结构完全一致。相比较而言 ,大熊猫与马来熊有着较近的亲缘关系 ,而小熊猫与上述两个物种的亲缘关系相对疏远。结果支持将大熊猫与马来熊归为熊科、而将小熊猫单列成科的学术观点。这是首次以生殖相关的核基因作为研究对象 。

摘要：本研究旨在对香港牡蛎Foxl2基因进行克隆、序列分析及建立其在香港牡蛎组织中的表达模式谱。以GenBank数据库中已上传的太平洋牡蛎Foxl2基因序列为模板,设计特异性引物扩增获得香港牡蛎Foxl2基因;应用生物信息学方法,系统分析和预测香港牡蛎Foxl2基因的遗传进化、蛋白质的理化性质和结构特征;并应用QRT-PCR技术对Foxl2在香港牡蛎组织中的表达进行了差异分析。结果表明:香港牡蛎Foxl2基因编码区全长1104 bp,共编码氨基酸367个。多重序列比较分析显示香港牡蛎Foxl2核苷酸序列相似性与太平洋牡蛎、美洲牡蛎、大珠母贝、栉孔扇贝、虾夷扇贝、皱纹盘鲍相应序列的相似性分别为97%、83%、71%、76%、75%、75%,系统进化树分析显示在不同物种以及进化的过程中Foxl2基因具有较高的保守性。Foxl2蛋白质信息学分析结果表明该蛋白呈碱性,N端无信号肽存在,位于胞核中,含有FH等结构。定量分析结果显示:Foxl2在香港牡蛎3种组织中有表达,其中表达量最高的是性腺,其次是唇瓣,鳃中相对表达量最低。本研究成功地克隆了香港牡蛎Foxl2基因,并研究了其在香港牡蛎8种组织中的表达变化规律,为今后阐明其在香港牡蛎性腺发育进程中的功能提供了理论依据。

摘要：试验旨在对沼泽型水牛ALK3基因进行克隆、生物信息学分析,并对其在水牛组织中的表达规律进行系统研究。根据GenBank中已公布的牛ALK3基因序列设计特异性引物,应用RT-PCR方法扩增、克隆获得目的基因片段;应用生物信息学方法分析和预测了水牛ALK3的遗传进化及蛋白质的理化性质、二级和三级结构;并应用QRT-PCR技术对ALK3基因在水牛组织中的表达进行了差异分析。结果表明,水牛ALK3基因编码区全长1 599bp,共编码532个氨基酸。多重序列比较分析显示,水牛ALK3核苷酸序列与牛、绵羊、猪、马、人和小鼠相应序列的同源性分别为98%、96%、95%、93%、94%和91%。系统进化树分析显示,ALK3基因在不同物种以及进化的过程中具有高度保守性。对ALK3蛋白质的分析表明该蛋白呈弱碱性,有信号肽,细胞亚定位于胞膜上,存在丝氨酸/苏氨酸激酶和GS等结构。定量分析结果显示,ALK3在水牛生殖脊、心脏、肝脏、颗粒细胞、肺脏、卵丘细胞、肾脏、下丘脑、垂体、大脑等15种组织或细胞中有不同程度的表达,其中卵巢中表达量最高,垂体、肺脏和睾丸次之,卵丘细胞表达量最低。本研究成功克隆了沼泽型水牛ALK3基因,并研究了其在不同水牛组织细胞中的表达规律,为阐明其在水牛繁殖过程中的功能及转基因载体构建中的应用研究奠定了理论基础。

摘要：为阐明广西沼泽型水牛Sohlh2基因在水牛不同组织中的表达规律,根据Gen Bank已公布的牛Sohlh2基因序列,设计其编码区(CDS)扩增引物,应用RT-PCR方法扩增克隆获得目的基因片段;应用生物信息学方法,系统分析了水牛Sohlh2的遗传进化以及蛋白质的理化性质、二级和三级结构;并应用RT-QPCR技术对Sohlh2基因在水牛组织(器官)的表达进行了分析。结果表明:水牛Sohlh2基因编码区全长1 281 bp,共编码426个氨基酸。多重序列比较分析结果显示水牛Sohlh2核苷酸序列与牛、绵羊、山羊、猪、马、人和小鼠相应序列的相似性分别为98%、96%、96%、85%、86%、81%和72%,系统进化树显示Sohlh2基因在不同物种以及进化的过程中具有高度保守性。Sohlh2蛋白质呈弱碱性,无信号肽,在细胞中亚定位于细胞核中,存在b HLH结构。水牛Sohlh2基因在水牛垂体、大脑、肝脏、骨骼、卵巢和睾丸等11个组织(器官)细胞中具有不同程度的表达,其中睾丸细胞中表达量最高,垂体和生殖脊细胞中表达量次之,卵丘细胞中表达量低,心脏、肺脏、肌肉细胞和颗粒细胞中不表达。

摘要：为了阐明水牛ALK5基因在水牛卵泡发生过程中的作用,了解其在水牛不同组织中的表达模式,试验采用了RT-PCR及QRT-PCR方法对ALK5基因进行了研究,参考已公布的Gen Bank中牛ALK5基因序列,设计特异性引物应用RT-PCR方法扩增克隆获得目的基因片段;应用生物信息学方法,系统分析和预测了水牛ALK5基因的遗传进化、蛋白质的理化性质、二级和三级结构,并应用QRT-PCR技术对ALK5基因在水牛组织的表达进行了差异分析。结果表明:水牛ALK5基因的编码区全长为1 512 bp,共编码503个氨基酸;水牛ALK5核苷酸序列与牛、绵羊、猪、人和小鼠相应序列的相似性分别为99%、97%、95%、93%和90%,结合系统进化树分析结果推测ALK5基因在不同物种以及进化的过程中具有高度保守性;该蛋白呈弱碱性,有信号肽,细胞亚定位于胞膜上,存在low complexity和GS结构,呈典型跨膜蛋白结构;水牛ALK5基因在肺脏、垂体、下丘脑组织中不表达,在水牛大脑、肝脏、骨骼、卵巢、肌肉和心脏等12个组织细胞中具有不同程度的表达,其中卵巢中表达量最高,心脏和肾脏次之,肌肉表达量最低。说明试验成功地克隆了沼泽型水牛ALK5基因,其具备典型的TGF-β受体家族结构,表达具有一定的组织特异性。

摘要：以大鼠、小鼠、金仓鼠(Mesocricetus auratus)的同源保守序列设计了黑线仓鼠(Cricetulus barabensis)黄体生成素受体基因(LHR)的引物,经PCR扩增得到了154 bp的目的产物,通过Blast证实该片段是黑线仓鼠的LHR序列.该段序列处于第11外显子的5’端,编码51个氨基酸,包含部分铰链区和第一个跨膜α螺旋(TM1)区.疏水性氨基酸所占比例相当高,其中缬氨酸、异亮氨酸各占9.80%,亮氨酸为19.61%,通过疏水性分析,TM1区具有典型的α螺旋特征.与大鼠、小鼠、金仓鼠等物种同源比对,核苷酸和氨基酸的同源性分别达到了83%-98%,82%-100%.α螺旋跨膜区的氨基酸同源性超过82%具有很强的保守性,但在26,41,44,48位点上仍然表现出种属之间的差异性.该研究用PCR的方法克隆出了黑线仓鼠LHR的部分序列,并对其进行了同源性分析,为今后黑线仓鼠种群繁殖机制、种群扩散模式等的研究奠定一定理论基础.

摘要：旨在对沼泽型水牛CYP19A1基因进行克隆、生物信息学分析及对其在水牛组织的表达规律进行系统的探索。根据GenBank已公布的牛CYP19A1基因序列,设计特异性引物应用RT-PCR方法扩增克隆获得目的基因片段;应用生物信息学方法,分析和预测了水牛CYP19A1的理化性质、蛋白质二级及三级结构;应用QRT-PCR技术对CYP19A1在水牛组织的表达进行了差异分析。测序结果表明:水牛CYP19A1基因的编码区全长1 512bp,共编码503个氨基酸。多重序列比较分析显示水牛CYP19A1核苷酸序列与牛、绵羊、猪、人、马相应序列相似性分别为99%、98%、91%、86%和84%,结合系统进化树分析结果推测,CYP19A1基因在不同物种以及进化的过程中具有高度保守性。定量分析结果显示:水牛CYP19A1在水牛垂体、大脑、肝脏、骨骼、卵巢、肌肉和心脏组织具有不同程度的表达,其中垂体和大脑表达量最高,骨骼和卵巢次之,肌肉表达最低。本研究成功地克隆了沼泽型水牛CYP19A1基因并研究了其在不同水牛组织中的表达规律,为阐明其在水牛性腺中参与的激素合成转化规律等研究奠定了理论基础。

摘要：参照GenBank中Purdue株全序列对5′和3′非编码区各设计一对特异性引物,经RT-PCR分别获得了2 957 bp和516 bp大小的片段,与预期结果大小相符。猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)TS株与Puedue株、TH-98和FS772/70株的5′UTR核苷酸序列同源性分别为99.4%,99.3%,99.0%,TGEV TS株的3′UTR与Miller、Purdue、Niigata、h-5株的核苷酸同源性均为100.0%,与Aomori和Ogawa的同源性为99.3%。对非编码区的二级结构进行分析发现其具有复杂的二级结构。

摘要：克隆代码稳定性与它在多版本演化过程中的变化模式相关,综合这些变化模式并构建自动分类模型,实现克隆代码稳定与易变的特征标注,便于开展克隆分类方面的研究。从克隆演变、克隆规模变化与克隆修改3个维度将克隆演化分为12种演化模式,通过版本间克隆的差异分析识别这12种模式,记录变化参数,使用克隆聚类特征模型计算每个克隆实例的特征向量,用聚类算法实现克隆稳定性分类。对两款软件进行实验分析,分析结果表明,基于该方法可以得到关于克隆稳定性的有效分类数据集。

摘要：脊椎动物中不同物种的β-actin基因氨基酸之间的序列同源性超过98%。根据GenBank中登录的大菱鲆β-actin基因mRNA部分序列,与川鲽该基因全编码区DNA序列比对,依据比对结果分别在大菱鲆β-actin基因相邻外显子上设计1对引物,分别以RNA反转录产物和DNA为模板通过PCR方法进行克隆分析。对不同退火温度和循环数条件下的该基因RT-PCR产物进行了对比。针对RNA提取过程中的经过DNase处理但很难除净的痕量DNA污染,在琼脂糖凝胶电泳中很难被检测到的问题,初步探讨了利用上述2种模板对该基因扩增片断大小的不同来检出痕量DNA污染的可行性。