摘要：目的　测定 2株TTV高度变异株全基因序列 ,对其基因结构、基因分型及分子流行病学分析。方法　从 2名感染TTV高度变异株的婴儿血清中抽提其DNA ,用longinvertedPCR扩增出全基因组并测定其序列 ,同时对测序结果进行分析。根据测定的序列设计引物 ,对人群中此类变异株的感染情况进行研究。结果　首次报道了TTV一个新基因群———第 5基因群 ;测定了该基因群中 2株变异株的全基因序列。该基因群在小于 30日龄、1～ 6月龄、7～ 12月龄的婴儿中检出率分别为 0、2 7.3%、39.5 %,献血员中检出率为 45 .8%。结论　虽然第 5基因群基因组核酸序列呈高度异质性 ,但其基本结构及功能与已报道的TTV各基因群十分相似 ;婴儿中该基因群的感染主要与环境因素有关。

摘要：目的分析2009年云南省脑炎患儿粪便标本分离的柯萨奇病毒B3型分离株A103／KM／09全基因序列，了解其遗传特性。方法设计针对柯萨奇病毒B3型引物，提取病毒RNA、RT-PCR扩增和产物直接测序获得全基因组序列，利用Geneious和Mega5．05软件进行核苷酸、氨基酸序列比对及其系统进化分析，应用RDP3和SimPlot3．5．1重组软件对序列进行重组分析。结果该分离株全基因组核苷酸序列长度为7389bp。其核苷酸和氨基酸序列与其原型株Nancy的同源性分别为81．0％和95．7％；与其他柯萨奇病毒B3型毒株的各区段核苷酸和氨基酸同源性分别为81．0％～88．0％和95．7％～98．0％；进化分析发现CVB3可分为5个分支（I～V），核苷酸之间的差异为16．2％-24．3％；中国分离株属V分支，又可分为A～D亚分支，核苷酸之间的差异为4．3％～11．4％。并发现A103／KM／09株基因序列在非结构区可能存在重组事件。结论柯萨奇病毒B3型分为5个基因型，云南分离株A103／KM／09属于V—D亚型，而中国分离株已经发生一定进化。

摘要：采自湖南地区的辣椒轻斑驳病毒Pepper mild mottle virus(PMMoV)样品经单斑分离后,根据已经报道的PMMoV序列基因保守区设计6对简并引物,采用片段重叠法和RACE方法扩增、克隆获得一个全长为6 356bp的湖南分离物(PMMoV-HN1,登录号:KP345899)全基因组序列,编码4个蛋白,分别为126kD蛋白(70~3 423nt)、183kD蛋白(70~4 908nt)、28kD蛋白(4 909~5 682nt)和17.5kD蛋白(5 685~6 158nt),5′-非编码区(5′-UTR)和3′-非编码区(3′-UTR)分别含有69和198个碱基,其中5′-UTR存在一个序列为m7G5′pppG的甲基化核苷酸帽子结构。一致性分析发现PMMoV-HN1与PMMoV其他分离物的核酸一致性为94%~99%,编码的氨基酸一致性为94%~99%。全基因组序列系统进化分析表明PMMoV-HN1分离物与中国首次报道的PMMoV-CN分离物亲缘关系最近。本研究是国内报道的第二例PMMoV全基因组序列。

摘要：为了解广东省猪圆环病毒2型（PCV2）的流行、变异及进化情况,对2013年广东省多个猪场发生PCV2感染的病猪血清进行PCV2病毒分离,参考GanBank上已发表的PCV2全基因序列,设计3对引物,用PCR方法扩增其全基因序列,测序并进行序列分析.结果分离到9株PCV2毒株,全基因序列长度都为1 767 bp.同源性分析表明,9株PCV2分离株核苷酸同源性为93.6％～99.4％,与2012年分离株同源性为94.5％～99.7％,与2011年分离株同源性为94.2％～99.7％,与GenBank中其他PCV2分离株的同源性为93.2％～99.7％.9株PCV2的ORF2核苷酸及其推导的氨基酸序列同源性分别为89.0％～99.9％和86.4％～ 100％,存在一定的变异.基因型分析表明,有5株属于PCV2d,3株属于PCV2b,1株属于PCV2a.对2011-2013年分离的PCV2基因组特征进行分析,发现PCV2核苷酸序列比较稳定,与世界其他分离株也具有较高的同源性.

摘要：利用大体病理剖检、病理组织学观察、病原分离、PCR检测等方法对长春郊区一例猪圆环病毒病进行了病理学和病原学诊断,证实造成病猪死亡的原因为猪圆环病毒2型(porcine circovirus2,PCV2)感染所致,并将该分离毒株命名为PCV2-JL/China/2015。参照Genbank已公布的PCV2基因序列,设计合成一对用于PCV2全基因序列扩增的特异性引物,成功获得PCV2-JL/China/2015毒株的全基因序列。序列测定结果显示,PCV2-JL/China/2015毒株基因组全长为1 767 bp;遗传进化树分析结果显示,该分离株与我国湖南长沙病毒株FJ594471-1C01分离株亲缘关系较近,处于同一进化分支上。

摘要：利用Small RNA测序技术对采自湖南的甘薯杆状病毒进行鉴定,获得与SPBV-B序列具有相似性的contigs 161个。首先设计小片段引物,PCR扩增分离出706 bp的目的片段,与SPBV-B(FJ560944)相似性为78%。分段设计引物,进行基因全序列PCR扩增。引物组合SPBV-BF1/R1、SPBV-BF2/R4和SPBV-BF5/R5分别扩增出3150、2900和3500 bp目的条带。序列拼接获得2个SPBV-B基因组全序列,大小分别为7894 bp(MK052980)和7981 bp(MK052981),包含完整编码阅读框。进化分析表明MK052980和MK052981与SPPV聚为同一分支,与SPPV相似性分别为81%和83%,与SPBV-B相似性分别为86%和94%。MK052980和MK052981具有89.5%的相似性。经编码阅读框氨基酸序列比对,MK052980序列的ORF3a氨基酸序列存在变异。这是国内首次报道SPBV-B全基因序列。

摘要：目的：对2009年从中国云南省1名脑炎患儿粪便标本中分离到的Echo30云南分离株KM／A363／09进行全基因组测序和分析，了解该株病毒的遗传特性。方法设计针对Echo30引物，提取病毒RNA、RT-PCR扩增和产物直接测序获得全基因组序列，利用Geneious和Mega5．1软件进行核苷酸、氨基酸序列比对及其系统进化分析，应用RDP3和SimPlot3．5．1重组软件对序列进行重组分析。结果该分离株全基因组核苷酸序列长度为7425 bp，编码2194个氨基酸。其核苷酸和氨基酸序列与其原型株Bastianni的同源性分别为81．2％和95．8％；与其他Echo30型毒株的各区段核苷酸和氨基酸同源性分别为81．2％～88．6％和95．8％～97．8％；进化分析发现KM／A363／09毒株属于中国Echo30分支中的一支。而且发现KM／A363／09株基因序列在非结构区可能存在重组事件。结论云南分离株KM／A363／09属于中国Echo30分支中的一支，而中国分离株已经发生一定的进化。

摘要：参照内源性绵羊肺腺瘤病毒株enJSRV-20全基因组序列设计合成3对引物,应用PCR技术扩增内源性绵羊肺腺瘤病毒基因片段分别连接pMD-18T载体并测序,完成了内源性绵羊反转录病毒基因组序列测定。分析结果显示,测定序列全长7 519bp,与内源性绵羊肺腺瘤病毒代表株enJSRV-20核苷酸同源性为99.4%,与外源性绵羊肺腺瘤病毒代表株AF357971.1的核苷酸同源性为90.4%。基于全基因组序列核苷酸的系统进化发生树分析结果显示,扩增序列与enJSRV-20的亲缘关系最近。

摘要：为了克隆内源性绵羊肺腺瘤病毒（en JSRV）全基因组序列,针对env基因分析其结构并构建原核表达质粒,并诱导囊膜蛋白表达。根据Gen Bank中提供的en JSRV DNA序列（AF152615）设计引物,采用PCR方法进行序列扩增并克隆,并对克隆结果进行测序和生物信息学分析。然后将添加了Bam HⅠ和HindⅢ酶切位点的env基因片段克隆至p ET-32a载体构建表达质粒,并将质粒转化至大肠杆菌（***）BL21（DE3）中诱导囊膜蛋白表达,最后利用SDS-PAGE电泳及Western-blot检测、鉴定囊膜蛋白。结果显示,en JSRV序列长7 382 bp,其中env基因片段长1 836 bp,en JSRV与en JSRV-23的同源性为97.3%。PSORTⅡ及DNAStar等软件预测分析en JSRV囊膜蛋白主要定位于细胞质、线粒体内膜等位置,且存在多个抗原表位。在37℃条件下,0.5 mmol/L IPTG诱导转入p ET32-Env的*** BL21（DE3）,8 h后可获得分子质量约为89 ku的以包涵体形式存在的囊膜蛋白。本试验测定了en JSRV全基因序列,并成功构建了表达囊膜蛋白的p ET32a-Env载体,为今后制备en JSRV-Env抗体奠定了试验基础,同时为囊膜蛋白生物学功能的深入探讨提供了理论参考。

摘要：根据Gen Bank中猪圆环病毒2型(PCV 2)基因序列,设计特异性引物,用PCR方法从福州郊区某猪场疑似PMWS仔猪病料处理后接种育传三代的PK-15细胞中扩增1个分离毒株的全基因组,并将其克隆到p MD-18T载体上,对鉴定为阳性的重组质粒送检测序。对该分离株的基因全序列及其开放阅读框2(ORF2)进行同源性分析及遗传进化关系分析。PCR鉴定结果显示,本试验中分离到的病毒属于PCV2,命名为PCV2-FZ株。全基因组序列分析显示,分离株全基因组大小为1 767 bp,含有11个开放性阅读框,其中ORF2大小为705 bp,共编码234个氨基酸。PCV2-FZ株与参考毒株基因全序列的核苷酸同源性为94.3%~99.4%,与SD毒株同源性最高,为99.4%;与DK1980PMWSfree和DK1990PMWSfree毒株同源性最低,为94.3%。分离株与参考毒株ORF2核苷酸同源性为89.2%~99.4%,其中与SD毒株同源性最高,为99.4%,与DK1980PMWSfree毒株和DK1987PMWSfree毒株同源性最低,均为89.2%。全基因组与ORF2序列遗传进化树分析均表明,PCV2-FZ株属于PCV2d基因型。本研究从福建省首次分离并鉴定了1株PCV2d型毒株,这对PCV2流行病学研究和遗传变异分析具有重要意义。