摘要：【目的】通过对青钱柳全基因组序列分析,开发基因组SSR分子标记;尝试构建19个青钱柳优良药用无性系的DNA分子身份证,为后续种质资源评价、遗传多样性和种质鉴定提供技术支撑。【方法】利用MISA(microsatellite identification tool)软件对青钱柳全基因组进行SSR位点搜寻、筛选、识别及富集分析,采用Primer 3.0进行SSR引物设计;用重复性和稳定性高的SSR标记构建青钱柳无性系的识别系统。【结果】(1)从全基因组中共检测出89741个SSR位点,SSR位点的发生频率为62.07%。(2)基因组SSR位点中单核苷酸重复单元比例最高,占总SSR位点的62.67%;六核苷酸重复单元比例最低,占0.15%;SSR位点的重复基序大多以(A/T)n为主。(3)单核苷酸和二核苷酸重复类型的SSR位点基序重复次数集中在6~16次;随重复次数增加,各SSR位点重复类型出现频率均呈下降趋势。(4)基因组SSR序列长度介于10~476 bp,不同类型重复单元的SSR序列长度存在变异性;随着重复次数的增加,SSR序列出现的频率整体呈下降趋势。(5)利用Primer 3.0成功设计出78285对SSR引物;合成的377对中有75对引物可扩增出多态性条带;用5对单碱基重复的多态性SSR引物分析19个药用无性系,构建出无性系的二维码DNA分子身份证。【结论】青钱柳基因组SSR位点出现频率高,位点种类丰富,可为种质资源评价及指纹图谱的构建提供丰富的候选分子标记。

摘要：小反刍兽疫病毒属于副黏病毒科麻疹病毒属成员。本研究对我国首次分离的小反刍兽疫病毒株China/Ti-bet/07进行了全基因组序列测定及分子生物学特征分析。根据GenBank公布的小反刍兽疫病毒基因组序列设计引物通过RT-PCR扩增病毒基因组内部序列,通过3′和5′-RACE获得病毒基因组末端序列。序列测定与分析的结果表明,China/Tib/07株全长15948bp,预测编码6种结构蛋白和2种非结构蛋白,与已发表小反刍兽疫病毒基因组的长度和结构相似;在系统进化上与西南亚流行毒株有很高的同源性(91.6%～98.1%);与麻疹病毒属的其它成员相比,与牛瘟病毒的同源性最高(64.3%)。

摘要：全基因组关联研究（genome－wide association ***）是目前复杂性疾病遗传易感性研究最有效的研究设计，其通过高通量的基因分型平台，在基因组范围内根据连锁不平衡（linkage disequilibrium，LD）原理同时选择几十万甚至上百万个标签位点（tagging SNP，tSNP）进行检测，这种设计的特点是没有预设的研究假设（hypothesisfree），对基因组常见变异覆盖率较高，要求病例-对照研究样本量较大（1000对以上），并辅以多个独立的研究进行后期的验证。

摘要：生物源活性氧(reactive oxygen species,ROS)是环境ROS的重要来源,在生物元素地球化学循环中发挥着重要作用.但目前关于产ROS微生物的生物学信息尚不完善,影响微生物ROS产生的因素也未知.为此从近海沉积物中分离得到一株产胞外ROS的假交替单胞菌GCY(Pseudoalteromonas ***),利用全基因组测序表征了其潜在生物学功能.结果表明菌株GCY基因组大小为5.47 Mb,GC含量为43.39%,与胞外ROS产生相关的基因包括lodA、lodB和nqrA-F等.此外,氨基酸和Na+被证实影响胞外ROS的产生.进一步通过比较基因组分析,推测具备产胞外ROS能力的微生物在环境中广泛存在.综上,提供了产胞外ROS微生物全基因组分析报告,在分子水平上加深了对生物源ROS产生的理解,为开发利用各种环境中生物源ROS及认知生物源ROS的环境意义提供了重要视角.

摘要：烟草覆瓦式（Tiling）基因芯片设计理念中一个重要的考虑，就是针对绒毛状烟草和林烟草之间高度同源性基因（18418对），依据Allele—Specjfic Gene Exoression设计策略，专门针对高度同源基因对之间差异位点（SNP、UnDel等）进行探针设计，

摘要：目的分析柯萨奇病毒A组16型（CA16）昆明分离株KMM08全基因序列，了解其遗传特性。方法设计针对CA16引物，提取病毒RNA，RT-PCR扩增和产物直接测序获得序列。利用Mega4．1，RDP3和SimPlot3．5．1等软件分析全基因序列。结果获得KMM08全基因组核苷酸序列长度为7409bp，编码含2193个氨基酸残基的多聚蛋白；与其他CA16参考株核苷酸和氨基酸同源性分别为79．0％～98．2％和94．5％～99．3％，其中SZ—HK08-3与国际标准株G10核苷酸和氨基酸同源性分别79．1％和94．8％；而与肠道病毒71型（EV71）标准株BrCr同源性分别为78．7％和89．0％。在各个区段上，KMM08与***08—3的核苷酸和氨基酸同源性分别为97．0％～99．0％和98．0％-100．0％，同源性最高；与G10的核苷酸和氨基酸同源性分别为74．2％～86．9％和90．9％～97．0％；与Ev71BrCr核苷酸和氨基酸同源性分别在65．0％～84．9％和71．0％。95．2％。进化分析发现KMM08属于B基因型的一个分支。RDP3和SimPlot3．5．1软件分析发现Tainan．5079—98序列发现重组信号，而KMM08未发现。结论KMM08分离株为B基因型；CA16与EV71在非结构区发生重组。

摘要：目的分析柯萨奇病毒B3（CVB3）KM06／2009全基因序列，并对其分子变异、进化特点和毒力特征进行分析。方法设计针对CVB3引物，提取病毒RNA，RT-PCR扩增和产物直接测序获得序列。利用Mega4．1、RDP3和SimPlot3．5．1等软件分析全基因序列。结果CVB3KM06／2009病毒株全基因组全长7401bp个核苷酸（nt），5’端和3’端分别为743nt和100nt的非编码区，5’和3’非编码区间为一个6558nt长的开放读码框，编码一个含2185个氨基酸的多聚蛋白，编码区内未见核苷酸的插入或缺失。与GenBank库中CVB3Nancy原型株比较，其全基因组序列核苷酸同源性为81．4％，氨基酸同源性为95．7％；与无心肌毒力的临床分离株CVB3GA比较，其全基因组序列核苷酸同源性为80．7％，氨基酸同源性为96．4％；与历史同期国内临床分离株Beijing0811、SSM、GZ0803株比较，整个基因组的核苷酸同源性分别为98．1％、89．7％和88．4％，氨基酸同源性分别为99．4％、98．1％和98．1％。基于全基因组和全长VP1核酸序列的进化树图均显示，CVB3病毒株具有明显的时空聚簇分布特征。CVB3心肌毒力相关区域5’非编码区颈环结构1／RNA二级折叠结构分析结果表明，CVB3KM06／2009病毒株具有明显的心肌毒力倾向。结论基于基因分子生物信息学分析，与CVB3临床分离株比较，KM06／2009病毒株具有明显的心肌毒力倾向。

摘要：根据茉莉花(Jasminum sambac)全基因组序列进行SSR分子标记开发,分析其SSR位点的组成及特征,并开展40份素馨属(Jasminum)种质的遗传多样性分析及41份茉莉花开放授粉系的亲缘关系鉴定。利用MISA软件对单、双瓣茉莉花全基因组进行SSR位点检索,共检测到140803个,重复基元中共有5种重复类型,以二核苷酸和三核苷酸的重复次数最多,分别为87785次和46735次,占SSR总位点数的62.35%和33.19%。挑选单、双瓣茉莉花共有且存在变异的SSR位点,根据单瓣茉莉花的参考基因组,采用Primer v3.0软件成功设计出1847对SSR引物,随机挑选出均匀分布的240对引物,以8个遗传背景差异较大的茉莉花种质混合DNA为模板对其进行扩增,最终确定了14对多态性SSR标记。利用开发的14对SSR标记对40份茉莉花种质进行检测,共发现169个等位基因,平均等位基因数(Na)、有效等位基因(Ne)、Shannon’s信息指数(I)、观察杂合度(Ho)和期望杂合度(He)分别为12.1、4.067、1.772、0.505和0.725,多态性信息含量(PIC)介于0.378~0.817之间,均值为0.702。通过UPGMA聚类,在Nei’s遗传距离0.82处将40份茉莉花种质划分为3大类群;在遗传距离0.66处,茉莉花和毛茉莉(***)聚为一类。群体结构分析表明40份茉莉花种质可分为3个类群,群体间存在部分种质混杂。利用开发的SSR标记对41份开放授粉系及14份候选父本进行检测,共发现103个等位基因,平均Na、Ne、I、Ho和He分别为7.4、2.446、1.061、0.366和0.522,PIC介于0.159~0.744之间,均值为0.477,有6对引物为高度多态位点;在Nei’s遗传距离0.82处将55份供试材料划分为3大类群,供试茉莉花母本及其开放授粉系全部聚为一类,在遗传距离0.28处2个茉莉花母本分别与其开放授粉系聚在一起。利用Cervus v3.07软件分析SSR位点在开放授粉系和已知母本及候选父本的遗传多样性参数,位点累积排除概率随位点数增加而增大,对于单亲已知类非父本排除概率(NE-2P),14个位点的累积排除概率高达0.9962;当候选父本、三联体置信度均在95%时,41份开放授粉系中有30份鉴定出父本,其似然对数比值(LOD)均为正值,其中判定为自交子代的有26个,占86.67%,判定为杂交子代的有4个,占13.33%,杂交子代的父本均为泰国双瓣茉莉。

摘要：目的　克隆、鉴定自河南省分离的HIV 1B Thai亚型流行株并进行系统发育分析。方法收集河南省 1份HIV 1感染者全血后分离的淋巴细胞 ,在植物血凝素存在下与健康献血员淋巴细胞共培养 ,从培养的淋巴细胞中提取前病毒DNA。在HIV 1基因的长末端重复序列的保守区设计引物 ,利用LATag长链扩增系统扩增HIV 1全长基因 ,纯化的PCR产物与pWSK2 9 T载体连接 ,成功克隆CNHN 2 4株。对鉴定的 3个克隆进行全长测序 ,利用局部同源法计算同源率 ,同时采用Phylip软件绘制HIV 1Env、Gag和Pol基因的进化树。结果　V3V4环序列分析表明 :本次克隆的CNHN 2 4株病毒为HIV 1B Thai亚型 ,V3环区氨基酸序列比对发现在 9个位点发生氨基酸替换。在含有 90 10bp ,全长HIV 1基因的CNHN 2 4株克隆中未发现明显的缺失、插入和重排现象 ,Gag、Pol、Vpr和Vif基因与RL 4 2株的同源率达到 95 4 2 %～ 97 0 8% ,进化分析显示 ,CNHN 2 4株与RL 4 2株的遗传距离最近。结论　HIV 1CNHN 2 4株为国内实验室完成的HIV 1全长基因克隆 ,为进一步研究HIV 1流行特征提供了基础。

摘要：目的对人埃可病毒20型（EcH020）KM／EV20／2010分离株全基因组进行序列测定，并分析其分子变异和进化特点。方法设计针对KM／EV20／2010引物，提取病毒RNA，RT-PCR扩增和序列测定获得全基因序列。利用Mega4．1、RDP3和SimPlot3．5．1软件分析全基因序列。结果KM／EV20／2010病毒株基因组全长7395bp个核苷酸（nt），5’端和3’端分别为744nt和96nt的非编码区，5’和3’非编码区间为一个6549rlt长的开放阅读框，编码一个含2183个氨基酸的多聚蛋白，编码区内未见核苷酸的插入或缺失。与GenBank中现有唯-1株ECH020JVl-1原型株全基因组序列相比对，核苷酸同源性为80．1％，氨基酸同源性为96．7％；构建基于全长VP1基因序列的进化树图并进行基因分型分析，ECH020可分为6个基因型，中国分离株分属Ⅲ和Ⅳ基因型，其中KM／EV20／2010属于基因型Ⅳ，且6个基因型之间核苷酸的差异为9．4％-21．7％。基于全基因组序列的种系进化分析提示KM／EV20／2010分离株与ECH020原型株JV-1遗传距离很远，未与原型株JV-1聚簇分布，而与ECH030病毒株遗传距离较近。分析发现KM／EV20／2010序列在非结构区可能存在重组。结论中国ECH020可分为6个基因型，KM／EV20／2010分离株属于Ⅳ基因型。