摘要：【目的】筛选核心单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点,建立基于KASP平台的桂花(Osmanthus fragrans)品种基因型快速检测方法,构建品种特异性分子身份证,为桂花品种鉴定、溯源、知识产权保护等提供理论基础。【方法】实地调查主流桂花栽培品种的重要表型特征。通过两轮严格筛选,从基因组SNP中保留一组能够完全鉴别测序品种的最优SNP标记,计算SNP位点的多态信息含量(PIC)、期望杂合度(He)等信息。以‘日香桂’(‘Rixianggui’)基因组为参考,设计桂花特异性KASP引物并进行批量扩增,根据基因分型结果建立品种指纹图谱,评估核心SNP标记的品种鉴别力。结合品种表型信息码和品种分子指纹码构建桂花品种资源的分子身份证。【结果】筛选出14个能够完全鉴别测序品种的核心SNP位点。各位点PIC值的变化范围为0.246~0.375,平均值为0.335;He的变化范围为0.288~0.500,平均值为0.431。针对核心位点设计的KASP引物基因分型准确。根据扩增结果构建DNA指纹图谱,可区分全部包括未测序品种在内的90个参试品种。对品种表型特征赋值,结合指纹码构建由34位数字组成的桂花品种资源分子身份证。【结论】确定了SNP1—SNP14共14个核心SNP位点,能够实现至少90个桂花品种的有效鉴别。结合品种群类型、表型特征和分子指纹码构建了90个桂花品种的唯一分子身份证,并生成对应的条形码和二维码。

摘要：目的:研究半夏种质间遗传多样性,解析种质间的亲缘关系,为半夏种质鉴定、品种选育及资源保护提供依据。方法:该研究以27份半夏作为实验材料,测定其株高、叶长、叶宽等7个表型性状,并基于半夏转录组数据开发设计简单重复序列(SSR)引物,对27份半夏进行聚合酶链式反应(PCR)扩增,利用POPGENE32、PowerMarker V3.25和NTSYS-PC 2.10e软件对半夏种质进行遗传多样性分析。结果:共筛选出10对具有高度多态性的引物(PIC>0.5),4对中度多态性的引物(0.25<PIC<0.5)。平均检出等位基因3.9286个,平均Nei's多样性指数(H)和Shannon's指数(I)分别为0.5578和1.0029,表现出较高的遗传多样性水平。聚类分析将半夏种质分为7个亚类,同一省份的半夏聚类在相同亚类。采用14对引物构建了27份半夏种质的SSR分子身份证,实现了对每个地区半夏的快速鉴别。结论:研究结果可为后续半夏的遗传多样性和居群结构研究奠定基础,并为半夏种质资源的鉴定、图谱构建和分子辅助育种提供科学依据。

摘要：以91份山楂种质资源为材料,使用SSR标记对其进行分子身份证构建,并进行遗传多样性分析。从山楂基因组数据库中开发并设计了96对引物,筛选出了12对多态性好的引物,利用SSR荧光标记毛细管电泳技术检测扩增条带的分子量,并分析参试样品的扩增带型。采用数字与字母组合的方式,依据12对引物的多态性信息含量由高到低排列引物扩增结果,生成各材料的指纹编码。基于非加权组平均法(unweighted pair-group method with arithmetic means,UPGMA)对91份山楂资源进行聚类分析。结果表明,12对SSR引物从91个山楂种质资源样品中共扩增到67个等位基因,其平均等位基因数、有效等位基因数、观测杂合度、期望杂合度分别为5.583、2.730、0.490、0.593,Shannon’s信息指数平均值为1.195,多态性信息含量介于0.300~0.715之间,平均为0.551。91份山楂资源的遗传相似系数范围为0.25~0.98,平均值为0.529,在遗传相似系数0.46处时可分为5大类群。根据引物的多态性信息含量高低选择引物组合,构建了山楂种质区分需要的最少引物组合。

摘要：为了开发芍药品种分子鉴定方法,本研究采用SSR标记技术,在目前芍药SSR引物开发较少的情况下,采用文献相关引物84对,并结合自行设计的27对引物,将6%非变性聚丙烯酰胺凝胶与四重荧光毛细管电泳技术相结合,从111对引物中筛选出29对扩增稳定、多态性高的核心引物;共检测到223个SSR等位位点,平均每对引物为7.69个,有效等位基因数（Ne）为3.658±0.328,Shannon多样性指数（I）为1.371±0.104,观测杂合度（Ho）为0.532±0.045,期望杂合度（He）为0.645±0.036,多态性信息含量PIC值介于0.20～0.84,平均0.60。基于最少引物鉴定最多种质的原则,按照PIC值由高到低顺序串联排序的方式,最终筛选出4对SSR引物（Pmg153、Knu73、Pmg209、J38）。结果表明：筛选出的4对SSR引物组合可以有效鉴定66个芍药品种;采用个位数字和大写英文字母结合对不同带型进行编码,成功绘制了66个中国传统芍药品种的分子身份证。本研究为芍药品种鉴定提供了一种快速、准确与高效的分子检测方法,也有助于中国传统芍药品种的遗传改良与芍药新品种保护。

摘要：【目的】利用SSR荧光标记构建45份山东地方梨种质资源的分子身份证。【方法】从SSR富集文库中开发并设计40对引物,从中筛选出10对多态性良好的引物,采用SSR荧光标记毛细管电泳技术检测扩增条带分子质量的方法对山东地方梨种质资源进行分析,获得相应的扩增条带。采用个位数字和小写英文字母对不同带型进行编码,按照10对引物扩增带型数由少到多顺序串联排序的方式构建供试样品的分子身份证。【结果】10对SSR引物共检测到111个SSR等位位点和189个带型,平均每对引物对品种扩增的等位位点11.1个,带型18.9个。采用个位数字和小写英文字母结合对不同带型进行编码,成功构建了45份山东地方梨种质资源的分子身份证,可以将材料完全区分开。【结论】构建了45份山东地方梨种质资源分子身份证,有利于山东地方梨种质资源的保护与利用。

摘要：山东自古为中国苹果的栽培中心,苹果属植物资源较为丰富,种间杂交类型较多,资源分类难度大,相关研究较为滞后。本研究选取山东省果树研究所苹果资源圃保存的41份资源为试材,利用SSR荧光标记构建分子身份证,旨在探索建立应用分子技术进行资源分类鉴定的技术体系。从SSR富集文库中开发并设计59对引物,从中筛选出10对多态性良好的引物,利用SSR荧光标记毛细管电泳检测扩增条带分子量的方法对41份山东省原产的苹果属资源进行分析,获得相应的等位基因。采用个位数字和小写英文字母对不同等位基因进行编码,按照10对引物从小到大串联排序的方式构建供试样品的分子身份证。试验结果表明:10对SSR引物共检测到139个SSR等位位点,244种基因型,平均每对引物对品种扩增等位位点13.9个,基因型24.4种。利用PopGen32软件计算引物的多态性信息含量,10对引物的平均多态性信息含量为0.85。基于10对SSR引物的扩增结果,采用个位数字和小写英文字母对不同等位基因进行编码,成功构建了41份山东苹果种质资源的分子身份证,为山东省苹果资源的鉴定工作提供了重要依据。

摘要：为开发菜豆高效新型分子标记,从分子水平解析菜豆重要种质的遗传多样性及亲缘关系,基于菜豆转录组数据,设计EST-SSR引物,建立EST-SSR标记系统.利用PCR筛选出多态性引物,结合毛细管电泳,分析81份菜豆种质的亲缘关系,并构建分子身份证.通过MISA软件,在菜豆转录组数据85276条非冗余序列中,共挖掘出11649个EST-SSR位点.菜豆转录组SSR标记主要重复单元为1~3个碱基,其中单碱基为主要类型,占总量的56.7%;其次是三碱基重复,占总量的21.1%.从128对EST-SSR引物中筛选出18对多态性高、重复性好的引物进行PCR扩增.供试种质的多态性信息量(PIC)为0.50~0.95,平均为0.88;遗传相似性系数为0.15~0.65,以0.35为阈值可将81份种质分为3大类,其中贵州种质主要分布于第Ⅰ,Ⅲ类,而省外品种仅分布在第Ⅱ类.利用核心引物TDc9和TDc66可以有效区分81份菜豆种质,并构建其分子身份证.研究开发的EST-SSR标记系统,可用于菜豆种质的鉴定及亲缘关系分析.

摘要：为构建山东省地方桃种质资源分子身份证,本研究以60份山东省地方桃品种、名优特品种、选育品种为材料,从桃种质的SSR富集文库中开发并设计30对引物,选出10对具有良好多态性的引物进行PCR扩增,采用SSR荧光标记毛细管电泳技术检测扩增条带分子质量的方法进行带型分析,采用阿拉伯数字1~9和小写英文字母对不同带型进行编码,无带编码为0,按照10对引物扩增带型数由少到多的顺序将编码串联,构建供试样品的分子身份证。结果表明,10对SSR引物共检测到58个SSR等位位点和116个带型,平均每对引物扩增的等位位点为5.8个,带型11.6个;多态性信息含量变幅为0.2044~0.7378,平均0.5699,说明引物的多态性较高,能够有效揭示60份桃种质的遗传多样性。通过对扩增带型的分析并编码,成功构建了60份桃种质的分子身份证。遗传聚类分析的结果与分子身份证结果一致。本研究结果可为山东省桃种质资源的保护和利用奠定基础,对于桃产业的发展具有重要意义。

摘要：以河北省主栽的17个平菇品种为材料,对构建平菇种质分子身份证的方法进行探讨研究。首先应用CO1对平菇物种进行鉴定,然后利用SSR Locator软件从Pleurotus ostreatus PC15 v2.0全基因组序列上查找SSRs位点并设计引物,采用筛选后的SSR引物对供试菌株进行扩增,然后根据引物对不同菌株扩增产生的带型进行编码、组合,构建SSR分子身份证。结果显示,17个平菇品种包括4株糙皮侧耳(***)、8株白黄侧耳(***)和5株肺形侧耳(***)。从48对SSR引物中筛选出9对引物,在17个平菇品种间共检测到53种带型,将不同带型赋值编码后组合成17个平菇品种的特异分子身份证。该研究表明CO1结合SSR标记技术可有效地用于平菇种质分子身份证的构建。

摘要：筛选适合红心杉种质资源鉴定的核心SSR标记并构建无性系分子身份证,为红心杉种质资源的鉴定提供参考。本研究利用19个SSR标记,对51个陈山红心杉种子园无性系进行遗传多样性分析和分子身份证构建。结果表明,19个SSR标记在供试51个陈山红心杉种子园无性系中共检测到72个等位基因,每个位点平均等位基因数(Na)3.8,其中平均有效等位基因数(Ne)1.88。多态信息含量(PIC)变化范围为0.038~0.657,平均0.363。UPGMA聚类分析显示51个陈山红心杉种子园无性系之间遗传相似度较高,在0.528~1.000,且部分无性系具有相同的遗传相似系数。通过对SSR标记扩增带型分析和编码,构建了51个陈山红心杉种子园无性系的分子身份证,结果与聚类分析相符。本研究结果可为今后杉木种质资源的收集保存及创新利用提供有效信息。