摘要：目的 应用生物信息学方法,分析新冠病毒奥密克戎阳性标本刺突蛋白(S)结构与功能,为抗病毒药物筛选和疫苗设计提供依据。方法 基于盐城市1例奥密克戎阳性标本S蛋白序列,采用生物信息学在线软件,预测分析S蛋白氨基酸组成、理化性质、糖基化修饰、二级结构和受体结合域等生物学特性。结果 该株奥密克戎阳性标本S蛋白为稳定的分泌性蛋白,存在跨膜螺旋区域、具有潜在的186个磷酸化位点、17个糖基化修饰位点和34个抗原细胞表位,蛋白质二级结构以无规则卷曲为主,发现4个有意义的保守结构域。结论 系统性分析奥密克戎毒株S蛋白结构与功能,有助于全面理解S蛋白生物信息学特征。

摘要：目的对新型冠状病毒刺突蛋白(spike,S)进行抗原性聚类与基因型聚簇的关联分析,为疫苗设计的方向提供参考。方法基于476条新型冠状病毒基因,分析S序列的氨基酸进化情况并构建系统发育树。在抗原抗体结合界面提取抗原表位并对序列进行三维空间结构模拟,将提取表位与模拟结构两两配对计算抗原性距离,构建抗原相似性聚类树。通过比较毒株对应的序列系统发育树和抗原相似性聚类树,评估新型冠状病毒进化与抗原性的关系。结果新型冠状病毒的系统发育树上不同谱系的毒株分别聚在相应的分支上,其中Alpha分支与Gamma分支相距最远,序列相似度最低;同时Omicron株的BA.1到BA.5分支聚在一起,呈现出高度的序列相似性,且与野生型毒株的距离较远。抗原性的聚类表明,Omicron株的5个谱系的抗原性聚集情况与序列聚类情况不一致,并未呈现出较为明显的抗原性聚类。结论新型冠状病毒S的抗原性聚类与序列聚类情况可能并不一致,而是更倾向于抗原表位的差异。疫苗设计中,考虑抗原性位点差异特征的设计思路将会比基于家族谱系的设计思路更为有效。

摘要：旨在研究AAV介导shRNA在体内、体外特异性抑制SARS-CoV-2 S基因的表达,为抑制SARS-CoV-2感染提供参考。设计了7条靶向SARS-CoV-2 S基因的shRNA,分别构建了shRNA1-7的质粒表达载体,与S基因表达载体共同转染体外培养细胞,通过qRT-PCR和Western blot分析其对S基因表达的抑制作用,筛选出抑制效率最高的shRNA1;构建包装表达shRNA1的重组腺相关病毒(rAAV)载体,将rAAV-shRNA1与S基因表达质粒共同转导293T细胞,S基因表达的抑制率为65.6%;两者通过滴鼻或肌肉注射方式共同转导小鼠,qRT-PCR检测其在体内对S基因表达的抑制率分别为36.8%和90.3%。

摘要：目的:构建SARS-CoV BJ01株病毒受体结合位点及七肽重复区的突变病毒,为深入探讨SARS-CoV的致病机制及设计抗病毒策略提供理论依据。方法:采取体外突变、分段克隆及拼接策略构建BJ01株突变病毒基因组全长cDNA,经体外转录获取突变病毒,观察突变病毒与原型病毒对细胞感染性的差异。结果:获得了S蛋白不同位点的突变病毒,受体结合位点的突变明显降低了BJ01株病毒对Vero E6细胞的感染性,突变病毒的蚀斑滴度比原型病毒降低3个数量级。结论:SARS-CoV BJ01株S蛋白的受体结合位点及七肽重复区与病毒的毒力及致病性密切相关。

摘要：美国辉瑞公司CEO艾伯乐博士(Albert Bourla)在接受彭博电视采访时表示,对于疫苗有效性可能存在下降问题,需要研制新的疫苗。且他表示"如果出现疫苗逃逸变种,预计能够在大约400天内,准确地说是95天内开发和生产针对该变种的特定疫苗,并提交审批。"对于奥密克戎变异株对口服药的影响,艾伯乐在采访中表示,他相信口服药对于新冠变体奥密克戎的有效性,不会受到新变异株的影响,因为"它的设计考虑了大多数突变都出现在病毒刺突蛋白的事实"。

摘要：目的通过构建严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)S1蛋白与通用型辅助性T淋巴细胞表位(pan HLA DR-binding epitope,PADRE)融合的DNA疫苗,探讨PADRE对S1蛋白DNA疫苗诱导抗体水平的影响。方法以pJW4303质粒为载体分别构建表达S1蛋白的重组质粒(pJW4303-S1)、表达S1和PADRE融合蛋白的重组质粒(pJW4303-S1-PADRE)。以人源密码子优化的SARS-CoV-2刺突蛋白基因为模板设计引物,PCR扩增获得基因片段,并将其克隆入真核表达载体pJW4303。对pJW4303-S1、pJW4303-S1-PADRE进行PCR扩增和酶切,产物通过琼脂糖凝胶电泳验证,并将重组质粒进行测序。构建正确的质粒转染293T细胞,Western blot验证蛋白体外表达情况。以C57BL/6小鼠为实验动物并分组,采用不同的免疫接种策略进行动物免疫,每次免疫间隔2周,免疫前采血,第6次免疫2周后处死小鼠并采血。通过ELISA检测不同免疫策略诱导的针对SARS-CoV-2 S蛋白受体结合域(receptor binding domain,RBD)的特异性抗体水平及其亲和力指数。结果PCR扩增和酶切产物的琼脂糖凝胶电泳结果及质粒测序结果表明质粒构建成功;Western blot结果表明这2个质粒可以在体外稳定表达S1蛋白、S1融合PADRE蛋白;ELISA结果显示,pJW4303-S1、pJW4303-S1-PADRE单次免疫均可以诱导产生明显的针对RBD的抗体水平(P0.05)。抗体亲和力检测结果显示,第6次免疫后不同免疫策略诱导的针对RBD的抗体亲和力指数差异也无统计学意义(P>0.05)。结论pJW4303-S1、pJW4303-S1-PADRE均具有较强的体液免疫原性,但PADRE不能进一步提高S1蛋白DNA疫苗的体液免疫原性。

摘要：由新型冠状病毒(SARS-CoV-2)引发的严重急性呼吸系统综合症到目前为止仍然是影响人类健康的重要问题,病毒突变体的不断出现给药物治疗以及疫苗设计带来了严重的挑战。因此,对于新冠病毒生命周期的分子机制及其突变逃逸机制的研究十分重要。包括分子动力学模拟在内的计算机模拟方法在病毒机制研究方面得到了广泛的应用,故对近年来模拟技术在SARS-CoV-2病毒研究方面的发展状况进行调查,特别探究了分子动力学模拟在刺突蛋白(S蛋白)及其突变体和ACE2以及中和抗体的结合中的应用。