摘要：以独行菜(Lepidium apetalum)为材料,通过分析独行菜转录组数据,设计特异性引物,克隆了独行菜肉桂酸-4-羟化酶(cinnamate-4-hydroxylase,C4H)基因的cDNA序列,命名为LaC4H,Gen Bank登录号为KX064050,并进行生物信息学分析,原核表达、纯化,组织特异性分析和诱导表达分析。结果表明:(1)LaC4H基因开放阅读框(ORF)长1 518 bp,编码505个氨基酸,其蛋白质分子质量为57.73 k D。(2)生物信息学分析显示La C4H蛋白包含细胞色素P450的保守基序和5个特征性底物结合位点,是细胞色素P450超家族成员,系统进化分析显示LaC4H蛋白与拟南芥等十字花科植物C4H蛋白同源性较高。(3)通过构建原核表达载体pET-32a-LaC4H在大肠杆菌BL21(DE3)菌株中成功表达LaC4H重组蛋白,利用Ni^(2+)亲和色谱得到了纯化的LaC4H重组蛋白。(4)荧光定量PCR结果表明LaC4H基因在茎中表达量最高,叶和花中次之,根中表达量最低。经茉莉酸甲酯(methyl jasmonate,MeJA)诱导后,叶中LaC4H表达量明显上升,诱导后48 h达到最高值,叶中LaC4H的表达量与黄酮含量之间呈正相关。这为进一步研究LaC4H基因在独行菜黄酮类化合物生物合成途径中的功能奠定基础。

摘要：目的获得粉尘螨(Dermatophagoides farinae)变应原Der f 8全长基因并构建其原核表达质粒。方法参考Gen Bank登录号为AY283295的Der f 8部分序列设计并合成引物。以粉尘螨总RNA为模板,RT-PCR扩增获得Der f 8部分片段。采用5′cDNA末端快速扩增技术(rapid amplification of cDNA ends,RACE)获得Der f 8全长序列,连接至pMD19-T载体,热转化至大肠埃希菌(Escherichia coli),挑取阳性菌落,抽提质粒后测序。根据Der f 8全长序列设计并合成引物,以粉尘螨总RNA为模板进行RT-PCR扩增,产物回收后连接pCold TF载体,热转化至***,涂板过夜培养后,挑取阳性菌落,抽提质粒后测序。将pCold TF-Der f 8质粒转化至*** BL21,异丙基-β-D-硫代半乳糖苷诱导表达,采用十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)分析表达产物。采用生物信息学软件预测Der f 8的理化特性、结构和功能,并构建系统进化树。结果以Der f 8部分序列设计的引物行RT-PCR扩增获得Der f 8部分片段,长度为600 bp;5′RACE获得Der f 8剩余序列,长度为300 bp;以全长基因序列设计的引物进行RT-PCR扩增获得了Der f 8基因CDS区,长度为696 bp,测序均正确。SDSPAGE结果显示,目的蛋白为可溶性表达,相对分子质量(M_r)为81 000,与预期大小一致。序列经生物信息学分析结果显示,Der f 8全长序列与参考序列(Gen Bank登录号为AY283295)同源性为98.49%,预测其编码的疏水性蛋白具有谷胱甘肽S转移酶活性,二级结构包括α-螺旋(45.45%)、延伸主链(11.26%)和无规卷曲(43.29%)。系统进化树结果显示,粉尘螨与户尘螨(Dermatophagoides pteronyssinus)聚成一簇。结论获得了Der f 8全长基因及其原核表达质粒。

摘要：锌指蛋白属于核转录因子家族,在原核生物与真核生物基因转录调控中发挥作用。分析了耐盐锌指蛋白Alfin 1基因在苜蓿与拟南芥中的保守性后,设计了一对引物。以胡杨水培叶片为材料,从总 RNA中通过 RT PCR分离得到一个锌指蛋白基因,其cDNA长924 bp。分析其氨基酸序列表明,存在一个典型的 Cys2/His2 锌指结构,从第556位开始有一个富含G的启动子结合位点GTGGGG。由于具有相同功能的转录因子在结构和 DNA结合区的氨基酸序列上具有保守性,因此,从结构分析上可以推测该基因与Alfin 1在功能上是有一定的相关性。

摘要：目的对阳春砂姜黄素生物合成途径的关键酶二酮辅酶A合成酶（diketideCoAsynthase，DCS）基因的编码cDNA序列进行克隆，为研究阳春砂姜黄素生物合成与基因调控奠定基础。方法结合阳春砂的转录组注释，根据编码区序列设计引物，通过PCR方法克隆阳春砂DCS基因的编码区cDNA。结果PCR扩增了一个长1170bp的基因片段，该片段编码由389个氨基酸组成的DCS。同源性比对结果显示基因编码蛋白与姜黄的DCS具有氨基酸一致性达96％，与水仙等植物的查耳酮合酶（chalconesynthase，CHS）氨基酸一致性达66％-69％。进化树分析结果显示，与姜黄CurcumaeLongae具有较近的亲缘关系。结论首次从阳春砂中克隆DCS基因获得其编码区序列，为分析基因表达特性及其在姜黄素生物合成中的功能奠定基础。

摘要：目的克隆胶质细胞M1、M3、M5受体亚型基因序列,比较胶质细胞和神经细胞M1、M3、M5受体亚型基因序列、蛋白质序列的差异。方法根据神经细胞M1、M3、M5受体基因序列全长设计特异性探针,采用RT-PCR方法扩增胶质细胞M1、M3、M5受体亚型基因序列,并对其进行克隆测序。结果测序得到胶质细胞M1、M3、M5受体亚型基因序列,与神经细胞比较,M1受体差异碱基4个,发生氨基酸改变的有1个;M3受体差异碱基有8个,发生氨基酸改变的位点有4个;M5受体差异碱基1个,发生氨基酸改变的有1个。结论胶质细胞与神经细胞M1、M3、M5受体亚型在基因和蛋白序列上具有明显差异。

摘要：目的克隆杭菊Chrysanthemum morifolium二氢黄酮醇还原酶(dihydroflavonol 4-reductase,DFR)基因,并研究其在花芽分化期及开花期不同时期的表达特征。方法根据已报道的菊花Chrysanthemum morifolium DFR基因序列设计引物,通过荧光定量PCR(RT-PCR)技术从杭菊头状花序中扩增出目的基因片段,连接、转化、挑取阳性克隆测序并拼接;采用基于内参基因的相对定量PCR方法,分析该基因表达量特征。结果得到全长1 152 bp的杭菊DFR基因,最大开放阅读框1 029 bp,共编码342个氨基酸。NCBI上进行Blast比对,该基因与其他植物的DFR基因有很高的同源性。RT-PCR表明该基因在花芽分化时期不同阶段以及开花期不同时期花不同部位中表达量均有差异。花芽分化时期杭菊DFR基因在50 d表达量最高;开花期该基因在时期I的管状花中表达量最高,在时期II的花序托中表达量最低。结论克隆得到杭菊DFR基因c DNA序列,该基因表达存在时间和空间上的差异,表达量在花蕾膨大成熟到舌状花开放30%的时间段内最高。该结果为进一步进行该基因在杭菊中的表达与催化产物的关系和调控机制研究奠定了基础。

摘要：红花是菊科一年生草本植物红花(Carthamus tinctorius L.)的干燥花,为活血化瘀常用中药。黄酮类成分是红花主要有效成分,MYB转录因子广泛参与调控黄酮类成分的合成,对红花MYB转录因子克隆及表达分析为解析红花黄酮类成分的调控机制、调控黄酮类成分的合成具有重要意义。本研究基于在线二代转录组数据,首先利用i TAK软件对MYB转录因子进行注释,设计引物对长片段MYB转录因子基因进行克隆,其次对克隆到的MYB转录因子基因进行序列分析,再次利用实时荧光定量PCR对克隆的MYB转录因子基因表达进行分析。注释筛选得到8个长片段MYB转录因子基因,成功克隆到6个MYB转录因子基因,分别命名为Ct MYB-TF1、Ct MYB-TF2、Ct MYB-TF4、Ct MYB-TF5、Ct MYB-TF6及Ct MYB-TF7。序列分析表明,克隆到的6个MYB转录因子基因都具有MYB转录因子核心结构域,其中Ct MYB-TF7转录因子同已报道黄酮类成分合成调控因子At MYBL2及At MYB12关系较近。表达分析表明,Ct MYB-TF5、Ct MYB-TF6及Ct MYB-TF7在根、茎及叶中表达量低,在花中表达量高。研究结果为进一步研究红花黄酮类成分的分子调控奠定基础。

摘要：目的:克隆荆芥(Schizonepeta tenuifolia)中的柠檬烯-3-羟化酶基因(limonene-3-hydroxylase,StL3OH),并对该基因的cDNA序列进行生物信息学分析。方法:根据荆芥转录组数据库设计特异性引物,通过逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)技术克隆StL3OH基因的cDNA序列,并进行生物信息学分析。结果:荆芥StL3OH基因的cDNA序列长为1 598 bp,包含1个长度为1 497 bp的完整开放阅读框,编码498个的氨基酸,其StL3OH蛋白理论相对分子质量为56.40 kDa,为亲水性不稳定蛋白。生物信息学分析表明,StL3OH蛋白无信号肽,具有1个跨膜区,可能定位于内质网膜上。多重序列比对和聚类分析表明,荆芥StL3OH蛋白与植物留兰香柠檬烯-3-羟化酶蛋白(MsL3OH)的氨基酸序列高度相似,均含有细胞色素P450血红素结合区,属于细胞色素CYP71家族中的D亚家族。密码子偏性分析表明,该基因偏好使用以鸟嘌呤/胞嘧啶(G/C)结尾的密码子,具有27个偏性密码子,烟草为该基因最适合的外源表达宿主。结论:首次从荆芥中克隆得到StL3OH基因的cDNA序列,为下一步研究StL3OH蛋白的结构与功能和该基因在荆芥单萜类成分的累积与生物合成的调控机制提供依据。

摘要：【目的】克隆马氏珠母贝(Pinctada fucata martensii)新的凝集素分子基因,命名为Perlucin,研究在低温胁迫下马氏珠母贝Perlucin的表达以及与抗低温性状相关的单核苷酸多态性(SNP)位点。【方法】根据马氏珠母贝基因组中Perlucin基因序列设计引物,克隆Perlucin基因全长;用生物信息学方法分析Perlucin的结构和理化特征;设计17和22℃(对照)2个温度组,对马氏珠母贝进行低温胁迫实验,用实时荧光定量PCR检测低温胁迫下Perlucin表达量的变化;筛选和比较分析马氏珠母贝耐低温选育系(R)F3和北部湾野生群体(W)的Perlucin外显子区的SNP位点和单倍型。【结果】马氏珠母贝Perlucin全长631 bp,编码152个氨基酸;包含1个信号肽和1个C型凝集素结构域。同源分析表明,马氏珠母贝Perlucin与紫贻贝(Mytilus galloprovincialis)Perlucin的亲缘性最近。Perlucin在鳃中表达量最高,其次为足和肝胰腺。低温胁迫时,鳃组织中Perlucin基因在17℃低温组的表达量呈先升高后降低的趋势,在12 h时达到最高并显著高于22℃对照组(P<0.05),表明Perlucin可能参与马氏珠母贝的低温响应过程。对Perlucin外显子区的SNP进行分析,共得到30个SNP,其中13个SNP位点的基因型频率在R和W群体间差异显著(P<0.05)。【结论】Perlucin是参与调节马氏珠母贝低温适应过程中的候选基因,筛选出两个SNP位点g.40078856、g.40078945。

摘要：目的克隆肝螺杆菌(***)甲基基团接受趋化信号转导蛋白(MCSTP)全基因,并应用生物信息学方法对其进行分析。方法以肝螺杆菌全基因组作为模板,设计肝螺杆菌MCSTPc1977特异性引物,利用PCR方法扩增目的基因片段,连接至原核表达载体pET22b(+),从而构建原核表达质粒pET22b+/MCSTP并测序鉴定。应用生物信息学方法分析MCSTP基因的序列同源性及其结构特征。结果克隆的MCSTP基因经测序可知与GenBank公布的肝螺杆菌标准株ATCC51449序列一致性达99%,仅第1160bp处由A变为T。利用生物信息学方法进行分析可发现此基因与空肠弯曲杆菌、幽门螺杆菌具有非常低的相似性,表明其在微生物界中具有一定的特异性。结论成功构建pET22b+/MCSTP重组质粒,并通过生物信息学技术进行序列及结构分析,为进一步研究其生物学功能及致病机制提供了线索和依据。