摘要：多肽配体（peptide aptamer）是人工合成的含有8～20个氨基酸的随机多肽,它们能够与靶蛋白高效、特异结合,通过干扰体内蛋白-蛋白互作模式达到直接在蛋白质水平上干扰靶基因功能的目的,是近年来兴起的一种新的基因干扰技术。该技术在药物设计、基因治疗和动物基因功能验证中展现了广泛的应用前景,但在植物基因功能的研究中应用较少。

摘要：栽培花生(Arachis hypogaea L.)连续开花亚种和交替开花亚种的开花时间、分枝模式和分枝数量均不同,这与PEBP蛋白家族基因时空表达差异有关。本研究从花生品种豫花25号的幼嫩腋芽组织中克隆到AhTFL1基因,属PEBP基因家族,比对参考基因组显示其位于18号染色体。AhTFL1基因开放阅读框为543 bp,编码180个氨基酸,拥有PEBP蛋白家族的保守的D-P-D-x-P和G-x-H-R结构域,91、115、145、147和159位的氨基酸与拟南芥TFL1保守的His88、Glu112、Ser142、Asp144和Asp156残基相同,系统进化树显示其属于TFL1-like亚家族。基于AhTFL1基因与拟南芥TFL1基因序列同源,所以利用拟南芥tfl1突变体进行功能互补试验验证其功能。35S::AhT⁃FL1互补拟南芥tfl1突变体表现为主茎增高、侧枝变长、荚果数增加、主茎侧枝数增多、莲座侧枝数减少,基本恢复至野生型性状。转化拟南芥野生型和tfl1突变体的35S::AhTFL1阳性株系都表现开花延迟,说明AhTFL1基因功能为促进营养生长,延迟营养生长向生殖生长的转变。

摘要：为了比较特定的基因芯片的功能偏岐 ,我们研制开发了一个简单实用的基因芯片功能评价与辅助设计软件GeneHubD。通过结合GO、KEGG、BIND、MIPS、Unists数据库的基因功能注释信息 。

摘要：源于细菌和古菌的Ⅱ型成簇规律间隔短回文重复系统[Clustered regularly interspaced short palindromic repeats(CRISPR)/CRISPR-associated nuclease 9(Cas9),CRISPR/Cas9]近年被改造成为基因组定点编辑的新技术。由于它具有设计简单、操作方便、费用低廉等巨大优势,给遗传操作领域带来了一场革命性的改变。本文重点介绍了CRISPR/Cas9系统在基因组DNA片段靶向编辑方面的研究和应用,主要包括DNA片段的删除、反转、重复、插入和易位,这一有效的DNA片段编辑方法为研究基因功能、调控元件、组织发育和疾病发生发展提供了有力手段。本文最后展望了Ⅱ型CRISPR/Cas9系统的应用前景和其他类型CRISPR系统的应用潜力,为开展利用基因组DNA片段靶向编辑进行基因调控和功能研究提供参考。

摘要：基于高通量数据,研究人员已经设计了许多算法用于寻找功能完全未知蛋白质的功能.然而,这些算法的效率受到一些根本因素的制约,包括:(ⅰ)功能完全未知的蛋白质参与一个精细功能的先验概率低;(ⅱ)高通量互作数据中有大量的假阳性互作;(ⅲ)蛋白质互作数据对功能类的覆盖不完全;(ⅳ)训练算法的大量阴性样本数据是异质的;(ⅴ)训练算法的蛋白质的精细功能知识不足.因此,本研究提出一种新的方法对已知部分功能的蛋白质进行功能预测,即利用功能特异的蛋白质互作子网或者基因表达模式信息来寻找蛋白质更为精细的功能.该方法能够通过恰当地定义预测范围和过滤假阳性数据减少上述提到的问题,因此可以高效地发现蛋白质的新功能.对于几千个已知部分功能的酵母与人类蛋白质,该方法能够以超过90%的精确率找到它们更为精细的功能.预测的精细功能对于指导随后的湿实验和提供必要的功能知识来学习其他蛋白质的功能都具有重要的意义.

摘要：本文通过使用USER酶克隆技术,构建一系列用于镰刀菌基因敲除和荧光融合蛋白表达,并且操作简单快速的通用载体。在hph基因两侧引入USER酶特异位点,构建了基因敲除载体pKH-KO,可以一步在hph的两侧同时插入上下游同源重组片段;在gfp基因5′端引入USER位点构建了荧光融合蛋白表达载体pKHGFPE和pKNGFPE。此方法构建的载体在插入目的片段时均不用考虑酶切位点,极大地方便了试验设计,并且步骤简单,操作简便,节约大量时间。在大规模进行基因敲除以及相关蛋白定位等基因功能研究上具有广阔的应用前景。

摘要：目的筛选干扰日本血吸虫凋亡抑制因子(Inhibitor of apoptosis protein of Schistosoma japonicum,SjIAP)较好的siRNA分子。方法应用生物信息学设计了针对SjIAP的3对siRNA分子。利用脂质体将每对siRNA分子和表达IAP的重组质粒传染到HEK293T细胞中,利用实时定量RT-PCR和免疫印迹检测IAP的表达。将siRNA分子与日本血吸虫童虫(12d)进行体外共培养,利用实时定量RT-PCR和免疫印迹检测虫体内的IAP表达。结果细胞转染实验的实时定量RTPCR和免疫印迹分析表明本研究获得了2个干扰SjIAP较好的siRNA分子,且其中1对siRNA分子可显著抑制日本血吸虫虫体内IAP蛋白的表达,同时虫体Caspase活性有所上升。结论本研究获得了2个干扰日本血吸虫IAP较好的siRNA分子,为进一步利用RNA干扰研究血吸虫IAP的功能奠定了前期基础。

摘要：油菜是我国重要的油料作物,常年种植面积约1亿亩,每年可生产约450万t菜籽油,占国内植物油总消费量的19.7%。与发达国家相比,我国油菜产业主要问题是产量低、品质差,年进口油菜籽约500万t。油菜基因组测序的完成,极大地推动了油菜育种行业的科研工作。据统计(Web of Science检索),2017年与油菜育种相关的SCI论文共有728篇,其中完全由中国学者完成的181篇,与其他国家合作完成的62篇,合计约占全世界的33.38%,但高水平论文数量还有待提高。2017年的研究进展主要集中在油菜籽含油量及品质、油菜籽产量、基因组驯化、雄性不育、非生物胁迫及抗病育种等方面。这些成果将积极地推动油菜育种产业的高产、优质及多元化发展,为我国油菜分子设计育种的实现提供了重要的理论基础。

摘要：自2010年大豆(Glycine max)基因组论文在Nature杂志上正式发表以来,以中国为主的多国科学家已对众多不同地理来源的野生大豆、农家品种及栽培品种进行了基因组重测序,并通过比较基因组学等技术手段,揭示了大豆基因组在进化与驯化过程中的基本规律。利用大豆基因组信息,科学家已成功克隆了调控大豆生育期、生长(结荚)习性、种子形态性状与组分、结瘤与养分利用效率、生物及非生物胁迫抗(耐)性等重要农艺性状的功能基因,并初步揭示了其相关的作用机理,取得了一系列突破性进展,为今后进一步精细解析大豆基因组与相关性状的基因调控网络奠定了坚实的基础,同时为通过分子(模块)设计育种来培育新品种创造了必要条件。

摘要：MADS基因家族对植物成花具有重要作用,在兰花中,目前还没有利用CRISPR/Cas9进行基因编辑的相关报道。墨兰(Cymbidium sinense) B类PISTILLATA (PI)基因可能与墨兰舌瓣的形成有关,为了进一步验证其PI基因的功能,本研究利用在线软件CRISPR-P设计3个靶点,并采用Overlapping-PCR技术和Golden Gate cloning策略构建了墨兰PI基因CRISPR/Cas9的多重sg RNA载体系统,经PCR、酶切和测序验证,植物编辑载体已构建成功。为在墨兰中实现该基因的定向突变提供了理论依据,同时也为在兰花基因组中应用CRISPR/Cas9基因编辑技术进行基因的定点突变修饰提供参考。