摘要：通过基因组组装技术获得高质量的基因组信息是开展真菌基因组学研究的前提。近年来,该技术在微生物研究领域应用广泛。为在本科教学中推广该技术,贵州大学农学院在院级平台课《农业微生物学》中设计开放实验,让植物保护本科专业的学生分组实践。具体实验内容为以HGAP4、Canu和MECAT对天麻褐腐病菌Fusarium oxysporum测序数据的基因组进行组装,并通过Quick Merge软件整合后得到最终的基因组序列,通过实践提高学生对微生物基因组研究的兴趣及动手能力,进而丰富教学内容,提高教学质量。

摘要：西藏拟南芥是近年于青藏高原地区发现的一个新的拟南芥生态型,现已成为研究植物高原适应性的模式材料。图位克隆是分离目标基因的常用手段之一,然而有效分子标记的缺少严重阻碍了西藏拟南芥对高海拔适应机制的研究。本研究对西藏拟南芥基因组进行组装,获得了相对完整的西藏拟南芥基因组,并通过BLAST序列比对筛选和重新设计了一套均匀分布于5条染色体的InDel分子标记引物。结果表明,实验验证的119对InDel分子标记引物中,54对引物在西藏型和哥伦比亚型之间具有多态性;其中37对引物扩增效果最好,在2%琼脂糖凝胶中即可产生清晰的多态性条带,并用于后续研究。初定位连锁图表明,西藏拟南芥株高矮化基因定位于4号染色体9.3~16.2 Mb区间。本研究开发的分子标记能够有效对西藏拟南芥进行基因分型,为西藏拟南芥的正向遗传研究奠定了基础。