摘要：目的　测定 2株TTV高度变异株全基因序列 ,对其基因结构、基因分型及分子流行病学分析。方法　从 2名感染TTV高度变异株的婴儿血清中抽提其DNA ,用longinvertedPCR扩增出全基因组并测定其序列 ,同时对测序结果进行分析。根据测定的序列设计引物 ,对人群中此类变异株的感染情况进行研究。结果　首次报道了TTV一个新基因群———第 5基因群 ;测定了该基因群中 2株变异株的全基因序列。该基因群在小于 30日龄、1～ 6月龄、7～ 12月龄的婴儿中检出率分别为 0、2 7.3%、39.5 %,献血员中检出率为 45 .8%。结论　虽然第 5基因群基因组核酸序列呈高度异质性 ,但其基本结构及功能与已报道的TTV各基因群十分相似 ;婴儿中该基因群的感染主要与环境因素有关。

摘要：本试验通过对京海黄鸡卵巢组织进行转录组分析,旨在为完善京海黄鸡部分基因结构和发掘新基因提供参考。选取高、低产京海黄鸡各4只,利用转录组测序(RNA-Seq)技术对其卵巢转录组进行测序,然后对得到的测序数据进行生物信息学分析。测序数据经过质量控制后,8个样品共得到484 992 074条有效数据(Clean Reads),总计61.09Gb。筛选出1 445 264个京海黄鸡品种内SNP位点,其中位于基因区的SNP位点916 108个,位于基因间区的SNP位点552 168个。8个样品中平均新预测的可变剪接12 883个,并对7 481个基因结构进行了优化。与所选的参考基因组序列对比分析,共发掘4 431个新基因,通过与各数据库进行序列对比,1 809个新基因得到功能注释。本研究通过转录组测序技术检测了京海黄鸡卵巢组织的基因结构,为进一步完善京海黄鸡的基因结构信息及发掘潜在的新基因提供分子水平的依据。

摘要：目的对斑马鱼Hepcidin-2基因结构进行生物信息学分析,并设计优化其抗菌活性。方法选取斑马鱼Hepcidin-2作为目的基因,通过Tblastn进行多序列同源性比对得到Hepcidin基因家族的核苷酸和氨基酸序列,利用生物信息学方法分析其进化关系、理化性质、信号肽、跨膜结构、二级结构、三级结构等;收集和筛选多个物种的Hepcidin序列152条,计算成熟肽各个位置最大频率的氨基酸,得到序列模板,并对序列模板进行预测。结果抗菌肽(antimicrobial peptide,AMP)活性中心空间结构高度保守,C-末端及信号肽区域形成跨膜螺旋结构,成熟肽部分存在β-折叠,得到的序列模板预测具有抗真菌活性,对肺炎克雷伯菌有抗菌活性,对人红细胞有溶血活性。结论建立了序列模板法优化AMP序列和预测其抗菌活性的技术路线,为改造天然AMP,扩大其在临床和生产中的应用提供了理论支持和技术支撑。

摘要：通过表达序列标签法和cDNA末端快速扩增(RACE)技术,分离和克隆了圆斑星鲽(Verasper variegatus)主要组织相容性复合体(MHC)IIB的全长cDNA序列,该cDNA全长为1144bp,5'UTR(untranslated region)为7bp,3'UTR为450bp,开放阅读框(ORF)长度为687bp,可编码228个氨基酸,包含信号肽、抗原结合域(β1)、IGC区(β2)、跨膜区和胞质区5个结构域。同源分析表明,圆斑星鲽MHCIIB氨基酸序列与其他硬骨鱼具有49%～79%的同源性,与鼠、人、红原鸡和护士鲨的相似性较低,分别为34%、33%、31%和30%。圆斑星鲽MHC ⅡB基因含有5个内含子,与其他硬骨鱼不同,其β2结构域编码区内存在1个109bp的内含子。根据获得的MHC ⅡB基因组序列设计特异性引物,在10尾野生圆斑星鲽中扩增了包括完整内含子1和外显子2的长度约388bp的DNA片段,PCR产物直接测序后发现在270bp的抗原结合域中共有23个位点发生变异,密码子第1位和第2位的变异明显高于第3位。利用荧光定量PCR分析组织表达发现,MHCIIB基因在健康圆斑星鲽9种组织中均有表达,但表达量存在差异,肾的表达量最高,肌肉的表达量最低,肾、心、脾脏和鳃的表达量显著高于肝、皮肤、脑、血和肌肉。本研究旨在为MHC基因家族的遗传进化分析、结构与功能的解析提供基础,同时为圆斑星鲽的分子免疫学和标记辅助育种研究提供参考依据。

摘要：对鳜鱼传染性脾肾坏死病毒 (infectiousspleenandkidneynecrosisvirus,ISKNV)的胞嘧啶 5 -甲基转移酶(MTase)基因的结构及序列进行了分析。序列比较分析表明 ,ISKNVMTase编码区全长 6 84bp ,编码长 2 2 7个氨基酸的蛋白质 ,推测分子量为 2 5 85 5D。与一些细菌的MTase比较 ,ISKNVMTase也含有负责转移甲基的 4个保守区 ,但缺乏识别靶序列的保守区。比较ISKNV与其它 6种脊椎动物虹彩病毒的MTase序列并建立系统树 ,ISKNV显著不同于蛙病毒属和淋巴囊肿病毒属。 7种脊椎动物虹彩病毒MTase具有高度保守区 ,可以此设计引物用PCR方法鉴定脊椎动物虹彩病毒。

摘要：本研究拟解析我国羊巴贝斯虫trap基因的结构特征,并以其为分子标志开展遗传进化分析,为理清我国羊巴贝斯虫的分类关系提供数据。用公布的巴贝斯虫trap基因序列BLAST两个羊巴贝斯虫全基因组本地数据库,以获得的保守序列片段为模板,设计PCR引物;克隆我国分离的6株羊巴贝斯虫trap基因全长序列,分析其序列结构特征;比对序列相似性,构建系统发生树,分析其遗传进化关系。结果克隆获得6株羊巴贝斯虫trap基因,分析结果显示,其具有3、4、5个内含子的三种内含子数目,预测的开放阅读框(ORF)大小分别为1 944、2 100/2 142和2 286bp;氨基酸序列分析显示,其都具有TRAP蛋白家族特征性的vWFA、TSR、跨膜域和CTD结构域;进化关系分析显示,感染我国羊的巴贝斯虫被分成3组,组内序列相似性为99.8%~100%,而组间为43.6%~74.6%。系统发生树上6株羊巴贝斯虫被分到两大枝,羊巴贝斯虫未定种和莫氏巴贝斯虫,而且莫氏巴贝斯虫又被分成两小枝。6株羊巴贝斯虫trap基因结构存在差异,但其蛋白特征性的结构域较为保守;我国分离的羊巴贝斯虫为两个种,但莫氏巴贝斯虫中可能存在两个亚种。

摘要：由于硬骨鱼类代表了一半的脊椎动物,是具有MHCⅠ基因的低等脊椎动物,其MHCI基因结构与高等脊椎动物相比,存在较大差异,因而已经成为比较基因组学研究的焦点。对硬骨鱼类MHCⅠ基因的研究始于1990年,Hashimoto等通过比较人、鼠、鸡的MHCⅠ类α3结构域和Ⅱ类β结构域氨基酸序列,设计高度简并性引物,扩增得到鲤鱼部分MHCⅠ基因序列。这一研究成果揭开了鱼类MHC研究的序幕。[第一段]

摘要：参照天然抗菌肽ＣＭＩＶ组分的氨基酸序列，作了近５０％的改动，根据大肠杆菌偏爱的密码子，设计并人工合成了抗菌肽基因片段．将人工合成的抗菌肽类ＣＭＩＶ基因先重组到测序载体ｐＵＣ１１８上，经过序列分析，发现克隆于载体ｐＵＣ１１８上的基因片段与设计的序列完全一致．再将该基因片段重组到表达载体ｐＥＴ２８（ａ）上，抗菌肽以融合蛋白的形式表达．融合蛋白经镍－金属离子胶亲和层析纯化后，再用ＣＮＢｒ裂解。

摘要：目的:以人丝裂原活化蛋白激酶3(mitogen-activated protein kinase 3,MAPK3)基因结构为例,利用不同生物相关软件分析、设计和筛选合适的定量PCR引物。方法:利用NCBI的Gene数据库查找人MAPK3基因的参考序列、Uni Gene数据库查找标准参考序列;并用在线软件如Spidey,UCSC,Ensembl等分析基因结构;利用Primer3,Oligo6,IDT等软件进行引物设计;用MFOLD程序分析基因二级结构后,选择引物可定位的外显子位置;利用电子PCR进行引物扩增特异性的检验;最后通过实验检验引物的扩增效果。结果:从程序软件推荐的引物列表中筛选出一对能特异扩增人MAPK3基因的引物。结论:基因结构分析软件有助于定量PCR引物的设计。

摘要：现代社会的发展破坏了乡村原有的环境与秩序,且未能构建新的基于乡村条件的生产生活秩序,导致了乡村原有行为模式和价值体系的瓦解,在此背景下,传统文化以其与乡村文化高度一致的核心内容做为基因反哺乡村,在甄别、发展、改造的基础上,融入现代社会的需求和价值观,重构乡村文化,建设新的乡村文化形态,是保持乡村文化本质特征和发展脉络的必须和有效的途径。虽然由于基因的变异性会带给乡村在具体文化形式上的一些改变,但其稳定的思维方式和心理结构,仍然是中国当代乡村文化建设的核心价值观和乡村社会的心理依托。