摘要：目的探讨冠状病毒基因芯片的研制方法,建立一种快速定性检测人咽拭子、痰液、肺泡灌洗液等呼吸道感染样本中的7种冠状病毒和2种流感病毒核酸的方法。方法根据互联网公布的10种呼吸道感染病毒的基因序列,设计了相应的引物和探针序列,经琼脂糖凝胶电泳筛选验证后,将探针点样于醛基修饰基片,完成了检测芯片制作。结果将聚合酶链式反应扩增产物用10倍梯度稀释法稀释后进行基因芯片检测,结果表明可形成杂交斑点的最低检测浓度为103copies/mL。结论研制的冠状病毒基因芯片具有良好的特异度和灵敏度,可同时对SARS-CoV-2及其他呼吸道病毒同时进行高通量快速检测。

摘要：随着16SrRNA序列资源的不断丰富,以及寡核苷酸微阵列基因芯片技术的不断进步,检测复杂微生物菌落中的微生物种群构成成为可能.现有的序列特异性探针设计算法缺乏足够的覆盖度、灵活性以及效率,不能满足大规模细菌检测基因芯片的设计要求.很多组特异性探针设计算法的思路多局限于针对某个目标序列组设计唯一的组特异性探针.在很多应用场合,设计单个探针检测组内所有目标序列的目标是很难达到的.因此,设计多个探针通过组合方式进行检测是很有必要的.每个探针能特异性地检测组内一部分目标序列,通过组合就能提高覆盖率.然而,在所有可能的探针组合中找到一个优化的探针组合是很耗时的.提出了一个可行的基于相对熵和遗传算法的组合探针设计算法.

摘要：基因芯片技术是将预先设计好的探针DNA在芯片上做成点阵,按碱基配对的特性与样品中DNA杂交,通过计算机进行高效解读和分析,获取大量信息。本文对该技术及其在结核病的诊断、基因突变和多态性分析、菌种鉴定、药物筛选和致病机制方面进行综述。

摘要：样点识别是生物芯片信息处理的基础。本文通过分析基因芯片的图象特征,提出了基于变形模板技术的基因芯片杂交样点自动识别方法。以芯片设计点样阵列为模板,建立了芯片杂交样点的变形模板模型,用多个参数表征了模板的平移、旋转和缩放。结合图象的特征设计了变形模板的能量函数,采用遗传算法搜索变形模板,实现了变形模板与杂交样点的最佳匹配。实验结果表明,该方法具有很好的稳健性和较快的收敛速度,能够准确识别杂交样点。

摘要：茶叶市场监管力度低,溯源保真难,导致市场茶叶品质参差不齐。传统的溯源体系在茶叶生产的全过程中,很难避免溯源信息篡改、真假茶叶替换、防伪签套用、转卖等造假问题。针对这些问题,团队设计集生物技术与区块链技术相结合的溯源方式,在茶叶生产的各个过程中对茶叶进行基因抽样检测,再将检测信息上传至区块链,保证信息无误。采用的基因芯片技术和区块链技术,从基因层面确保茶叶的高品质,从技术层面确保了溯源信息的真实性,切实保障消费者对茶叶相关过程信息的知情权。

摘要：用生物学软件对GenBank中部分昆虫抗菌肽基因编码区保守域设计探针,用直接点样法将探针点印在特制玻片上构建寡核苷酸(Oligonucleotide,oligo)探针微阵列;提取诱导后24h的家蝇三龄幼虫脂肪体总RNA,逆转录成cDNA并标记上荧光标记物Cy3,与构建的oligo探针微阵列杂交,经洗片、扫描处理后进行数据分析。结果在两次重复实验中均检测到有效杂交信号的基因点有15个(不包括阳性对照基因),为进一步发现其新基因提供了依据。

摘要：目的 为了快速、简便、高通量地鉴定临床常见致病真菌，建立了一种采用基因芯片技术对临床常见的致病真菌鉴定的分子生物学方法。方法 以5．8SrDNA与28S rDNA间的内转录间区2（intermal transcribed spacer-2，ITS-2）为靶标，针对待检的临床常见致病真菌设计合成一系列寡核苷酸探针，制成寡核苷酸芯片。待检真菌DNA经通用引物扩增标记后，与芯片杂交，对杂交图谱分析归纳，得到一套种特异性的典型杂交图谱。待检的样品菌与基因芯片杂交，得到的杂交结果与典型图谱比对即可判断出样品的种类。结果 以涉及8个属20个种的标准致病真菌菌株对芯片的特异性、重复性、灵敏度进行考察，结果表明，该研究建立的基因芯片技术可以有效地区分20种临床常见致病真菌，特异性良好，重复性良好（信噪比CV〈10％），灵敏度为15pg/ml真菌DNA。收集从临床分离的84株致病真菌菌株对基因芯片进行试用，结果显示基因芯片的鉴定结果与常规鉴定方法的鉴定结果一致。结论 这项技术的建立可以稳定、特异性地实现临床常见致病真菌的高通量鉴定，为进一步检测研究奠定了基础。

摘要：介绍了基因芯片杂交反应结果识别系统的设计与实现方法。该方法有效的克服了背景噪声的干扰 ,实现了着色芯片的自动识别 ;并可进行杂交反映结果分析 。

摘要：目的　研究基因芯片在检测结核分枝杆菌利福平和异烟肼耐药性中的应用。方法根据与利福平和异烟肼耐药相关的 4条基因上的 11个位点的 30种单核苷酸多态性设计制作芯片 ,用芯片检测结核分枝杆菌的基因突变 ,从而判断其耐药性。结果　用基因芯片在 110株异烟肼耐药株中检测出 85株 (73 3% ) ,在 30株异烟肼敏感株中检测出 2 2株 (73 3% ) ,在 94株利福平耐药株中检测出 77株 (81 9% ) ,在 4 6株利福平敏感株中检测出 4 0株 (87 0 % )。芯片检测结果与部分样本的测序结果完全相符。结论　用DNA芯片检测结核分枝杆菌对利福平和异烟肼的耐药性具有较高的特异性和敏感性 ,该法快速、精确 ,可以应用于结核分枝杆菌耐药性的检测。

摘要：目的　建立一种用于HLA -DRB分型的基因芯片 ,并通过与PCR SSP比较 ,评价芯片的性能。方法　根据中国汉族南方人常见的HLA DRB位点基因及其多态性的独特序列 ,在第二外显子区域设计特异性的寡核苷酸分型探针 ,将其点在玻片上 ,制成芯片。基因组DNA通过组间特异引物扩增 ,扩增中同时用荧光素Cy5标记。扩增标记后的产物与结合在芯片上的探针进行杂交 ,通过荧光扫描仪对杂交产生的荧光信号值进行分析 ,确定样品的HLA DRB基因亚型。将这一方法应用于 110份样本的HLA DRB基因分型并与PCR SSP分型的结果进行比较。结果　 110份淋巴细胞样本 ,除1份PCR无产物致芯片不能分型外 ,其余样本芯片分型全部成功。不吻合样本 10份 :其中SSP定型纯合子 6份 ,芯片分型全部为杂合子 ,SSP定型为杂合子 1份 ,芯片结果为纯合。经第三方用PCR SSO验证 ,证实芯片分型正确。另外 3份不吻合的样本经测序 ,证实SSP分型错误 2份 ,芯片分型错误 1份。芯片的重复率为 95 %。结论　基因芯片是一种理想的分型方法 ,具有特异性高、重复性好、操作简便、所需样本量少、结果判读容易、一次可作多份样本的优点。