摘要：根据GenBank中收录的基孔肯亚病毒和辛德毕斯病毒基因的保守序列,合成2种病毒E基因序列及引物,设计针对2种病毒的寡核苷酸探针,制备基孔肯亚病毒与辛德毕斯病毒特异性检测基因芯片,并对该芯片的灵敏性、特异性和重复性进行了验证。结果显示,所建立基因芯片检测方法的灵敏度是普通PCR方法的100倍。利用所制备的基因芯片,能检测到基孔肯亚病毒和辛德毕斯病毒特异性杂交信号,阴性对照病毒(基因Ⅰ型流行性乙型脑炎病毒,基因Ⅲ型流行性乙型脑炎病毒,猪繁殖与呼吸综合征病毒及流感病毒)均无杂交信号。本试验初步建立了基孔肯亚病毒与辛德毕斯病毒特异性基因芯片检测方法,该方法灵敏度高、特异性强,适用于基孔肯亚病毒与辛德毕斯病毒的流行病学调查和种特异性鉴定。

摘要：目的 :建立一种新型的HLA DR位点的基因分型方法 ,为HLA DR的基因分型提供一个较新的思路。方法 :利用基因芯片技术 ,根据HLA不同基因亚型的独特序列设计探针 ,制成分型芯片 ;待检测样品经PCR反应标记上荧光之后 ,与芯片进行杂交 ,根据杂交产生的荧光信号值分析确定样品DR位点的基因亚型。将这一方法应用于 70份标准DNA和 2 0 0份医院移植供受者的HLA DR基因分型并将部分样品进行基因测序。结果 :检测结果表明HLA DR基因分型芯片可准确分辨出DR位点等位基因 30大类 ,耗时 3h。结论 :基因芯片用于HLA DR的基因分型 ,分辨率高、特异性强、重复性好、操作简便 ,对比常规的PCR SSP和PCR SSO方法 ,HLA DR基因芯片方法更为直观 ,并具有集成化优势 ,可以在一张芯片上同时检测HLAI类的A、B位点 ,并实现一张芯片多人份 ,适合于临床应用和骨髓库、脐血库的建立。

摘要：植原体病害是严重危害农业生产的一类植物病害,早期检测是预防植原体病害的主要途径之一。利用基因芯片检测技术能够实现高通量、快速检测植原体病原。本研究通过分析比对11种植原体16S rDNA序列,设计并合成相应的特异性探针,进一步制备了植原体检测基因芯片,并利用所制备的基因芯片对发病桑树植株进行了检测,检测结果表明本实验室制备的植原体检测基因芯片具有较高的特异性,为植原体检测基因芯片技术的推广应用奠定了基础。

摘要：为建立运用多重PCR和基因芯片技术同时检测5种猪繁殖障碍性病毒病的方法。本研究根据GenBank中登录的猪瘟病毒(CSFV)、猪细小病毒(PPV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪日本乙型脑炎病毒(JEV)及猪圆环病毒2型(PCV2)的基因序列设计特异性引物与探针,制备相应的寡核苷酸芯片,检测了5种猪繁殖障碍性疾病病毒的标准毒株,并对16份临床样品进行检测。通过多重PCR扩增出带有荧光标记的5种病毒的特异性基因片段,并与固定有特异性探针的基因芯片杂交。结果显示,本研究建立的多重PCR结合基因芯片检测方法特异性强、稳定性好,灵敏度可达10~2拷贝/μL。16份临床样品检测结果显示阳性率达87.5%(14/16)。以上结果表明该方法特异性好、灵敏度高,可高效检测以上5种病毒,为其临床诊断及流行病学调查提供了有效的检测方法。

摘要：基因芯片是一种由高密度寡核苷酸探针所形成的微阵列 .本文首先提出一种基因芯片上寡核苷酸探针设计的新思想 ,即变长变覆盖探针优化设计方法 ,通过该方法设计的寡核苷酸探针的杂交解链温度最大程度地保持一致 ,可有效地减少碱基杂交错配 ,提高基因芯片检测结果的可靠性 .根据上述核心思想 。

摘要：根据GenBank上蓝舌病病毒(BTV)、O型口蹄疫病毒(FMDV)、山羊痘病毒(GPV)、绵羊痘病毒(SPPV)和牛病毒性腹泻病毒(BVDV)等5种病毒的特异性保守序列,分别设计多重荧光标记引物和相应寡核苷酸探针。使用芯片点样液稀释各探针至终浓度30μmol/L,点样制备11×11阵列芯片。核酸杂交后,建立并优化基因芯片检测方法。结果显示,使用470mL/L甲酰胺杂交液,42℃摇转杂交4h为最佳基因芯片杂交条件。建立的基因芯片检测方法与伪狂犬病病毒(PRV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、禽流感病毒(AIV)和新城疫病毒(NDV)等无交叉反应,检测敏感性可达20拷贝病毒核酸。制备的基因芯片稳定,保存6个月可用。对151份临床样品进行基因芯片和商业化PCR试剂盒平行检测,两者的符合率为100%。

摘要：建立了可同时筛选禽流感病毒(AIV)通用型、H4、H5、H6、H7、H9、N1、N2、N9亚型及鸡新城疫病毒(NDV)、鸡减蛋综合征病毒(EDSV)的基因芯片检测方法。从GenBank中下载相关序列,利用分子生物学软件设计特异性引物和杂交探针。使用***系统进行芯片点样、杂交、显色、读数,优化反应条件后做灵敏度、特异性试验,然后应用于临床检验。结果显示,各病原间无交叉反应,探针可特异性识别靶基因;病原的最低浓度为4.83pg/μL,灵敏度较高;每个梯度的两个反应结果一致,重复性良好。对临床样品检验,结果同病毒分离鉴定方法一致。本研究建立的基因芯片检测方法可用于禽流感通用型、H4、H5、H6、H7、H9、N1、N2、N9亚型及NDV、EDSV的鉴别检测。

摘要：【目的】制作核糖体蛋白(ribosomal protein,RP)基因芯片,探讨该芯片应用方法。【方法】设计、合成58mer寡核苷酸探针,打印芯片。收集溃疡性结肠炎(ulcerative colitis,UC)患者和正常自愿者结肠黏膜,提取总RNA。逆转录法Cy5-dCTP标记试验样品,试验样品包括正常组4例、混合正常组1例、UC 8例、UC混合1例,Cy3-dCTP标记共同参照,1例正常样品和共同参照进行Cy5-dCTP、Cy3-dCTP荧光交换。试验样品和共同参照配对杂交、扫描,应用BRB-TOOL(3.90)进行数据分析。【结果】制作了包括77条RP基因,2条RP类似基因(RPL26-like1、RPL7-like1)低密度芯片。UC混合样品杂交的信号值与UC 1～8分别杂交信号值之均数最为接近,健康人混合样品杂交的信号值和H 1～4分别杂交信号值之均数没有相近之处,但更接近于单样品杂交的结果;混合样品所得到的差异基因数明显少于样品分别杂交所得到的差异基因数。2例荧光交换Ratio值高度相关。【结论】成功制作了RP基因芯片。样品混合会影响杂交数据的统计,同时,均一化能轻微减弱荧光染料引起数据的偏差。

摘要：目的:探讨血栓性疾病(TD)个体化用药指导基因芯片的制备过程,阐明一种快速、高通量检测氯吡格雷和华法林药物代谢基因的方法。方法:根据氯吡格雷药物代谢基因位点(CYP3A4、CYP2C19*17、CYP2C19*2和CYP2C19*3)和华法林药物代谢基因位点(CYP4F2*3、GGCX、VKORC1-2、VKORC1-1、CYP2C9*2和CYP2C9*3)设计相应的探针和引物,制备TD个体化用药指导的基因芯片检测试剂盒。经过DNA提取、PCR扩增、杂交、洗脱和扫描等步骤对基因芯片的灵敏性、重复性和稳定性进行评价。收集3个地区的150例TD受试者样本并进行药物代谢基因检测,以受试者在临床中接受的用药指导及6个月后患者的疾病恢复情况为依据,评价基因芯片试剂盒的有效率。结果:基因芯片检测2种药物的代谢基因均出现良好的杂交信号;芯片检测PCR扩增产物的最低检测浓度为103 copies·mL-1;对不同批次的3张芯片及同一批次的10张芯片进行平行测定,符合率为100%;芯片具有稳定性,有效期长达6个月;来源于3个地区的150例TD样本验证基因芯片检测试剂盒的有效率在90%以上。结论:成功制备了高通量检测氯吡格雷和华法林药物代谢基因的TD个体化用药指导基因芯片试剂盒,该方法灵敏度高,重复性好,稳定性强,制备效果优良。

摘要：普通小麦(Triticum aestivum L.)品系‘兰考906’携带一个小种专化的隐性抗白粉病新基因,暂称为PmLK906.用‘中国春’ב兰考906’F2:3纯合抗、感家系构建抗、感cDNA池.以此抗、感cDNA池为探针筛选小麦基因芯片,获得了可能与PmLK906基因连锁的EST(expression sequencetag)信息.其中感病池表达量高8倍以上的34个,抗病池表达量高8倍以上的28个,排除假阳性结果,这些信息可能代表了与PmLK906紧密连锁的基因.从抗病池表达量高的28个EST中选择2个EST序列信息,设计了2对特异性引物,在抗、感亲本cDNA和抗、感cDNA池中扩增,显示出一致的差异条带,提示与PmLK906连锁.