摘要：目的:探讨血栓形成易感基因芯片的研制方法及初步临床验证,建立一种快速且高通量检测血栓形成易感基因突变的方法。方法:根据GenBank上已发表的血栓形成易感基因序列,将设计好的参照探针和特异性探针点置于醛基化处理的玻片上,经紫外交联后固定,制成血栓形成易感基因芯片。以阳性参考品(各检测位点突变型和正常型基因)和阴性参考品(双蒸水)为模板,经PCR反应后与芯片进行杂交,对基因芯片的有效性进行检测。以靶序列经过测序验证的人类基因组DNA为模板,经PCR反应后芯片进行杂交,检测基因芯片的特异度和灵敏度,并对来自吉林、河南和云南3个地区的健康受试者150人和有不明原因血栓性疾病家族史的血栓患者24例进行临床验证。分析指标为检测相应位点的杂交信号强度。结果:以阳性参考品和阴性参考品为模板进行杂交,相应位点出现特异性的杂交信号,说明基因芯片检测位点有效。用于检测选定突变位点的基因芯片均有特异性的杂交信号,说明基因芯片的特异性良好。标准基因组DNA逐级稀释后检测基因芯片的灵敏度为50~100mg·L-1。临床验证结果,在健康受试者150人中8人检出血栓形成易感基因突变,在有不明原因血栓性疾病家族史的血栓患者24例中20例检出血栓形成易感基因突变,该芯片对不明原因血栓性疾病家族史的血栓患者血栓形成易感基因突变检出率明显高于健康受试者(P<0.05)。结论:研制的血栓形成易感基因芯片具有良好的特异度和灵敏度,对血栓形成易感基因有较高的检出率,在血栓性疾病的早期诊断和易感风险评估中具有潜在价值。

摘要：将克隆和鉴定的AIV的HA、NA、M、NS、NP基因以及NDV、IBDV、IBV的保守基因片段作为探针，同时以克隆的GAPDH基因作为阳性对照，利用芯片点样系统spotArray TM24将探针与阳性对照、阴性对照和空白对照按照设计好的阵列点在基片上，制备了AIV等RNA病毒诊断芯片，并从点样条件和杂交条件两个方面进行了优化。结果显示，探针浓度在300～1200μg／mL时点样，Cy3-dUTP终浓度为0．05μmol／mL，杂交温度在42℃，杂交时间在8～12h时，杂交信号比较理想。该方法对20份已鉴定的H5N1亚型禽流感病毒的检出率为100％（20／20）；10份现地送检的疑似AIV样品的检出率为70％（7／10），检测结果与RT—PCR和鸡胚传代分离鉴定的符合率为100％。结果表明，制备的DNA芯片可有效诊断上述病毒。

摘要：根据已发表的狂犬病病毒(RV)的序列,设计合成能扩增高度保守核(N)蛋白片断的一对引物。通过生物素标记PCR技术,将核(N)蛋白基因片断作为探针点在硝酸素纤维膜上,制作成疾病诊断基因芯片。取160份可疑动物的血液,提取核酸作模板进行PCR扩增,将其产物与诊断基因芯片进行特异性逆向点杂交检测;并用蔗糖密度梯度离心和凝胶层析纯化狂犬病病毒作抗原,建立检测RV抗体的间接ELISA。把以上两种方法应用于临床,结果基因芯片的检测率比ELISA方法和(RT)PCR要高15%左右,表明建立的狂犬病诊断基因芯片具有更高的灵敏度和特异性。

摘要：研究比较成熟的可用于分析黄曲霉毒素生物合成相关基因的芯片分析技术。芯片点阵后依次通过温浴2h,650mJ/cm2紫外交联30s、80℃烘烤2h、预杂交45min、清洗、干燥等步骤,最后与待测样品在42℃杂交16h,可获得低背景高质量的芯片。本实验所用探针来源于寄生曲霉,而待测样品选择了黄曲霉菌株,芯片扫描结果显示荧光信号稳定,与反转录PCR扩增结果一致,并且无背景干扰。证明探针设计合理,实验方法可靠。初步建立了用芯片检测与黄曲霉毒素生物合成相关基因的技术平台。

摘要：应用寡聚核苷酸基因杂交技术建立一种快速可靠的检测猪瘟病毒的方法。在CSFV病毒保守序列5′非编码区设计了两对特异性引物，在此引物之间设计了特异的核苷酸探针（22—30mer）。通过PCR扩增Cy5标记的DNA片段与固定在玻片表面的探针杂交进行CSFV检测。该技术结合了PCR方法的高度敏感性和DNA-DNA杂交技术的选择特异性。并利用该方法对87例临床样品进行了检测鉴定，结果分析显示，可准确鉴别CSFV病毒，灵敏度与琼脂糖凝胶检测接近，可检测到的质粒最低浓度为0．4pg／μl。结果表明寡核苷酸基因芯片技术可有效地应用于CSFV临床诊断和分子流行病学调查。

摘要：目的建立一种快速分型检测临床常见的7种疱疹病毒的新方法。方法以7种人疱疹病毒的DNA多聚酶基因区为靶序列,设计多重引物及寡核苷酸分型探针,点样制成基因芯片。用所建基因芯片检测282份疑似病毒感染患儿血标本,以荧光定量PCR法作对照,评价该芯片的诊断价值。结果基因芯片法最低检出浓度为10拷贝/μl,HBV、金黄色葡萄球菌、大肠埃希菌、白色念珠菌及人基因组DNA等无杂交信号。282份血标本共检出阳性59份,以荧光定量PCR法检测结果为标准,其敏感性为96.7%,特异性为99.5%,Youden指数为0.962;两法总符合率98.9%。结论研制的基因芯片可同时检测7种人疱疹病毒,且特异敏感、快速简便,有临床应用价值。

摘要：[目的]建立一种运用PCR结合基因芯片技术鉴别牛、羊、猪、马、鹿、兔6种动物源性成分的快速、准确、灵敏的方法。[方法]选择线粒体DNA(mitochondrial DNA)基因(mt DNA)和细胞色素b(cytochrome b)基因(cytb)为目标基因,设计6对物种特异性引物和相应的6条鉴别探针,在此基础上建立了同时检测6种动物源性成分的基因芯片方法,并进行实际应用效果评价。[结果]通过对PCR扩增体系及杂交体系的优化,该检测方法能实现对上述6种动物源性成分同时进行快速、准确检测,具有良好的特异性,检测牛肉和马肉成分时绝对灵敏度为0.5 pg,实际检测灵敏度也可达到0.001%;所制备的基因芯片可以满足市售肉及肉制品样品的检测需求。[结论]本试验所建立的基因芯片方法特异性好、灵敏度高,可用于对生、熟肉制品中多种动物源性成分的检测和鉴别。

摘要：根据水产养殖中常见的3种病原菌鳗弧菌(Vibrio anguillarum)、嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)及迟缓爱德华氏菌(Edwardsiella tarda)的研究资料,筛选3个毒力相关基因toxR、aerA、evpA设计引物和探针,构建简型基因芯片,并使用对虾白斑病综合征病毒(WSSV)variable region的PCR荧光标记产物作为表面化学质控。通过已构建和优化的多重PCR反应条件,获得了3个目的基因的PCR产物;经过芯片制作过程的优化,将探针以终浓度20μmol/L溶于50%DMSO,在室温、相对湿度45%的条件下点印于醛基基片表面。扩增的PCR产物与杂交液混合后,在42℃杂交2 h就可检测到理想的杂交信号。芯片的灵敏度试验结果表明,可以检测到的3种水产病原菌的最低模板DNA为:鳗弧菌3×102拷贝、嗜水气单胞菌5×103拷贝、迟缓爱德华氏菌6×101拷贝。该芯片可成功应用于患病大菱鲆内脏的细菌分离物的鉴定。

摘要：基因芯片的图像分析软件是集成算法与应用的高复杂性软件,在开发中不可能由单一程序员完成,因此模块化分工编程是这种复杂软件开发的必由之路。在基因图像分析软件中采用一种模块化设计的实现过程,即通过COM组件,跨语言、跨平台地实现软件的模块化,并且利用聚合技术实现了组件级继承,可充分实现科研软件的升级和功能递延。

摘要：根据GenBank中收录的基孔肯雅病毒和辛德毕斯病毒E蛋白基因序列,设计及筛选针对2种病毒的寡核苷酸探针及引物,制备基孔肯雅病毒与辛德毕斯病毒可视化基因芯片与荧光基因芯片,对芯片的灵敏性、特异性进行了验证,并将可视化基因芯片、荧光基因芯片进行灵敏性比较.结果显示,制备的两种基因芯片都能检测到基孔肯雅病毒和辛德毕斯病毒特异性杂交信号.可视化基因芯片、荧光基因芯片检测两种病毒质粒的灵敏度达到9.1×103copies/mL,6.8×101copies/mL和9.1×104copies/mL,6.8×103copies/mL,与普通PCR比较差异显著.荧光基因芯片灵敏度是PCR方法的10倍,可视化基因芯片是荧光基因芯片灵敏度的100倍.模拟病毒检测过程特异性检验证明,可视化基因芯片都具有良好的特异性.本试验建立了基孔肯雅病毒与辛德毕斯病毒两种特异的可视化和荧光基因芯片检测方法,两种方法灵敏度高、特异性强,适用于基孔肯雅病毒与辛德毕斯病毒的流行病学调查和种特异性鉴定.