摘要：基因芯片以其高通量、微型化和自动化等优点成为医学基因诊断的重要工具,芯片探针的设计和筛选是制备高质量基因芯片关键步骤之一。目前,已有不少探针设计软件被开发出来,它们针对不同的设计对象,显示出各自的优势和局限性。本文聚焦寡核苷酸探针筛选设计的三个基本标准,即特异性、敏感性和熔点(Tm),介绍了探针设计软件研究发展状况。结合文献报道,对软件的用途进行分类说明。本综述将有助于用户快速选择合适的软件用于探针设计,对降低芯片制备成本、提高芯片应用研究效率、促进高性能的探针设计软件研究及商品化具有重要的意义。

摘要：根据G enB ank收录的美洲型猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)ATCC VR-2332株ORF 6和ORF 7基因序列,用O ligo软件设计并合成大小为37 bp的寡核苷酸探针,经生物素标记后,成功建立了原位检测石蜡组织切片中PRRSV核酸的方法。该探针能检测到56 pg PRRSV核酸的RT-PCR产物DNA,能特异检测出PRRSV核酸及其PCR产物,而对猪瘟病毒(HCV)、猪细小病毒(PPV)、猪伪狂犬病病毒(PRV)、猪乙脑病毒(JEV)的核酸呈阴性反应。应用该方法检测PRRSV SC-1株人工感染的28日龄仔猪,在感染后7 d即可在肺脏、肾脏、扁桃体、胸腺、肺门淋巴结、十二指肠和大脑检测到PRRSV核酸。该法可用于仔猪PRRSV感染的诊断和组织中核酸的定位及分布研究,也可用于甲醛固定组织的回顾性诊断。

摘要：针对分离自南海的相关亚历山大藻,在进行核糖体大亚基DNA(LSU rDNA)全序列测序及比对的基础上,设计了针对其核糖体大亚基RNA(LSU rRNA)D10区的一个新的荧光素(FITC)标记寡核苷酸探针,并建立了相应的荧光原位杂交检测方法。在GenBank数据库中,BLAST检索的结果显示所设计的探针具有较高的特异性。杂交实验的结果也表明,这条探针对相关亚历山大藻的标记具有特异性,且标记效率可以达到100%,标记信号清晰明亮。本研究结果为相关亚历山大藻的监测及其种群动态研究提供了方法学依据,也为其它微藻特异性探针的设计提供了新的思路。

摘要：目的:通过生物信息学软件对易引起慢性肝炎的三种肝炎病毒基因组结构进行分析,设计肝炎病毒诊断分型芯片的寡核苷酸(O ligo)探针。方法:利用BLAST软件对乙型肝炎病毒(HBV)、丁型肝炎病毒(HDV)、丙型肝炎病毒(HCV)6个亚型的DNA及cDNA序列进行序列比对,得到有意义的特异序列;然后用生物信息学软件Array designer 3.0设计特异性高、Tm值相近、长度均一的O ligo探针。结果:获得156条60-m er探针,用于打印成DNA芯片,进行HBV、HDV的联合检测和HCV的基因分型。结论:利用BLAST检索系统和生物学软件Array desig-ner 3.0设计肝炎病毒诊断分型芯片的探针,是一种简便可行、有效的方法。

摘要：变形链球菌是目前公认的、最重要的一种致龋菌，早期鉴定人群口腔中的变形链球菌对于龋病活性检测和早期预防有着重要意义。变形链球菌的常规检测方法很多，但均操作复杂，检测周期长，且特异性和敏感性不高。近年来，分子生物学技术在细菌的鉴定和分类学中逐步被采用。核酸探针是分子生物学的基本工具，具有示踪性和显示性的特点。本文利用自行设计并经灵敏度和特异度检测的、针对变形链球菌国际标准株主要毒力因子gtn3的寡核苷酸探针，对80名不同龋敏感者口腔中的变形链球菌进行检测，定性分析gtm基因片段检出率与龋病的关系，为以后寡核苷酸探针作为一种筛检方法用于临床奠定基础。

摘要：目的 :建立一种快速鉴定临床常见真菌菌种的方法。方法 :选取真菌核糖体RNA的ITS区为靶基因 ,设计通用引物和种特异性探针 ,将 3个属的 6种临床常见真菌 (白色念珠菌、热带念珠菌、光滑念珠菌、新型隐球菌、烟曲霉和黄曲霉 )的种特异性探针加尾后固定于硝酸纤维素膜上 ;用标记生物素的真菌通用引物扩增 11种医学真菌DNA ,产物与固定在膜上的探针杂交。结果 :通用引物可以扩增所试 11种医学重要真菌的DNA ,扩增片段长度约为 5 6 0bp。 6种真菌扩增产物只与其对应的探针杂交。结论 :此方法快速、简便、特异 ,适合常规实验室开展。

摘要：猪瘟(CSF)是由猪瘟病毒(CSFV)引起的一类动物传染病,给养猪业造成的危害非常严重.目前猪瘟的诊断依靠一些常规诊断技术,存在所需时间长、工作量大、难以统一技术操作规范等缺点,不能满足快速检疫、诊断的需要.随着分子生物学研究的进一步深入,基因芯片技术以其高通量、微量化、污染少、可多基因多标本平行检测等特点在动物疫病诊断方面显示出强大的优势.在基因芯片检测中寡核苷酸芯片在杂交效率、质量控制和适应性等方面要明显好于cDNA芯片[1].本研究通过开展特异引物和探针的设计、靶基因扩增和克隆、芯片杂交与反应条件优化等试验,旨在筛选出敏感性好、特异性高的探针用于猪瘟病毒检测基因芯片的制备,同时检测所设计的寡核苷酸探针对模板的灵敏度和特异性,为建立猪瘟病毒基因芯片诊断技术平台奠定基础.

摘要：目的:等位基因特异性寡核苷酸杂交是基于分子杂交原理而建立的经典的突变检测方法,也是DNA芯片技术的重要组成部分,常用于突变筛查。实验拟建立一种适合快速大规模检测心肌肌钙蛋白Ⅰ基因Arg145Trp突变(C4693T)的方法。方法:实验于2002-07/2004-06在南京医科大学第一附属医院心血管病研究所临床生物学诊断与治疗实验室完成。直接测序研究证实的具有cTnⅠ基因Arg145Trp突变的肥厚型心肌病患者2例,正常对照1名,受试者对实验均知情同意。自外周血白细胞抽提DNA,聚合酶链反应扩增心肌肌钙蛋白Ⅰ基因含有突变位点的外显子,点于硝纤膜上,分别在不同的温度条件(48,52,56℃)下再与生物素标记的突变及野生探针杂交,摸索最佳杂交条件。根据最佳杂交条件,分别在100倍浓度无关探针条件下行非特异性竞争杂交,在100倍浓度未标记的特异寡核苷酸探针条件下行特异性竞争杂交。结果:采用碱性磷酸酶标记的链霉亲和素和NBT/BCIP观察杂交结果:①突变及野生探针在48℃杂交时,除阴性对照外,2个患者及正常对照样本均见明显阳性信号。②在52℃及56℃条件下突变探针正确检出两个突变样本,但以56℃结果最佳。③100倍浓度无关探针杂交存在时,对生物素标记的突变寡核苷酸探针杂交结果没有影响,2个患者样本均见明显阳性信号。100倍浓度未标记的突变寡核苷酸探针存在时杂交,完全抑制生物素标记的突变寡核苷酸探针杂交结果。结论:所设计的寡核苷酸探针能够检测出肥厚型心肌病患者心肌肌钙蛋白Ⅰ基因Arg145Trp突变(C4693T),适合该突变的快速大规模筛选。

摘要：荧光原位杂交(fluorescence in situ hybridization,FISH)是一种使用非放射性探针直接在染色体、细胞或组织水平上检测和定位靶核苷酸序列的分子细胞遗传学技术。本研究以紫花苜蓿的重复序列E180、Ms CR-3和Ms TR-1为模板设计了Oligo-Ms CR3、Oligo-Ms TR1和Oligo-E180三个新寡核苷酸序列;并使用荧光原位杂交方法对这三个寡核苷酸序列在紫花苜蓿染色体上的分布进行了定位。结果表明:本研究所开发的3种新的寡核苷酸探针Oligo-Ms CR3、Oligo-Ms TR1和Oligo-E180可以直接用于紫花苜蓿的荧光原位杂交分析。并且,结合染色体相对长度及臂比值信息,这3个探针可以对紫花苜蓿的16对染色体进行有效识别。因此,本研究为世界性优良牧草"紫花苜蓿"建立了一个更加简单、方便的细胞遗传学分析方法。

摘要：目的 研究以16S-23S rDNA 内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)序列为靶基因设计分支杆菌菌种寡核苷酸探针,应用PCR-反向杂交技术快速鉴定分支杆菌菌种。方法 应用PCR-反向杂交技术检测26种36株分支杆菌标准株,24株分支杆菌临床分离株。结果 分支杆菌标准株和临床分离株经PCR扩增,依菌种不同可见一条约340bp-450bp范围DNA片段。探针特异性试验表明,21种寡核苷酸探针除草分支杆菌探针。MPH与微黄分支杆菌亦杂交外,其余探针均为特异的。5株结核分支杆菌临床分离株鉴定为结核分支杆菌复合群,19株非结核分支杆菌临床分离株鉴定至种水平。结论 16S-23S rDNA ITS PCR-反向杂交鉴定分支杆菌菌种简便、快速、准确,具有较高应用价值。