摘要：目的:分析比较石蒜属和近缘属植物中国水仙trnL基因的部分序列和trnL-trnF间隔区的完整序列,为石蒜属物种鉴别和种间亲缘关系分析提供分子佐证。方法:采用PCR产物直接双向测序法,用Clustal X 1.81,MEGA 2.0软件进行序列分析,采用最大简约法(maximum parsimony,MP)构建系统发育树。结果:所测物种的序列全长在905～1036 bp,经排序后,两端切平,得到886 bp的整齐序列,所测物种的核苷酸变异位点14个,信息位点10个,主要在trnL内含子区,这些位点可用于区分石蒜属物种;4个碱基"ATAT"缺失/插入是区别石蒜属与其近缘植物水仙的显著特征。重建的系统发育树表明:供试的石蒜属物种聚成3类,除稻草石蒜、忽地笑、香石蒜的系统位置有所不同之外,与经典分类结果基本相符。水仙属2个种形成1个单系类群,表明属间trnL-F序列差异明显。结论:分子系统树支持安徽石蒜是长筒石蒜的变种或杂交种观点,换锦花可能是玫瑰石蒜、红蓝石蒜的杂交母本。石蒜属种间trnL-F序列存在一定变异,是物种鉴别的有效分子标记。

摘要：目的　了解SEN病毒D亚型中国株的流行病学特点及其进化地位。方法　分析已知的基因序列设计引物 ,建立半套式PCR检测方法 ,对 5 8份献血者血清样本和 2 5份non A～E肝炎患者血清样本进行了SENV D亚型的检测 ,并对部分阳性血清的PCR产物进行克隆测序。结果　无偿献血者中SENV D亚型感染率为 4 5 % ,在non A～E肝炎患者中SENV D亚型感染率为 4 8% ,两者间差异无显著性 ;但在无偿献血者中SENV D亚型的阳性检出率大大高于国外报道。测序结果经BLASTP软件在GenBank中检索表明 ,各测序株均与已知的SENV D株序列有很高的同源性 ,并在此基础上用MegAlign软件进行进化树分析。结论　建立的半套式PCR检测方法适用于SEN病毒D亚型检测 ;SENV D亚型中国株之间以及与已发表的国外SENV D株序列之间有变异。与无偿献血者相比 ,non A～E肝炎患者血清SENV D株无进化上的显著倾向性。在测序的部分ORF1序列中存在一个核苷酸高变区。

摘要：采用PCR扩增、文库构建、限制性片段长度多态性分析、序列分析和系统学分析等方法,初步研究了夏季胶州湾上层海水浮游桡足类核糖体小亚基RNA基因(18SrDNA)约1.5kb片段的序列变异。从浮游生物混合DNA中选择性扩增桡足类18SrDNA,建立桡足类18SrDNA变异类型文库,并从文库中随机挑选的30个克隆进行分析。结果表明,VspI限制性内切酶能将这些克隆分成频率分别为0.17、0.23和0.6的3种操作分类单元(OTUs),遗传多样性指数达到0.95。3条OTU代表克隆序列与甲壳纲桡足亚纲核苷酸差异数在75.4—97.8之间,而与其他亚纲的差异都高于100。3条OTU代表克隆序列均属于桡足亚纲,其中,AY437861和AY437862属于哲水蚤目。3条OTU代表克隆序列可分为2个高变异区和3个相对保守区,其GC%分别为47.37%、48.16%和48.57%。研究结果表明,混合DNA提取方法简单,设计的引物可选择性地扩增浮游桡足类18SrDNA,根据18SrDNA序列序列变异描述浮游桡足类多样性是可行的。研究结果也为在浮游桡足类分类中引入18SrDNA序列奠定了基础。

摘要：目的　了解我国不同地区人群血清中所存在新型肝炎病毒 TTV的序列变异情况 .方法　从山东、北京、深圳、南京等地的 TTV PCR阳性血清中随机挑选 6例患者血清 ,用单管一步法从血清中提取其 TTV DNA,然后用所设计的引物进行 PCR扩增 ,并对其中的部分 ORF- 1序列 (30 9bp)进行克隆测序 ,利用网上软件 BL AST和 GOL DKEY将所测序列结果与日本所报道的序列进行比较 .结果　在 30 9个所测碱基中有少数碱基存在有变异序列 .中国株之间的同源性为91.0 %以上 ,与日本的序列相比同源性为 98.0 %以上 .结论　我们所测的几个中国株序列与日本株的基因型相同 .我们所测的多个序列结果可以积累较多 TTV序列资料 ,以利于TTV引物的设计 ,提高检测结果的可靠性 ,并为进一步研究其致病性奠定基础 .

摘要：目的:通过对2种三疣梭子蟹居群样线粒体Cyt b和S-rRNA基因片段的序列分析,探讨其遗传变异,为种质资源的管理、保存和利用提供依据.方法:采集山东潍坊和福建厦门两个不同居群的三疣梭子蟹样,提取其线粒体DNA.由Genebank获得三疣梭子蟹完整线粒体DNA序列(登陆号:NC_005037),设计扩增Cyt b和S-rRNA基因片段引物,经PCR扩增获得预期产物,纯化后测序.结果:以提取的线粒体DNA为模板扩增出特异性强的Cyt b和S-rRNA基因片段,与预期条带长度429 bp和465 bp吻合;2个基因片段的AT含量均高于GC含量;Cyt b基因片段有3个位点发生了突变,S-rRNA只有1个位点发生了突变;在两种居群的4个突变位点中,2个位置突变为相同的碱基,且所有突变位点均呈转换方式.结论:Cyt b基因序列比S-rRNA基因序列具有相对高的突变率;研究的2个基因片段的突变位点的碱基置换主要呈转换方式;来自2个三疣梭子蟹居群样本的线粒体S-rRNA基因的突变发生在同一位点且突变为相同碱基,表明2个居群具有较近的亲缘关系.

摘要：以来自Polima胞质甘蓝型油菜雄性不育源转育获得的不育白菜'Bpol97-05A'和其回交亲本即保持系'Bajh97-01B'为材料,利用cDNA扩增片段长度多态性(cDNA-AFLP)技术获得一条长约330bp的特异片段P1708,RT-PCR验证确认该序列为不育白菜材料所特有,经测序和BLAST比对,发现该片段除54bp的插入序列外,其余部分与大白菜和甘蓝叶绿体ndhJ-trnF基因之间的一段序列完全一致.根据基因区域两端的保守部位设计引物,以Polima不育白菜DNA和可育甘蓝型油菜的DNA为模板,分别获得了长约1900bp的序列,比较序列发现:不育白菜与可育白菜、甘蓝型油菜的DNA序列存在一定差异,'Bpol97-05A'中除多个位点发生变异外,另有108bp的插入序列,该插入由2个长度为54bp的重复序列组成,重复序列中除5′端3个碱基CTT外,其余部分均与trnF基因3′端51bp完全相同.

摘要：设计双层洞穴式弹涂鱼捕捉器,于雷州半岛红树林海区捕获弹涂鱼类野生群体,筛选出弹涂鱼(Periophthalmus modestus)、大弹涂鱼(Boleophthalmus pectinirostris)2个优势种群,并获取其线粒体控制区(D-loop)和cox 1基因部分序列,进行序列变异分析及遗传分析。结果表明,cox 1基因和D-loop区碱基组成A+T含量均大于C+G。cox 1数据揭示,大弹涂鱼变异位点占总长度2.1%,弹涂鱼占2.4%,种内平均遗传距离分别为0.003、0.006,种间遗传距离为0.158,37个个体共定义22个单倍型,单倍型多样性为0.950 45。而D-loop区数据指明,大弹涂鱼变异位点占总长度4.9%,弹涂鱼占7.5%,种内平均遗传距离分别为0.012、0.019,种间距离为0.409,37个个体定义32个单倍型,单倍型多样性水平极高(0.989 49)。中性检验结果显示,2种弹涂鱼进化历程符合中性进化假设,且存在群体扩张的可能。综合cox 1基因和控制区数据显示:弹涂鱼种群遗传多样性高于大弹涂鱼。

摘要：rbcl为催化光合作用的关键酶Rubisco大亚基的编码序列,它在种间和种内水平保守性都很高。本研究首先设计出引物并扩增到取自安徽太和的桔梗rbcl部分序列,紧接着从Gen Bank中下载相关桔梗科植物进行系统学分析。结果表明,桔梗科rbcl部分的遗传多样性较低,利用该序列构建的系统树与形态分类学的结果有一定的差异。但总体来看,还是可以将不同的属分开,因而rbcl可以用作桔梗科的系统学相关分析。

摘要：快速准确的分子诊断是控制传染病和疫情暴发的关键工具。随着新型冠状病毒(SARS-CoV-2)感染导致的肺炎患者数量迅速增加和疫情蔓延,已有SARS-CoV-2基因组序列、核酸检测的诊断试剂和方法相继报道,高深度全基因组测序和RT-PCR是目前检测SARS-CoV-2的重要方法。但是,核酸检测阴性而影像学诊断阳性的新型冠状病毒肺炎(COVID-19)案例逐步增加,因此,提高核酸分子诊断的效能和灵敏度是亟待解决的问题。目前,SARS-CoV-2的起源、动物和人的传播途径、分子诊断及临床治疗、疫情暴发科学预警等已经成为研究热点。本文从遗传学、基因组学、病毒学和进化生物学的角度,对SARS-CoV-2基因组变异与分子诊断的近期研究进展进行分析。通过比较SARS-CoV-2与SARS-CoV(SARS冠状病毒)基因组以及感染患者基因组变异,以期为精准快速的分子诊断、抗病毒药物的靶点筛选提供依据,同时为SARS-CoV-2追踪溯源、精准快速核酸分子诊断方案设计、临床防治提供新思路。

摘要：抗坏血酸(AsA)在植物生长发育和抗逆调控中起着重要作用,主要合成途径为l-半乳糖途径, GDP-l-半乳糖磷酸化酶(GDP-l-galactose phosphorylase, GGP)是该途径中AsA合成的限速酶。为了探究猕猴桃(Actinidia spp.)中GGP对抗坏血酸含量的影响,本文以AsA含量差异较大的毛花猕猴桃(A. eriantha)和山梨猕猴桃(A. rufa)为研究对象,分析了猕猴桃中GGP1基因表达差异及其启动子序列变异与AsA含量的关系。结果表明,毛花猕猴桃果实和叶片中GGP1表达水平明显高于山梨猕猴桃, GGP1基因表达水平与AsA含量呈正相关。通过克隆获得了毛花猕猴桃和山梨猕猴桃GGP1启动子的2个单体型,分别为AeGGPp1、AeGGPp2以及ArGGPp1、ArGGPp2,它们之间存在多个单核苷酸多态性(SNP)位点或插入缺失(InDel)标记,特别是与山梨猕猴桃启动子相比,毛花猕猴桃AeGGP启动子在670 bp附近存在一个183 bp的片段缺失。启动子转录活性分析表明,毛花猕猴桃启动子AeGGPp1和AeGGPp2驱动的β-葡萄糖苷酸酶(GUS)活性显著高于山梨猕猴桃启动子ArGGPp1和ArGGPp2,而同种猕猴桃启动子的单体型间活性无显著差异。根据183 bp的片段缺失设计标记引物,对山梨猕猴桃×毛花猕猴桃的F;杂交后代进行研究,结果表明,后代个体中均含有山梨猕猴桃和毛花猕猴桃GGP1启动子的一个单体型;并且杂交后代的果实AsA含量主要集中在双亲平均值附近[5.06~9.40 mg·g;(FW)],相比大多数猕猴桃资源表现出高AsA含量特性。此外,在16个猕猴桃资源种的研究中发现,含有毛花猕猴桃GGP1启动子单体型的资源普遍表现出高AsA含量特性。这些结果表明, GGP1启动子区域的变异是毛花猕猴桃和山梨猕猴桃中GGP的表达和AsA含量差异的原因之一,且毛花猕猴桃启动子区域183 bp的缺失与高AsA含量有关。