摘要：通过对薄壳山核桃开展全基因组SSR位点分析,开发稳定可靠的多态性SSR引物,为薄壳山核桃遗传多样性分析、重要性状QTL定位、分子标记辅助育种以及良种分子鉴别等研究提供遗传标记信息。本研究采用Misa软件查找薄壳山核桃基因组微卫星,在651 Mb碱基序列中获得886119个SSR位点。利用Primer 3.0在524065个SSR位点成功设计了引物。从长度大于1 Mb的不同scaffold上,随机选取50对引物合成,其中40对引物可以成功扩增。采用8个不同品种的薄壳山核桃进行引物多态性检测,发现重复序列长度≥20 bp的引物多态性达58.8%,显著高于重复序列长度<20 bp引物的31.8%。利用毛细管电泳对聚丙烯酰胺凝胶电泳筛选的多态性引物进行验证,发现9%非变性凝胶电泳的分辨率小于4 bp。本研究构建了薄壳山核桃全基因组SSR数据库,筛选了16对多态性SSR引物,为薄壳山核桃品种分子鉴别提供了重要的遗传标记,同时也为开展植物品种分子鉴别的方法提供了重要参考。

摘要：基于NCBI数据库公开的茶树‘舒茶早’(Camellia sinensis var.'Shuchazao')全基因组序列,通过MISA在线分析工具挖掘SSR位点,并使用Primer 3.0软件批量开发设计引物,随机挑选引物检测有效性,采用荧光标记毛细管电泳技术验证筛选多态性较高的引物。结果表明,茶树全基因组中共挖掘659053个SSR位点,相对丰度212个/Mbp。二核苷酸重复类型数量最多(469096个,占比71.18%)、长度最长(8725988 bp,占比61.34%)、出现频率最高(151.06个/Mbp)、密度最大(2809.97 bp/Mbp),三核苷酸重复类型数量(99716个,占比15.13%)、长度(2801472 bp,占比19.69%)、出现频率(32.11个/Mbp)、密度(902.14 bp/Mbp)均次之。6个串联重复的SSR基序类型最多(146844个,占比22.28%),7个串联重复的SSR基序类型数量次之(87136个,占比13.22%)。从200对随机引物中筛选出137对引物可以扩增成功,其中82对可能存在多态性,使用8个茶树栽培品种进行筛选验证,其中22对引物具有多态性,其等位基因数(Na)、有效等位基因数量(Ne)、香农遗传多样性信息指数(I)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、固定指数(F)、多态性信息含量(PIC)平均值分别为5.091、3.387、1.347、0.591、0.675、0.122、0.634,筛选出的引物中有20对高度多态性信息引物(PIC>0.5)、2对中度多态性信息引物(0.4<PIC<0.5),引物多态性丰富。通过茶树全基因组序列批量开发多态性SSR标记引物,可为茶树种质资源分子鉴定、品种权保护及辅助育种提供技术参考。